Discussion :

[fripette]

Bonjour à tous,

Voilà, je débute vraiment en R.
Je suis face plusieurs interrogations que j'ai du mal à formuler et donc à solutionner en cherchant dans la doc (pas de mots clé donc pas de chocolat)

Voici ma matrice :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	[0-25]	[25-50]	[50-75]	[75-100]
E1	0	4	10	0	
E2	0	0	5	0	
E3	0	1	0	0	
E4	0	8	1	0	
E5	0	19	4	0

Voici mon code (et là j'ai eu beaucoup d'aide de mes collègues) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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matppbrut <- read.table("/Users/drula/scripts/data/cazydata/blast_tmp/result_full_predict_20110426_15:59:07.txt", header=T)
colnames(matppbrut) <- substr(colnames(matppbrut), 2, 5)
matppbrut <- t(matppbrut)
 
nom <- "/Users/drula/scripts/data/cazydata/blast_tmp/test.png"
png(filename=nom,width=750, height=600,units="px",pointsize=12,bg="white",res=100)
pie(matppbrut[,1], main = names(matppbrut[1,][1]))
legend("topleft", colnames(matppbrut), cex=0.7, col=c("#FF69B4","#FF6600","#FF69B4","#AA9900","#33FF33","#AB003C"),pch=16:21, lty=2)
dev.off()

Je voudrais faire pour chaque ligne un camembert representatif du nombre de valeurs pour chaque quart (de 100% ).
Donc j'ai du retourné ma matrice sinon ca marchait pas .

Les problèmes que je rencontre:
_ le header du tableau est pas du tout pris correctement en compte ca donne sur mon pie 50.7 au lieu de [50-75] : donc probleme d'integration du - ?

_ le probleme des valeurs zero: ca donne une barre toute fine sur le camembert ca fait moche. Je voudrais que ces valeurs ne soient pas affiches lors de la generation du graph . J'ai pense faire un tableau donc une matrice par E (donc un fichier plat par E aussi ?)

[A. D.]

Bonjour,

Dans la mesure où je ne dispose pas de votre fichier de données, je ne sais pas de quelle manière sont gérés les noms de vos colonnes.

Cependant, j'ai rédigé le code suivant en me basant sur ce que j'ai compris que vous cherchiez à faire. Il fonctionne parfaitement et les labels des parts du camembert sont corrects. Il pourrait sûrement être fait plus proprement (si vous avez beaucoup de lignes, l'utilisation d'une boucle n'est peut-être pas très optimale...), mais cela vous donnera peut-être une idée de comment procéder pour supprimer les éléments ayant pour valeur zéro.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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M<-matrix(c(0,0,0,0,0,4,0,1,8,19,10,5,0,1,4,0,0,0,0,0),byrow=FALSE,ncol=4)
 
rownames(M)<-paste("E",1:5,sep="")
colnames(M)<-c("[0-25]","[25-50]","[50-75]","[75-100]")
 
 
par(mfrow=c(2,3))
 
for(i in 1:nrow(M))
{
	A<-M[i,]
 
	u<-NULL
	for(k in 1:length(A))
	{
		if(A[k]==0)
		{
			u<-c(u,k)
		}
	}
 
	A<-A[-u]
 
	pie(A,main=rownames(M)[i],col=c("cornsilk", "skyblue"))
}

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[fripette]

Merci pour cette réponse ! Ton script fait exactement ce que je veux
Mon fichier d'entrée est vraiment le tableau prés formatée

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	[0-25]	[25-50]	[50-75]	[75-100]
E1	0	4	10	0	
E2	0	0	5	0	
E3	0	1	0	0	
E4	0	8	1	0	
E5	0	19	4	0

Ma question suivante est la prise en compte des valeurs nulles que je voudrais remplacer par NA.
Comment intégrer la 'non prise en compte' de ces valeurs?
J'ai essaye avec na.rm=TRUE en argument dans le pie ,mais ca n'est pas pris en compte :S

[A. D.]

Ma question suivante est la prise en compte des valeurs nulles que je voudrais remplacer par NA.
Comment intégrer la 'non prise en compte' de ces valeurs?
J'ai essaye avec na.rm=TRUE en argument dans le pie ,mais ca n'est pas pris en compte :S

Pourquoi remplacer les valeurs nulles par des NA?
Dans l'exemple que j'ai créé ci-dessus, les valeurs nulles ne sont pas prises en compte dans le dessin des camemberts. Cela ne correspond pas à ce que vous souhaitez faire?


Cordialement,

A.D.

[fripette]

Si exactement mais cependant je ne vois pas (ou je ne la comprends pas ) la partie correspondant aux valeurs nulles
est ce bien cette partie ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(A[k]==0)
		{
			u<-c(u,k)
		}

si oui pourriez vous me l'expliquer svp

[A. D.]

Voici le même code que précédemment mais avec quelques commentaires :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(i in 1:nrow(M)) # boucle sur les lignes de la matrice M
{
	A<-M[i,]  # A contient la ième ligne de la matrice M
 
	u<-NULL
 
	for(k in 1:length(A)) # cette boucle permet de parcourir tous les éléments de A
	{
		if(A[k]==0) # si le kème élément de A vaut zéro, alors :
		{
			u<-c(u,k) # on stocke la position k à la suite dans le vecteur u
		}
	}
 
	# à la fin de cette boucle "for", le vecteur u contient les emplacements des valeurs nulles dans A
 
	A<-A[-u] # ici on supprime tous les éléments de A qui valent zéro
 
	pie(A,main=rownames(M)[i],col=c("cornsilk", "skyblue"))
}

Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas


Cordialement,

A.D.

[fripette]

C'est bon j'ai compris : je vais commenter pour ceux qui rencontreront ce même problème plus tard

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(A[k]==0) # pour chaque valeur de la ligne si c'est egale a Zero 
		{
			u<-c(u,k) # je mets dans un vecteur l'index de la valeur nulle 
		}
	}

	A<-A[-u] # je redefinis mon vecteur d'interet en prenant l'inverse de u (donc les indexes des valeurs NON nulles)

[fripette]

Rebonsoir

Bon finalement je rencontre un probleme lorsqu'il n'y a pas de valeurs NA (ou O )

Voici l'exemple (j'ai mis byrow=TRUE car ca me semblait plus logique):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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M<-matrix(c(1,74,104,26,0,4,22,2,0,5,3,0,0,17,11,0,0,34,25,8,0,3,2,0),byrow=TRUE,ncol=4)
 rownames(M)<-c("GH","CBM","X","CE","GT","PL")
 colnames(M)<-c("[0-25]","[25-50]","[50-75]","[75-100]")
 	par(mfrow=c(2,3))
 
 	for(i in 1:nrow(M)){
 		A<-M[i,]
 		u<-NULL
 		for(k in 1:length(A)){
			if(A[k]==0){
 				u<-c(u,k)
 			}
 		}   
 
 		A<-A[-u]
 		pie(A,main=rownames(M)[i],col=c("#B6D3E7","#FFD8A6","#7495AD","#A47334"))

Et le message d'erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Error in -u : invalid argument to unary operator
Execution halted

logique parce que si je comprends bien -u est un vecteur vide non ? HELP :S

[A. D.]

Re-bonsoir,

Premièrement, petite remarque au passage : vous avez oublié l'accolade fermante de la boucle sur les lignes de M dans votre code.

Ensuite, pour le problème du vecteur u à NULL, en effet comme dans le cas précédent cela ne se présentait pas, je n'y ai pas fait attention (shame on me ! ).
Cependant, ce n'est pas un très gros soucis, il suffit juste, par exemple, d'ajouter un petit test sur la longueur du vecteur u :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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par(mfrow=c(2,3))
 
for(i in 1:nrow(M))
{
 	A<-M[i,]
 	u<-NULL
 	for(k in 1:length(A))
	{
		if(A[k]==0)
		{
 			u<-c(u,k)
 		}
 	}   
 		
	if(length(u)!=0)
	{
		A<-A[-u]
	}

 	pie(A,main=rownames(M)[i],col=c("#B6D3E7","#FFD8A6","#7495AD","#A47334"))
}

Cordialement,

A.D.

[fripette]

J'avais essayé quelque chose comme ça mais comme je ne connais pas encore la syntaxe en R :S

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if (u){
A<-A[-u]
 
}

Mais bon comme on dit chez moi "pas-capable est mort sans essayer "

Merci beaucoup !!!
Et pour l'accolade je pense que c'est un oubli dans mon copier coller

[fripette]

ReBonjour,
Je suis desolee de revenir sur ce sujet mais je suis face à des détails:

il faudrait que j'attribue une couleur FIXE à chaque colonne.

En effet quand la premiere colonne est vide (ex [0-25]) la premiere couleur du vecteur c() est attribué a la valeur de la colonne deux (cad [25-50]).

Or comme j'affiche plusieurs camemberts, il faudrait garder l'harmonie des couleurs entre ceux ci.

Si vous ne voyez pas de solution simple, je vous remercie malgre tout du temps que vous m'auriez accordé.

[A. D.]

Bonjour,


Je ne suis pas sur mon ordi et ne peux donc pas tester sous R, mais je pense que quelque chose comme ceci devrait faire l'affaire :

• Créer un vecteur contenant les couleurs correspondant à chacune des différentes classes, par exemple :
  
  

  Code :

  Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

  couleurs=c("#B6D3E7","#FFD8A6","#7495AD","#A47334")

• Inclure dans la boucle précédente le code en rouge ici :
  
  

  Code :

  Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  par(mfrow=c(2,3))
   
  for(i in 1:nrow(M))
  {
   	A<-M[i,]
  
   	u<-NULL
   	for(k in 1:length(A))
  	{
  		if(A[k]==0)
  		{
   			u<-c(u,k)
   		}
   	}   
   		
  	if(length(u)!=0)
  	{
  		A<-A[-u]
                  COL<-couleurs[-u]
  	}
  
   	pie(A,main=rownames(M)[i],col=COL)
  }

Normalement ça devrait faire l'affaire


Cordialement,

A.D.

[fripette]

Effectivement A. D.
Ça va presque et c'est justement à cause du presque que je réponds car je suis fière de commencer à comprendre (oui je suis pour l'auto congratulation !) :

Il faut penser à remettre à NULL le vecteur COL car sinon on garde en mémoire le vecteur qu'on avait rempli précédemment

[A. D.]

Bonjour,

Il faut penser à remettre à NULL le vecteur COL car sinon on garde en mémoire le vecteur qu'on avait rempli précédemment

Ici ce n'est pas un problème car on ne concatène pas le vecteur COL, on le remplace simplement par "couleurs[-u]", donc à chaque passage dans la boucle, l'ancien vecteur COL est écrasé et remplacé par les nouvelles valeurs souhaitées.
Cela dit, pour plus de sûreté vous pouvez effectivement ajouter une réinitialisation à NULL dans tous les cas où vous avez un doute, à condition de la placer au bon endroit bien sûr

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[fripette]

He bien je ne dois pas tout comprendre alors finalement

Voici mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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M<-matrix(c(0,2,0,0,0,266,38198,11963,5841,2271),byrow=TRUE,ncol=5)
rownames(M)<-c("GTb","GT")
colnames(M)<-c("[0-25]","[25-50]","[50-75]","[75-100]","[100]")
nom <- "GT_pourcent.png"
png(filename=nom,width=750, height=600,units="px",pointsize=12,bg="white",res=100) 	
couleurs<-c("#F2863D","#F2C76D","#5C7CCD","#59C0C5", "#00858B") 
par(mfrow=c(2,3))
	for(i in 1:nrow(M)){
		A<-M[i,]
		u<-NULL
		COL<-NULL
 
		for(k in 1:length(A)){
			if(A[k]==0){
				u<-c(u,k)
			}
		}   
 
		if(length(u)!=0){
			A<-A[-u]
			COL<-couleurs[-u]
 
		}
		print(A)
		print(COL)
		pie(A,main=rownames(M)[i],col=COL)	
	}

Et lorsque j'enleve la ligne COL<-NULL , j'ai mes deux camemberts qui ont tous les deux l'unique couleur #F2C76D qui correspond au 2 (deuxieme valeur de la Matrice).
Je me suis dis effectivement que c'etait pas pratique de remettre toujours la variable a NULL.


Le Rout:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> M<-matrix(c(0,2,0,0,0,266,38198,11963,5841,2271),byrow=TRUE,ncol=5)
> rownames(M)<-c("GTb","GT")
> colnames(M)<-c("[0-25]","[25-50]","[50-75]","[75-100]","[100]")
> nom <- "GT_pourcent.png"
> png(filename=nom,width=750, height=600,units="px",pointsize=12,bg="white",res=100) 	
> couleurs<-c("#F2863D","#F2C76D","#5C7CCD","#59C0C5", "#00858B") 
> par(mfrow=c(2,3))
> 	for(i in 1:nrow(M)){
+ 		A<-M[i,]
+ 		u<-NULL
+ 		
+ 		
+ 		for(k in 1:length(A)){
+ 			if(A[k]==0){
+ 				u<-c(u,k)
+ 			}
+ 		}   
+ 		
+ 		if(length(u)!=0){
+ 			A<-A[-u]
+ 			COL<-couleurs[-u]
+ 						
+ 		}
+ 		print(A)
+ 		print(COL)
+ 		pie(A,main=rownames(M)[i],col=COL)	
+ 	}
[25-50] 
      2 
[1] "#F2C76D"
  [0-25]  [25-50]  [50-75] [75-100]    [100] 
     266    38198    11963     5841     2271 
[1] "#F2C76D"
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
  0.302   0.038   0.345

[A. D.]

Le problème ne vient pas du fait de mettre ou non le vecteur COL à NULL.
En fait, il vient simplement du fait que nous avons oublié le cas où aucune des valeurs de la ligne (A) n'est nulle ! Comme dans l'exemple pris précédemment, toutes les lignes contenaient des valeurs nulles, mon programme tournait. Il faut donc ajouter les éléments suivants en rouge :

Code :

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M<-matrix(c(0,2,0,0,0,266,38198,11963,5841,2271),byrow=TRUE,ncol=5)

rownames(M)<-c("GTb","GT")
colnames(M)<-c("[0-25]","[25-50]","[50-75]","[75-100]","[100]")

nom <- "GT_pourcent.png"

png(filename=nom,width=750, height=600,units="px",pointsize=12,bg="white",res=100) 	

couleurs<-c("#F2863D","#F2C76D","#5C7CCD","#59C0C5", "#00858B") 

par(mfrow=c(2,3))

for(i in 1:nrow(M))
{
	A<-M[i,]
	u<-NULL
	#COL<-NULL
		
	for(k in 1:length(A))
	{
		if(A[k]==0)
		{
			u<-c(u,k)
		}
	}   
		
	if(length(u)!=0)
	{
		A<-A[-u]
		COL<-couleurs[-u]
						
	}
	else
	{
		COL<-couleurs
	}
		

	print(A)
	print(COL)
	pie(A,main=rownames(M)[i],col=COL)	
}

Cordialement,

A.D.

[fripette]

Je ne peux que m'incliner: merci beaucoup .
Juste un peu de souci pour faire la mise au point avec le vecteur u qui est remplit ou pas en fonction de

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(A[k]==0)
		{
			u<-c(u,k)
		}

C'est cette notation un peu bizarre qui me trouble :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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u<-c(u,k)

[A. D.]

De rien

Sinon, pour obtenir de l'aide sur une fonction R, procéder comme suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

> ?nomdelafonction

Donc pour plus d'infos sur ce à quoi correspond :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(A[k]==0)
{
	u<-c(u,k)
}

Taper dans R :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

?c

En fait ici, on initialise à chaque passage dans la boucle générale le vecteur u à NULL. Puis, pour chaque élément k de la ligne A, si celui-ci vaut zéro, alors on ajoute le numéro k lui correspondant "au bout" du vecteur u. Il s'agit donc d'une concaténation d'éléments.


Cordialement,

A.D.

[fripette]

ReeeeeeBonjour,

Toujours pour paufiner mon camembert : j'aimerais afficher une information supplémentaire : le nb d'effectif par partie du camembert.

Un exemple est plus parlant pour moi :Voici notre matrix

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[0-25]	[25-50]	[50-75]	[75-100]
E1	0	4	10	0	
E2	0	0	5	0	
E3	0	1	0	0	
E4	0	8	1	0	
E5	0	19	4	0

Sur mon pie, j'aimerais afficher les informations que d'habitude mais en plus 4 sur la partie [25-50] et 10 pour [50-75].
Comme ici les pourcentages : http://code.google.com/intl/fr/apis/.../piechart.html

Mais je n'ai pas trouve le mot réserve pour ajouter sur le camembert les effectifs en plus du nom des colonnes (colnames).
Je pense qu'au final je vais certainement passer par les boxplot car il me semble que plus d'informations peut être affiché.

Merci Merci

Au final, avec tous nos post, on peut faire une doc tres interessante sur les pie pour les mettre dans la partie tuto de R sur developpez. Si c'est possible, Je veux bien le faire

[A. D.]

Bonjour,

Je ne sais pas s'il est possible de faire avec R un camembert exactement sur le même modèle que celui que vous mettez en lien (j'utilise très rarement les camemberts), cependant, voici une idée s'en rapprochant un peu (après il faut sûrement ajuster les paramètres de la légende en fonction du cas) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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M<-matrix(c(0,4,10,0,0,0,5,0,0,1,0,0,0,8,1,0,0,19,4,0),byrow=TRUE,ncol=4)
 
rownames(M)<-paste("E",1:5,sep="")
colnames(M)<-c("[0-25]","[25-50]","[50-75]","[75-100]")
 
namescol<-colnames(M)
 
 
couleurs<-c("#F2863D","#F2C76D","#5C7CCD","#59C0C5", "#00858B") 
 
par(mfrow=c(2,3))
 
for(i in 1:nrow(M))
{
	A<-M[i,]
	u<-NULL
	#COL<-NULL
 
	for(k in 1:length(A))
	{
		if(A[k]==0)
		{
			u<-c(u,k)
		}
	}   
 
	if(length(u)!=0)
	{
		A<-A[-u]
		COL<-couleurs[-u]
		NAMESCOL<-namescol[-u]
 
	}
	else
	{
		COL<-couleurs
		NAMESCOL<-namescol
	}
 
 
	print(A)
	print(COL)
	pie(A,main=rownames(M)[i],col=COL,labels=A)	
 
	legend("topright",legend=NAMESCOL,pch=15,col=COL)
}

Sinon, concernant la doc sur les camemberts, si vous vous en sentez le courage, je veux bien servir de relecteur ou éventuellement aider pour compléter certains points. Tenez-moi au courant


Cordialement,

A.D.