Déplacer /usr/local/ en /usr est globalement une mauvaise idée.
/usr est réservé aux paquets qui ont été installés avec un gestionnaire de paquets. /usr/local est pour les trucs que l'on a compilés soi-même.
Les mettre dans /usr compliquera la tâche pour le jour où il faudra les mettre à jour ou les effacer (bon d'accord, pour boost il y a écrit boost dans tous les fichiers je crois bien, ce qui fait qu'il est facile de reconnaitre ses fichiers).
Bref. Sinon.
Je pense que les fichiers d'en-tête peuvent êtres déplacés sans risque. Au pire, on peut toujours rajouter ceci dans le .bashrc
INCLUDE="${INCLUDE}:/usr/local/include/boost-1_31"
Je viens de regarder dans les options de bjam, mais il semblerait qu'il veuille toujours aller dans ..../include/boost-<version>/boost. La solution de modifier $INCLUDE est probablement ce qu'il y a de plus propre du coup.
Dans ces options, je vois que l'on peut spécifier où se trouve python avec "--with-python-root=/chemin/de/python", ou mieux en forçant la variable d'environnement $PYTHON_ROOT.
Note au passage "--prefix=/usr" est ce qu'il faut utiliser pour forcer boost à aller dans /usr au lieu de /usr/local (que je ne conseille toujours pas).
En fait il a globalement le même genre d'options que celles auxquelles le configure généré par les auto-tools nous a habitué.
PS: boost ne fait pas parti de la STL. Au mieux on dire dire que c'est une bibliothèque STL-like dans la mesure où elle a la même approche au regard des itérateurs, et qu'elle compète certains manques de la SL.
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