Discussion :

[mickael.legall1]

Bonjour,

J'ai actuellement quelques problèmes que je vais essayer d'expliquer pour que vous puissiez m'aider.
Je fais actuellement une étude sur les pollinisateurs et leurs interactions avec les plantes sur les bordures de champs. J'ai donc un total d'insecte par bordure et de nombreuses variables qualitatives (traitement de la bordure, pente, nature du sol...) et quantitatives (nombre total de plantes, pourcentage de plante entomophile...).
Pour voir ce qui influence mon nombre total d'insecte, j'ai donc réalisé un GLM avec la distribution de poisson (car c'est une variable de comptage et que le test de shapiro me montre que le nombre total d'insecte est normal mais très juste, PV=0.055).
Dans mon GLM, j'ai mis plusieurs variables qualitatives et quantitatives et les interactions 2 à 2.
Ma question est à propos de l'interprétation de l'intercept. J'ai bien compris que celui-ci correspond à l'ordonnée à l'origine + la première possibilité de mes variables qualitatives (qu'il fixe à 0). Le problème est que dans mon GLM du coup, il fixe beaucoup de chose à 0 dans l'intercept et donc je ne vois pas comment pouvoir interpréter la significativité ou la non-significativité de celui-ci.

EX DE GLM
m1=glm(totInsecte~traitement de la bordure+nature du sol+pourcentage de plante entomophile+nombre de plante sur la bordure+les diverses interraction 2 à2,family=poisson)

sachant que le traitement de la bordure est: mécanique, chimique, mixte ou aucun et que la nature du sol est argileuse ou limoneuse)

Du coup, dans l'intercept qui est significatif, il y a le traitement "aucun" et la nature du sol "argileuse". Comment alors interpréter cet intercept.

J'espère avoir été assez clair dans mes explication sinon hésitez pas à me demander des précisions.

Merci pour vos réponses

Mick, quelqu'un qui cherche à se réconcilier avec les stats et ce logiciel R

[pitipoisson]

Bonjour et bienvenue,

EX DE GLM
m1=glm(totInsecte~traitement de la bordure+nature du sol+pourcentage de plante entomophile+nombre de plante sur la bordure+les diverses interraction 2 à2,family=poisson)

sachant que le traitement de la bordure est: mécanique, chimique, mixte ou aucun et que la nature du sol est argileuse ou limoneuse)

Du coup, dans l'intercept qui est significatif, il y a le traitement "aucun" et la nature du sol "argileuse". Comment alors interpréter cet intercept.

Tu réponds déjà en grande partie à la questions. Effectivement, avec le contraste par défaut, le premier niveau de chaque facteur est pris comme effet nul. L'intercept correspond donc à la valeur prédite pour ces traitements nuls et pour la valeur zéro de toutes les variables explicatives numériques. Les paramètres pour les facteurs suivants donnent les différences des effets.

Pour bien voir ce que ça fait, tu peux te créer des variables entre lesquelles tu connais les relations et faire un (g)lm. Exemple ici avec un lm :

Code :

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> df <- data.frame(x1=rnorm(30, 5, 2), x2=rnorm(30, 10, 5), f1=rep(letters[1:2], 15))
> df$y1 <- with(df, as.numeric(f1) + 0.5 * x1 + 2 * x2 + 0.2 * x1 * x2 - 0.5)
> lm1 <- lm(y1 ~ f1 * x1 * x2, data=df)
> lm1
 
Call:
lm(formula = y1 ~ f1 * x1 * x2, data = df)
 
Coefficients:
(Intercept)          f1b           x1           x2       f1b:x1       f1b:x2  
  5.000e-01    1.000e+00    5.000e-01    2.000e+00   -4.667e-15   -1.499e-15  
      x1:x2    f1b:x1:x2  
  2.000e-01    2.731e-16  
 
>

Note que as.numeric(f1), ça fait 1 pour a et 2 pour b.

[mickael.legall1]

merci pour cette réponse.
Du coup, cela veut dire qui si dans mon modèle,mon intercept est significatif, alors touts les paramètres fixer à zéro du modèle sont significatif?
Sinon, si dans mon modèle, par exemple, avec traitement chimique fixé à 0. Si le traitement mécanique ressort significatif mais pas le traitement "aucun traitement", cela veut dire que le traitement mécanique influence différemment mon Y que le traitement chimique mais pas le traitement "aucun traitement". si s'est le cas, comment savoir s'il y a une différence entre le traitement mécanique et le traitement "aucun traitement".
Enfin, je voulais savoir à quoi sert-il de faire anova(modele,test="Chisq"), si les variable X ressortent significative, ont peut garder le résultat du GLM et si elles sont pas significatives, même si le GLM dit que cette variable est significative on ne doit pas la garder?

J'espère être compréhensible, c'est pas évident d'expliquer ses problèmes par message

[pitipoisson]

...
Du coup, cela veut dire qui si dans mon modèle,mon intercept est significatif, alors touts les paramètres fixer à zéro du modèle sont significatif?...

Je ne comprends pas ce que tu veux dire !

...
Sinon, si dans mon modèle, par exemple, avec traitement chimique fixé à 0. Si le traitement mécanique ressort significatif mais pas le traitement "aucun traitement", cela veut dire que le traitement mécanique influence différemment mon Y que le traitement chimique mais pas le traitement "aucun traitement". si s'est le cas, comment savoir s'il y a une différence entre le traitement mécanique et le traitement "aucun traitement".

Ggghhh
Si tu postais les sorties en question, ce serait bien plus simple à comprendre...