Discussion :

[Geckozr]

Bonjour, je connais rien à la programmation mais je me dis que me lancer ne serait pas mal!

je suis étudiant en biologie, et j'aurais besoin d'un gros coup de pouce :

J'utilise un appareillage d'analyse qui me produit des rapports d'analyse

j'aimerais automatiser la lecture de ce type de rapport puis son intégration dans excel, afin d'ensuite réaliser des calculs dans excel (qui eux aussi pourraient être automatisé ensuite, ce serait à voir dans un deuxième temps)

en ce qui concerne les fichier de rapports :
on a une organisation comme ceci :

pour chaque analyse, un dossier est crée et dans ce dossier, je trouve le fichier rapport.txt sous cette forme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Batch Run # 9 of 40
Data File C:\CHEM32\1\DATA\RZ 10-20 2011-03-10 15-45-36\SIG1000013.D
Sample Name: C2
Instrument 1 11/03/2011 11:28:48  
 
=====================================================================
Acq. Operator   : RENE                           Seq. Line :  13
Acq. Instrument : Instrument 1                    Location : Vial 13
Injection Date  : 10/03/2011 07:04:40                  Inj :   1
                                                Inj Volume : 1 µl
Acq. Method     : C:\Chem32\1\DATA\JJB\RZ 10-20 2011-03-10 15-45-36\RZ FAMES.M
Last changed    : 14/02/2011 07:44:20  by Claire
Analysis Method : C:\CHEM32\1\METHODS\LF2.M
Last changed    : 11/03/2011 11:13:15 
=====================================================================
                         Area Percent Report                         
=====================================================================
 
Sorted By             :      Signal
Multiplier            :      1.0000
Dilution              :      1.0000
Use Multiplier & Dilution Factor with ISTDs
 
 
Signal 1: FID1 A, Front Signal
 
Peak RetTime Type  Width     Area      Height     Area  
  #   [min]        [min]   [pA*s]      [pA]         %
----|-------|----|-------|----------|----------|--------|
   1   3.505 BB    0.0491  806.85657  260.73309  5.47135
   2   3.683 BB    0.0581   34.59731    8.74691  0.23461
   3   4.271 BB    0.0573 2630.44409  726.19055 17.83724
   4   5.153 BV    0.0698  402.81317   90.78178  2.73151
   5   5.336 VB    0.0751 1749.82727  364.13791 11.86571
   6   5.780 BB    0.0713 3307.15698  723.42102 22.42607
   7   6.433 BB    0.0730 2319.65869  483.20779 15.72978
   8   7.305 BV    0.0794  264.77740   51.10927  1.79548
   9   7.502 VB    0.0766 2639.53589  499.58737 17.89889
  10   7.920 BB    0.0643  244.70880   59.09523  1.65939
  11   8.461 BB    0.0688   65.16162   14.68499  0.44187
  12   9.197 BV    0.0778   38.39365    7.13300  0.26035
  13   9.408 VB    0.0929  242.99591   40.01165  1.64777
Totals :                  1.47469e4  3328.84057
 
=====================================================================
                          *** End of Report ***

Le but serait de créer un fichier excel, dans le répertoire :
C:\CHEM32\1\DATA\RZ 10-20 2011-03-10 15-45-36\
qui contient le répertoire
SIG1000013.D contenant un rapport, mais aussi les répertoires
SIG1000012.D et SIG1000014.D etc...

Je cherche à extraire les donnée suivantes :
le nom de l'échantillon :
C2

et les données correspondantes aux colonnes :
RetTime
Area
Area %

Ces colonnes peuvent contenir un nombre de ligne différent pour chaque analyse

Je voudrais donc générer un fichier excel (ou alors à partir d'un fichier excel, créer une macro qui irait chercher toutes ces données), qui contient pour chaque analyse, une feuille qui aurait pour titre le nom de l'échantillon, et ensuite les 3 colonnes, et les valeurs correspondantes.

J'ai pour cela plusieurs questions :
A votre avis, est ce qu'il vaut mieux créer une macro directement avec excel, ou plutôt créer un script d'extraction des données et de génération d'un fichier excel correspondant ?
Sachant que :
Il faudrait explorer pour ce dossier général, dans chaque sous dossier afin de trouver le fichier texte, et si il y en a un le traiter.
En gros, j'ai 100 fichier rapport par analyse.


je pense que l'on peut développer en 2 temps qui peuvent être plus ou moins indépendantes :
1 explorer les dossiers et trouver le fichier Rapport.txt si il y en a un dans le sous dossier exploré
2 extraire les données du fichier

Merci de me présenter votre avis, et si vous avez une idée de quoi utiliser...

[ben_ghost]

100 Fichier par analyse

Le problème c'est que le VBA est lent et à ses limites ça risque de mettre une plombe à être exécuté et peut éventuellement planté.


Je te conseillerais donc de passer par un script compilé en C++ ou autre (ce que tu gères le mieux en fait) pour extraire les données qui t'interresse et ensuite de retravailler ces données avec excel...

[Geckozr]

Ok, merci de ta réponse !

Et oui, c'est variable, mais 100 analyses arrivent vite en faite ! (étant donné qu'on doit faire des répétitions biologiques, sur 30 à 40 échantillons, ça arrive vite!)

En tout cas, je vais me tourner vers une autre partie du forum !

Enfin, si des idées arrivent, je repasserais !

Merci encore