Bonjour,
L'image transparente peut venir du fait que la page n'a pas eu le temps de se charger. Un windows.setTimeOut peut vous aider pour cela.
D'autre part, vous pouvez très bien invoquer votre script phantomJS côté serveur, dans du PHP par exemple.
Je vous invite à jeter un oeil à la page suivante :
http://demos.ign.fr/api-statique/
qui explique comment mettre en place une api statique à l'aide de l'API Géoportail, à l'aide, justement, de phantomJS. Ici, le rendu est en JPEG, mais le principe est le même pour rendre en PDF.
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