Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use List::AllUtils qw( indexes );
 
 
my $consensus = '   AKWAYBKTGADRDWANDVYKWAWAS';
 
# suppression des espaces du consensus
$consensus =~ s/\s//g;
 
# positions des nucléotides n'étant ni A, ni T, ni C ni G
my @positions_deg = indexes { $_ !~ m/[ATCG]/ } split //, $consensus;
 
# positions en comptant à partir de 1
map {print $_ + 1 .", ";} @positions_deg;

Voici un script qui me renvoie les positions des lettres n'étant ni A, ni T, ni C ni G. La première lettre du mot ayant la position 1.

Je me demandais par curiosité à quelles façons différentes auriez-vous pensé, peut-être un grep et la recherche de la position de motif ($-[1]).

[Philou67430]

J'aurais sans doute fait comme toi.

Pour m'amuser, voici une autre façon d'aboutir au résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print 1 + length ${^PREMATCH}), ", " while $consensus =~ /[^ATCG]/g

Voire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$consensus =~ s/[^ATCG]/print 1+length ${^PREMATCH}, ", "/ge;
print $consensus;

[Jasmine80]

Oui, c'est les vacances de Pacques, il faut s'amuser comme on peut, c'est mort le forum en ce moment.

Merci pour tes solutions, ça me fait découvrir de nouvelles choses en Perl mais cela ne fonctionne pas chez moi

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print (1 + length ${^PREMATCH}), ", " while $consensus =~ /([^ATCG])/g;

Je ne connais pas ${^PREMATCH}, y a-t-il une condition particulière pour l'utiliser? J'ai essayé de modifier ton expression en ajoutant des parenthèses mais ça ne fonctionne toujours pas.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
 
 
my $consensus = '   AKWAYBKTGADRDWANDVYKWAWAS';
 
print (1 + length ${^PREMATCH}), ", " while $consensus =~ /([^ATCG])/g;

print (...) interpreted as function at test.pl line 8.
Useless use of a constant in void context at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
Use of uninitialized value in length at test.pl line 8.
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[Philou67430]

Je suis allé plus loin en testant plusieurs configs :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use List::AllUtils qw( indexes );
 
 
my $consensus = '   AKWAYBKTGADRDWANDVYKWAWAS';
 
# suppression des espaces du consensus
$consensus =~ s/\s//g;
 
print $consensus, "\n";
print "Positions of [^ATCG]\n";
 
sub a {
  # positions des nucléotides n'étant ni A, ni T, ni C ni G
  return indexes { $_ !~ m/[ATCG]/ } split //, $consensus;
}
 
sub b {
  my @pos;
  push @pos, length ${^PREMATCH} while $consensus =~ /[^ATCG]/g;
  return @pos;
}
 
sub c {
  my @pos;
  push @pos, pos($consensus) while $consensus =~ /[^ATCG]/g;
  return @pos;
}
 
a() foreach 1 .. 10000;
my @positions_def = a();
# positions en comptant à partir de 1
map {print $_ + 1 .", ";} @positions_def;
print "\n";
 
b() foreach 1 .. 10000;
@positions_def = b();
# positions en comptant à partir de 1
map {print $_ + 1 .", ";} @positions_def;
print "\n";
 
c() foreach 1 .. 10000;
@positions_def = c();
# positions en comptant à partir de 1
map {print $_ .", ";} @positions_def;
print "\n";

(aide pour ${^PREMATCH} : perldoc perlvar en perl 5.10)

Voici le résultat du profiling:

Code :

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$ perl -d:DProf positions.pl && dprofpp -rI
AKWAYBKTGADRDWANDVYKWAWAS
Positions of [^ATCG]
2, 3, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 23, 25,
2, 3, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 23, 25,
2, 3, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 23, 25,
Total Elapsed Time = 1.615408 Seconds
         Real Time = 1.615408 Seconds
Inclusive Times
%Time ExclSec CumulS #Calls sec/call Csec/c  Name
 59.9   0.229  0.969  10001   0.0000 0.0001  main::a
 45.8   0.740  0.740  10001   0.0001 0.0001  List::MoreUtils::indexes
 21.4   0.347  0.347  10001   0.0000 0.0000  main::b
 19.6   0.318  0.318  10001   0.0000 0.0000  main::c
 3.28   0.005  0.053      3   0.0017 0.0178  main::BEGIN
 1.49   0.013  0.024      5   0.0026 0.0047  List::AllUtils::BEGIN
 1.18   0.015  0.019      3   0.0050 0.0063  English::BEGIN
 0.43   0.001  0.007      4   0.0002 0.0017  Exporter::import
 0.37       -  0.006      1        - 0.0059  English::import
 0.31   0.005  0.005      2   0.0025 0.0025  Exporter::as_heavy
 0.25   0.004  0.004      4   0.0010 0.0010  Errno::BEGIN
 0.19       -  0.003      9        - 0.0003  Config::FETCH
 0.19   0.001  0.003      2   0.0005 0.0015  List::Util::BEGIN
 0.12   0.002  0.002      3   0.0007 0.0007  vars::BEGIN
 0.12   0.002  0.002      6   0.0003 0.0003  AutoLoader::BEGIN

[Philou67430]

L'usage de pos() est la plus véloce, et retourne directement le bon indice.

[Jasmine80]

Comment as-tu réalisé le profiling? Utilises-tu parfois le module Benchmark?

Il y a quelques temps, nous avions proposé avec Djibril de mettre au point des tests en Perl, de poser un problème et qu'on discute des différentes possibilités de le résoudre, je me demande ce que cette idée est devenue . Cela existe déjà sur d'autres parties du forum.

[Philou67430]

Je ne connais pas benchmark. J'utilise généralement DProf et dprofpp en générant des fonctions pour chaque bout de code à mesurer, et en l'appelant un certain nombre de fois si l'opération dure un temps court.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl -d:DProf mon_script.pl && dprofpp -Ir

En revanche, l'idée de mettre en place des tests, je ne l'ai pas vu passée. Peux-tu développer le concept ? C'est pour tester quoi et dans quel but ?

[Jasmine80]

En revanche, l'idée de mettre en place des tests, je ne l'ai pas vu passée. Peux-tu développer le concept ? C'est pour tester quoi et dans quel but ?

Ca date d'y il y a longtemps, je n'ai plus retrouvé le post en question dans lequel on en discutait. Faudrait voir avec Djibril si il a gardé ou concrétisé cette idée. Je pense qu'on peut s'inscrire dans une liste et participer à ce genre de défis en multi-language sur une autre partie du forum. L'idée était donc que tous les x temps on propose un nouveau problème et que ceux qui veulent s'amuser se casse la tête à essayer de le résoudre, le but étant de comparer les différents scripts et d'en discuter, coder pour le plaisir de coder .

[Jasmine80]

Dans ce genre là que tu connais déjà :
http://www.developpez.net/forums/f75...-fonctionnels/


... mais ça serait peut-être un double emploi inutile et puis il faut trouver quelqu'un de motivé qui régulièrement propose des énigmes.

[Philou67430]

Ah ok... les défis.
C'est intéressant, mais je ne peux malheureusement pas y consacrer suffisamment de temps.