Dans les propriétés de publication tu as bien indiqué le fichier comme fichier de données (me souvient plus de la dénomination exacte) ? C'es dans une boite de dialogue avec la liste des fichiers de la solution et des combobox qui te permettent d'exclure ou non certains fichiers.
Les fichier marqués comme fichiers de données en clic once ne sont pas stockés au même endroit que l'appli elle même. Ils sont dans C:\Users\user\AppData\Local\Apps\2.0\Data\etc.... Regarde si tu les trouves.
Pour obtenir le chemin du dossier contenant les fichiers de données pour une appli click once :
System.Deployment.Application.ApplicationDeployment.CurrentDeployment.DataDirectory
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