Discussion :

[gwal21]

Bonsoir tout le monde,

En fait j'ai créé un petit programme en matlab qui me permet de renommer automatiquement des fichiers DICOM.
En fait j'ai des clichés, il crée le nom en fonction de divers informations de ces fichiers et écrit des fichiers DICOM avec ce nom.

C'est grossomodo un copier-coller seul le nom change, cependant dans les nouveaux clichés que je crée je perd de l'information, mes images se retrouvent fortement bruité et leur taille diminuée (d'où ma déduction de perte d'information).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  for n = 1:nfiles
             nomImage = [handles.dfolder '\' dfiles(n).name];
 
             headers = dicominfo(nomImage);   
 
             if(headers.InstanceNumber<10)
                 nomNouveauImage = strcat(handles.dfolder,'\ImagePerfu0',num2str(headers.InstanceNumber),num2str(headers.SeriesNumber));
             else
                 nomNouveauImage = strcat(handles.dfolder,'\ImagePerfu',num2str(headers.InstanceNumber),num2str(headers.SeriesNumber)); 
             end
            image = dicomread(nomImage);
            dicomwrite(image,nomNouveauImage,headers);
 
        end

Aurai-je oublié des paramètres dans la fonction dicomwrite?

Merci.

[Jerome Briot]

C'est assez bizarre... il faudrait comparer les informations fournies par DICOMINFO avant et après la modification...

Tu peux t'aider de cette contribution sur le FEX : STRUCTCOMPVIS

[gwal21]

Merci.

Alors j'ai comparé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Avant :                                          Après :


BitDepth: 12                                    BitDepth: 16      
BitsStored: 12                                  BitsStored: 16                                                            
FileMetaInformationGroupLength: 212   FileMetaInformationGroupLength: 224                              
FileSize: 172174                               FileSize: 100516                                            
HighBit: 11                                      HighBit: 15                  

Voila ce qui en ressort.
La diminution de taille s'expliquerait par le fait que je ne peux pas copier les infos dans les tags constructeurs.
Mais les autres différences aucune idée.
J'ai l'impression que plutot une perte, cela rajoute plus d'information d'où le bruit sur l'image.

[Jerome Briot]

La diminution de taille s'expliquerait par le fait que je ne peux pas copier les infos dans les tags constructeurs.

Tu peux faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

dicomwrite(...,'WritePrivate',true);

J'ai l'impression que plutot une perte, cela rajoute plus d'information d'où le bruit sur l'image.

MATLAB a converti les données codées sur 12bits initialement en 16bits car c'est la seule classe appropriée.

C'est ce qui est expliqué dans la documentation de DICOMREAD :

Class Support

X can be uint8, int8, uint16, or int16. map must be double. alpha has the same size and type as X. overlays is a logical array.

Je n'ai jamais eu à traiter d'images comme celle-ci (toujours 8 ou 16 bits) et je n'ai, me semble-t-il, pas de fichier DICOM de ce type pour faire des tests

[gwal21]

Erf la galère.
Sinon faudrais que je puisse changer les noms de mes images via mon petit programme plutot que de réécrire les mêmes images avec un nom différent, en theorie je ne devrai plus avoir de problème.

[Jerome Briot]

Euh... au fait pourquoi ne pas simplement utiliser une commande Dos ou Unix pour renommer tes fichiers ?

Sous Windows :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for n = 1:nfiles
 
    currentname = fullfile(handles.dfolder ,dfiles(n).name);
    newname = fullfile(handles.dfolder,sprintf('ImagePerfu%02d%d',headers.InstanceNumber,headers.SeriesNumber));
 
    cmd = sprintf('rename %s %s',currentname,newname);
 
    dos(cmd);
 
end

Je crois que j'avais lu un peu trop rapidement ton premier message

[gwal21]

Oups désolé je répond un peu tardivement. Je m'excuse, j'ai eut une coupure d'internet -_-' vive les travaux du tram...

Je ne savais pas que c'était possible d'utiliser des commandes win dans matlab, je vais me pencher la dessus.

Je te remercie.

[gwal21]

J'ai encore un soucis. Quand je rentre la commande dos comme tu me l'as donné, je compile et il me met :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

La syntaxe de la commande n'est pas correcte.

Donc j'ai cherché à comprendre le code, et j'ai retapper la même chose pour renommer d'autre fichier. Et la commande a parfaitement marchée.

Je comprend pas pourquoi dans un cas ça marche et pas dans l'autre .

[Jerome Briot]

Les noms des fichiers contiennent-ils des caractères spéciaux ou des espaces ?

Essaie comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cmd = sprintf('rename "%s" "%s"',currentname,newname);

Si ça ne fonctionne toujours pas, retire le point-virgule à la fin de la ligne ci-dessus est montre nous ce qui s'écrit dans le Command Window

[gwal21]

J'ai retiré les espaces dans les noms de dossier.

Voila ce que j'obtiens dans la command window :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cmd =
 
rename "E:\Perfusion\681314" "E:\Perfusion\ImagePerfu1432"

et toujours le même soucis.

[Jerome Briot]

Une version un peu plus robuste :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for n = 1:nfiles
 
    currentname = fullfile(handles.dfolder ,dfiles(n).name);
    newname = fullfile(handles.dfolder,sprintf('ImagePerfu%02d%d',headers.InstanceNumber,headers.SeriesNumber));
 
    if exist(currentname,'file')~=2
        error('Impossible de trouver le fichier "%s" ',currentname);
    end
 
    if exist(newname,'file')~=2
        error('Impossible de trouver le fichier "%s" ',newname);
    end
 
    cmd = sprintf('rename "%s" "%s"',currentname,newname);
 
    dos(cmd);
 
end

Voir la : Comment tester l'existence d'un fichier ou d'un dossier ?

[Jerome Briot]

Arf... il suffit de vérifier la syntaxe de la commande "rename"

Renomme un ou plusieurs fichiers.

RENAME [lecteur:][chemin]nom_de_fichier1 nom_de_fichier2.
REN [lecteur:][chemin]nom_de_fichier1 nom_de_fichier2.

Vous ne pouvez pas spécifier un nouveau lecteur pour votre destination.

Le chemin du fichier cible ne doit pas être spécifié.

=>

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for n = 1:nfiles
 
    currentname = fullfile(handles.dfolder ,dfiles(n).name);
    newname = sprintf('ImagePerfu%02d%d',headers.InstanceNumber,headers.SeriesNumber);
 
    if exist(currentname,'file')~=2
        error('Impossible de trouver le fichier "%s" ',currentname);
    end
 
    if exist(newname,'file')~=2
        error('Impossible de trouver le fichier "%s" ',newname);
    end
 
    cmd = sprintf('rename "%s" "%s"',currentname,newname);
 
    dos(cmd);
 
end

[gwal21]

J'avais pas vu ça... Je lirai mieux les doc à l'avenir.

En tout cas merci beaucoup pour ton aide, c'est parfait.