Discussion :

[sabrina7]

Bonjour,

Je suis en train d'écrire un script Perl qui devra lancer 4 commandes en 4 processus en paralléle et revenir au Perl script pour continuer son execution. Je voudrais aussi pouvoir vérifier que les 4 processus ont bien fonctionné.

J'ai essayé les fonctions exec(), system() et ``, mais je n'ai pas réussi à réaliser les 4 commandes en parallèles et revenir au script Perl.

Par exemple:
system "commande a&";
system "commande b&";
system "commande c&";
system "commande d&";

La commande est la même pour les 4 processus et réalise une série de blasts entre plusieurs séquences de gènes. Il s'agit d'une commande Shell.

Avez-vous une solution à ce problème?

Merci beaucoup par avance.

Sabrina.

[Gardyen]

j'ai le même genre de job à effectuer (sauf que j'ai 160 BLAST à lancer...) et pour paralléliser le démarrage de ces jobs j'utilise threads (nombreuses variables partagées) mais dans ton cas fork est probablement une meilleure option

[sabrina7]

Gardyen,
Merci pour ta réponse.
Aurais-tu un example de script à m'envoyer que je vois comment ça marche avec thread et comment tu gères les erreures?
Merci.

[Gardyen]

le mieux c'est de prendre les exemples à la source: threads sur CPAN

ou un chti tutorial sur fork tuto fork

à toi de voir quel mécanisme te conviens le mieux

[djibril]

Ce serait bien d'avoir un exemple de scripts propres et commentés avec l'utilisation des threads, des fork et autres modules pour le lancement de jobs en paralelle.
Moi ça m'intéresse.
Je crois qu'il y aussi une façon de faire en passant par les MPI
ou en utilisant les modules Parallel::Simple, Parallel::Jobs, Parallel::Forker ici

Ce serait donc bien d'avoir un avis sur ces modules, les plus utilisés et surtout les plus fiables avec leur compatibilité linux/windows

D'ailleurs, je cais créer un thread à ce sujet