Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

Lorsque j'essaie d'effectuer une mise à jour via l'interface Tk, celle-ci commence bien mais s'arrête et affiche un message d'erreur pour me dire qu'un fichier a déjà été installé auparavant. Pourriez-vous m'expliquer comment y remédier?

Installing package failed

ERROR: File conflict for 'C:/Perl/html/site/lib/Bio/Factory/EMBOSS.html'.
The package bioperl-run has already installed a file that package bioperl
wants to install.

Dans ce cas-ci, il s'agit de bioperl. Il y a également autre chose que je ne comprends pas. Ce package est indiqué comme non mis à jour (avec une petite étoile verte), pourtant la version installée est la 1.4 et celle proposée pour la mise à jour, la 1.2.3.




Merci

[djibril]

tu as une vielle version de bioperl.
Desinstaller les tous (les bioperl) et ensuite install la 1.5.2_100

[Jasmine80]

Je viens d'enlever le bioperl. J'ai déjà un package nommé bioperl-run version 1.5.2_100 est-ce la même chose qui faisait double emploi?
Pour enlever tous les autres bioperl, si il y en a, dois-je passer par le ppm dans le shell? Dans mon interface Tk, j'ai aussi bundle-bioperl-core et bundle-bioperl-run


Merci pour votre aide,

[djibril]

A ta place, je desintallerais via la fenetre de ppm :
- bioperl
- bioperl-db
- bioperl-gui
- bioperl-run
- bioperl-network

Une fois que tout est desinstallé, tu installes bioperl 1.5_2.100 et les autres de même version si tu en as besoin. Mais normalement bioperl devrait te suffire.

En tout cas, c'est ainsi sur ma machine.

Voilà

[Jasmine80]

J'ai trouvé bioperl 1.5_2.102 sur le CPAN, je vais essayer de l'installer via le shell.

Merci pour les conseils,

[djibril]

comment ça sur le CPAN? tu n'a pas le repository de bioperl?
Si non, dis le moi et je te le donne

[Jasmine80]

C'est étrange, tu m'avais aidé à installer des repositories il y a quelques mois et ils ont disparu de la liste alors qu'ActiveState est réapparu. Je dois avoir fait une fausse manoeuvre. Maintenant j'ai réinstallé les bons dépôts et mis bioperl 1.5.

trouchelle_active
http://trouchelle.com/ppm/activestate/820/

trouchelle
http://trouchelle.com/ppm/

theoryx
http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/

bribes
http://www.bribes.org/perl/ppm

bioperl1
http://bioperl.org/DIST/package.xml

bioperl2
http://bioperl.org/DIST/RC/

Y en a-t'il d'autres à ajouter?

Merci beaucoup pour ton aide.

[djibril]

tu peux virer bioperl2, c pareil que le 1.
et vire aussi : http://trouchelle.com/ppm/activestate/820/

Un conseil passe à la version de perl 5.8.8.822, c'est la derniere des series de 5.8

[Jasmine80]

Un conseil passe à la version de perl 5.8.8.822, c'est la derniere des series de 5.8

Demain, je téléchargerai ActivePerl 5.8.8.822 Windows (x86) msi, désinstallerai mon ancienne version et essaierai d'installer la nouvelle

Heureusement qu'il y a le FAQ pour installer sur Windows ça parait très simple, enfin si ça se trouve je vais quand même tomber sur un os.
http://perl.developpez.com/faq/?page...32#sectionA321

Pour désinstaller mon ancien Perl proprement comment dois-je faire?
Je suis toujours un peu neuneu quand il faut aller utiliser le shell, à moins qu'il n'y ait un autre moyen.


Merci,

[djibril]

Tu vas dans le panneau de conf et désinstalle perl.
Ensuite, tu supprimes le répertoire perl (C:/Per/)

Sinon sache que la désinstallation du répertoire perl => tu devras réinstaller tous tes modules et repositories.

Donc tu peux avant de désinstaller lister tous les modules que tu devras réinstaller comme bioperl et autres

[djibril]

Voici un script que tu peux utiliser

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use Carp;
use ExtUtils::Installed;
 
my $module_file = "Listes_modules.txt";
open(my $fh, ">$module_file") or die("impossible d'ecrire dans $module_file");
my @date =localtime(time); 
$date[4] = $date[4] + 1;
$date[5] = $date[5] + 1900; 
foreach  (@date) { s/^(\d)$/0$1/; }
 
print {$fh} "$date[3]-$date[4]-$date[5]\n\n";
my %modules_installes = SecondCheckModuleInstalled();
foreach my $module ( sort keys %modules_installes) {
  print {$fh} "$module ====>  $modules_installes{$module}\n";
}
close($fh);
 
#================================================================
# SecondCheckModuleInstalled
# Check Module present in the computer 
# Arguments : nothing
#================================================================
sub SecondCheckModuleInstalled {
  my %modules_installes;
  my $instmod = ExtUtils::Installed->new();
  foreach my $module ($instmod->modules()) {
    my $version = $instmod->version($module) || "Version inconnue";
    $modules_installes{$module} = $version;
  }
 
return %modules_installes;  
}

[Jasmine80]

Sinon sache que la désinstallation du répertoire perl => tu devras réinstaller tous tes modules et repositories.

Donc tu peux avant de désinstaller lister tous les modules que tu devras réinstaller comme bioperl et autres

Je vais quand même regarder la liste des modules que j'ai, mais je pense qu'il y a les trois quarts que je n'utilise plus et que ça serait donc un bon nettoyage de tout supprimer.


Merci beaucoup pour ton aide,

[Jasmine80]

J'ai été vérifier la version de Perl par 'perl -v' dans la console et il est indiqué

This is perl, v.5.8.8 built for MSWin32-x86-multi-thread

J'ai donc la bonne version.
Par contre, quand je vais dans le panneau 'ajouter ou supprimer des programmes' de Windows, j'ai dans la liste
- ActivePerl 5.8.8 Build 820
- ActivePerl 5.8.8 Build 822
Ils ont comme icône un PC avec un disque et vu qu'il est écrit Build est-ce des exécutables?
Par contre, je n'ai rien d'autre contenant Perl dans la liste. Est-ce normal?
Pourrais-je avoir par erreur plusieurs versions de Perl installées?

Merci pour tes conseils et ton aide,

[djibril]

Je t'ai expliqué plus haut de supprimer ActivePerl 5.8.8 Build 820 et d'installer ActivePerl 5.8.8 Build 822. Tu sera ainsi avec la version la plus à jour de perl (en (5.8)

[Jasmine80]

J'ai désinstallé 5.8.8.820 et supprimé le répertoire C:/Perl et installé la version 5.8.8.8.822. Merci beaucoup, je peux clore ce sujet.