récupérer une séquence protéique par l' access number avec python

**Le vagabond** · 10/02/2009, 17h42

Bonjour ,

Comme le titre l'indique je voudrais récupérer une séquence protéique via un access number sur la base de donnée swissprot.
Quelqu' un saurait-il comment on s' y prend , la documentation la-dessus est vague ou trop compliqué et ça m'a l'air simple pourtant, ou alors je le fais en perl .:-P

Merci beaucoup

**Jasmine80** · 11/02/2009, 16h04

Je ne connais pas python et je travaille en Perl sur des séquences d'ADN en utilisant le module Bio-DB-Genbank, très simple à utiliser. Son équivalent protéique est Bio-DB-SwissProt et semble tout aussi simple.

**MaliciaR** · 11/02/2009, 23h45

Salut et bienvenu,

Voilà un pitit code biopython pour récupérer des fiches GenBank :

Code python :

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#!/usr/bin/python
 
#-*- coding: utf-8 -*-
 
from Bio import GenBank
from Bio import SeqIO
handle = GenBank.download_many(['1', '2', '3'])
for seqrecord in SeqIO . parse (handle, "genbank" ) :
	print seqrecord.id, seqrecord.description [:50] + "..."
	print "Sequence length %i," %len ( seqrecord.seq )
	print "%i features," %len ( seqrecord.features )
	print "from: %s" %seqrecord.annotations ['source']
handle . close ()