Discussion :

[NemoParis]

Salut à tous!

J'ai 2 petits problèmes!

Tout d'abord voici mes données :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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a=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.3,0.3,0.4))
b=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.33,0.33,0.34))
c=sample(1:2,100,rep=T,p=c(0.5,0.5))
mantelhaen.test(b,c,a)

Je suis avec 3 variables et je fais dessus un test de Mantel. J'aimerais répéter ce test 1000 fois et je voudrais calculer le nombre de fois où ma p-valeur est > 0.05. Je pensais utilisier une fonction apply mais je ne vois pas trop comment faire...

Puis j'aimerais savoir comment faire pour mettre une interaction entre mes variables (puisque ci-dessus, elles sont tirées indépendemment). Sauriez-vous comment lier les 3 variables en même temps?
En vous remerciant par avance pour vos idées!!!

[lilly74]

Tout d'abord voici mes données :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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a=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.3,0.3,0.4))
b=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.33,0.33,0.34))
c=sample(1:2,100,rep=T,p=c(0.5,0.5))
mantelhaen.test(b,c,a)

Je suis avec 3 variables et je fais dessus un test de Mantel. J'aimerais répéter ce test 1000 fois et je voudrais calculer le nombre de fois où ma p-valeur est > 0.05. Je pensais utilisier une fonction apply mais je ne vois pas trop comment faire...

Bonjour,
si j'ai bien compris l'idée, on peut récupérer les 1000 p-valeurs comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 m <- rep(0,1000)
m <- sapply(1:1000, function(i){
                   a=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.3,0.3,0.4))
                   b=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.33,0.33,0.34))
                   c=sample(1:2,100,rep=T,p=c(0.5,0.5))
                   m[i] <- mantelhaen.test(b,c,a)$p.value})

Puis, on teste si ces p-valeurs sont supérieures à 0.05:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sum(m>0.05)

C'est certainement perfectible...

Bonne continuation

[NemoParis]

Un grand merci Lilly pour la réponse à ma première question, c'est parfait!!!

[NemoParis]

Une autre question :
je cherche à calculer le nombre de fois où les différentes combinaisons peuvent apparaître. Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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a=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.3,0.3,0.4))
                   b=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.33,0.33,0.34))
                   d=sample(1:2,100,rep=T,p=c(0.5,0.5))
                   tab <- data.frame(a,b,d)
                   som=rep(1,100)
                   ressom=aggregate(som,tab,sum)

Je veux, comme précédemment, cette fonction un certain nombre de fois. J'ai donc essayé la fonction sapply de Lilly:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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m <- rep(0,1000)
m <- sapply(1:1000, function(i){
                   a=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.3,0.3,0.4))
                   b=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.33,0.33,0.34))
                   d=sample(1:2,100,rep=T,p=c(0.5,0.5))
                   tab <- data.frame(a,b,d)
                   som=rep(1,100)
                   ressom[i]=aggregate(som,tab,sum)})

Or ce code me renvoie une erreur et je ne comprends pas pourquoi...

[lilly74]

Une autre question :
je cherche à calculer le nombre de fois où les différentes combinaisons peuvent apparaître. Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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a=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.3,0.3,0.4))
                   b=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.33,0.33,0.34))
                   d=sample(1:2,100,rep=T,p=c(0.5,0.5))
                   tab <- data.frame(a,b,d)
                   som=rep(1,100)
                   ressom=aggregate(som,tab,sum)

Je veux, comme précédemment, cette fonction un certain nombre de fois. J'ai donc essayé la fonction sapply de Lilly:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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m <- rep(0,1000)
m <- sapply(1:1000, function(i){
                   a=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.3,0.3,0.4))
                   b=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.33,0.33,0.34))
                   d=sample(1:2,100,rep=T,p=c(0.5,0.5))
                   tab <- data.frame(a,b,d)
                   som=rep(1,100)
                   ressom[i]=aggregate(som,tab,sum)})

Or ce code me renvoie une erreur et je ne comprends pas pourquoi...

Bonsoir,
votre code ne peut pas tourner car vous avez laissé les "m" du code précédent alors que vous calculez un "ressom"

Encore une fois, je pense que le code est perfectible, j'essaie simplement de corriger l'erreur:
1/ en allégeant le code (le vecteur som est toujours le même, donc on le sort, non?)
2/ en utilisant une liste car le problème de votre dernière ligne est d'inclure un data.frame dans un vecteur. Pour cela, je vous conseille de regarder les bases dans http://pbil.univ-lyon1.fr/R/cours/lang03.pdf

Ce qui donnerait:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Test <- list()
som=rep(1,100)
Test <- sapply(1:100, function(i){
                   a=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.3,0.3,0.4))
                   b=sample(1:3,100,rep=T,p=c(0.33,0.33,0.34))
                   d=sample(1:2,100,rep=T,p=c(0.5,0.5))
                   tab <- data.frame(a,b,d)
                   Test[[i]] <- as.matrix(aggregate(som,tab,sum))})

Voilà, j'espère vous avoir donné de quoi réfléchir...

Bonne soirée

[NemoParis]

Merci pour la réponse Lilly!
Je suis désolée de ne pas avoir vu une erreur aussi bête
En revanche, le test me fait 100 tables or j'aimerais n'avoir qu'une seule table pour mes 100 simulations...