Il se pourrait que les installers sous windows passent par un API système fournie par Windows pour s'accorder temporairement le droit d'y écrire des fichiers.
De toute façon il est préférable en général de ne pas stocker les fichiers résultant du travail d'un utilisateur dans les dossiers programmes. Par exemple cela te sera parfaitement impossible sous linux/OSX/Unix/Windows sans droits admin.
En général les données utilisateurs doivent être stockées dans le répertoire de l'utilisateur (récupérable en java via l'appel suivant:
System.getProperty("user.home");
).
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