La gratuité.
Tu trouves des serveurs Apache/Tomcat gratuits de partout. Ce n'est pas le cas pour les serveur JEE qui sont systématiquement (ou presque) payant.
La disponibilité.
Au delà de la gratuité, la plupart des hébergeurs te proposent très facilement (et là aussi à moindre coût) des serveurs Apache/Tomcat. Une fois de plus, ce n'est pas le cas avec JEE.
L'historique.
Soyons honnêtes, comme le dit la.lune, Java avait mauvaise presse dans les années 90 rapport à ses performances. Les trolls sont des animaux persistant...
Dans la première décennie du XXIème siècle, les serveurs d'appli n'étaient pas toujours très simple à installer/configurer/administrer. Les choses évoluent et se sont bien arrangées. Là aussi on reste sur des préjugés difficiles à changer.
Autre chose (mais qui je pense à moins d'impact dans le milieu "amateur") c'est le lien entre une appli JEE et son serveur d'appli. Ces liens ne sont pas toujours énormes, pas toujours existant, mais tu peux avoir des fonctionnements différents en changeant de serveur d'appli. Globalement, si tu fais du Php tu as Tomcat. Point. Donc tu développes chez toi, sur un Tomcat et tu sais que ton hébergeur actuel, puis le suivant et les autres auront aussi un Tomcat et que tu auras les mêmes résultats. Avec JEE, tu développes chez toi avec un des inombrables serveurs JEE, puis ton hébergeur en a un autre qui respecte la même norme mais qui pourtant (à cause d'une faille dans la norme, d'une possibilité d'interprétation différente --je parle de cas vécus !) réagit différemment. Pareil pour l'hébergeur suivant. Et sans même parler de comportement différent, il faudra que le dév. apprenne à déployer sur chacun des serveurs JEE auxquels il va êter confronté. Puis il lui faudra apprendre comment les administrer, etc... Et l'administration de serveur est un métier bien différent du développement, qu'on affecte parfois au développeur JEE en entreprise, par dépit (ou par ricochet après que l'équipe d'administration n'est pas réussi à régler le problème), car personne d'autre ne maîtrise pleinement le serveur d'appli.
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