Problème : création de graphe

**Elegans** · 30/04/2011, 06h54

Bonjour,
première fois que je poste ici et je viens avec une banale "Erreur de segmentation" mais hélas impossible de la debugger.

Je vous explique, mon projet consiste à trouver la plus courte sur-séquence à partir de petites séquences. Par exemple : CTA, ACT, AGT, la plus courte sur-séquence : ACTAGT.
Pour cela je souhaite créer un graphe, avec les petites séquences en sommets et les valeurs de recouvrement en valeurs des arcs, pour pouvoir le parcourir par la suite après. (pas encore codée

)

graphe.c

Code graphe.c :

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include "graphe.h"
 
#include <sys/stat.h>
#include <unistd.h>
 
#define CARFIN '#'
#define STRSEP "#"
 
/* =============================================================== */
char ** text2tabseq(char *text, char fin, int *nbseq)
/* =============================================================== */
/* 
   Parcourt "text" qui contient des fragments termines par le caractere fin.
   Les fragments sont ranges (sans le caractere fin) dans un tableau
     de chaines de caracteres (char **), qui est alloue et retourne 
     par text2tabseq.
   En sortie, *nbseq contient le nombre de fragments trouves.
*/
{
  register int i, j, n, ts;
  char ** tabseq = NULL;
  char *p;
 
  /* compte le nb de sequences - ie - de caracteres fin */
  *nbseq = 0;
  ts = strlen(text);
  for (i = 0; i < ts; i++) 
  {
    if (text[i] == fin) 
      (*nbseq)++;
  }
 
  /* alloue le tableau de pointeurs tabseq */
  tabseq = (char **)malloc(*nbseq * sizeof(char *));
  if (tabseq == NULL)
  {   fprintf(stderr,"text2tabseq() : malloc failed for tabseq\n");
      exit(0);
  }
 
  /* transfere les chaines dans tabseq */
  j = i = 0;
  for (n = 0; 
       n < *nbseq; 
       n++, i = j + 1, j = i)
  {
    while (text[j] != fin) j++;
    p = (char *)malloc((j - i + 1) * sizeof(char));
    if (!p) { fprintf(stderr, "error : malloc failed\n"); exit(0); }
    strncpy(p, text+i, j-i);
    p[j-i] = '\0';
    tabseq[n] = p;
  }
  return tabseq;
} /* text2tabseq() */
 
/* =============================================================== */
void printtabseq(int nbseq, char **tabseq)
/* =============================================================== */
{
  int i;
 
  for (i = 0; i < nbseq; i++)
    printf("%s\n", tabseq[i]);
} /* printtabseq() */
 
/* =============================================================== */
void freetabseq(int nbseq, char **tabseq)
/* =============================================================== */
{
  int i;
 
  for (i = 0; i < nbseq; i++)
    if (tabseq[i] != NULL) free(tabseq[i]);
  free(tabseq);
} /* freetabseq() */
 
/* =============================================================== */
char * readtextfile(char * filename)
/* =============================================================== */
/* 
  Lit le fichier texte de nom <filename> et retourne son contenu 
    sous forme de chaine de caracteres (char *).
*/
{
  struct stat monstat;
  int N;
  char * text = NULL;
  FILE *fd = NULL;
 
  N = stat(filename, &monstat);
  if (N == -1)
  {
    fprintf(stderr, "error : bad file %s\n", filename);
    exit(0);
  }
  N = monstat.st_size;
  text = (char *)malloc(N+1);
  if (text == NULL)
  {   fprintf(stderr,"readtextfile() : malloc failed for text\n");
      exit(0);
  }
  fd = fopen(filename,"r");
  if (!fd)
  {
    fprintf(stderr, "readtextfile: can't open file %s\n", filename);
    exit(0);
  }
 
  fread(text, sizeof(char), N, fd);
  text[N] = '\0';
  fclose(fd);
  return text;
} /* readtextfile() */
 
/* =============================================================== */
void CreerGraphe (GRAPHE *g, int nb)
/* =============================================================== */
{
  g->nbS=0;        
  g->nbA=0;
  g->maxS=nb;
  g->premierSommet=NULL;
  g->dernierSommet=NULL;
};/* CreerGraphe() */
 
/* =============================================================== */
int ajouterSommet(GRAPHE *g, int info)
/* =============================================================== */
{
  SOMMET *pointeur;
  //g->maxS++;
  pointeur=(SOMMET *) malloc(sizeof(SOMMET));
  if (pointeur == NULL)
  {
    printf("Erreur! Memoire insuffisante pour creer un sommet\n");
    return -1; 
  }
  else
  {
    pointeur->label=g->maxS;
    pointeur->info=info;
    pointeur->suivant=NULL;
    pointeur->adj=NULL;
    if (g->nbS == 0)
    {
			g->premierSommet=pointeur;
			g->dernierSommet=pointeur;
		}
		else
		{
			g->dernierSommet->suivant=pointeur;
			g->dernierSommet=pointeur;
		}
	g->nbS++;
	return pointeur->label;
	}
}/* ajouterSommet() */
 
/* =============================================================== */
int ajouterArc(GRAPHE *g, int a, int b, int info)
/* =============================================================== */
{
	SOMMET *psommet, *psommet2;
	LISTEADJ *padj, *precedent;
	psommet=g->premierSommet;
 
	/* on parcourt les sommets jusqu'a trouver a */
	while (psommet != NULL)
		{
			if (psommet->label == a) break;
			psommet=psommet->suivant;
		}
	if (psommet == NULL)
		{
			printf("Erreur! Creation d'un arc dont l'origine n'existe pas\n");
			return -1;
		}
	else /* on a trouver a */
		{
			padj=psommet->adj;
 
			/* on parcourt les sommets pour trouver b */
			psommet2=g->premierSommet;
			while (psommet2 != NULL)
				{
					if (psommet2->label == b) break;
					psommet2=psommet2->suivant;
				}
			if (psommet2 == NULL)
				{
					printf("Erreur! Creation d'un arc dont l'extremite n'existe pas\n");
					return -2;
				}
			else /* on a trouver a et b */
				{
					if (padj == NULL) /* la liste d'adjacence est vide */
						{
							padj=(LISTEADJ *) malloc(sizeof(LISTEADJ));
							if (padj == NULL)
								{
									printf("Erreur! Memoire insuffisante pour creer un sommet\n");
									return -3; 
								}
							else
								{
									psommet->adj=padj; /* premier element de la liste d'adjacence */
									padj->suivant=NULL; 
								}
						}
					else /* la liste d'adjacence est non vide, on la parcourt pour voir si b s'y trouve */
						{
							if (padj->dest > b)
								{
									padj=(LISTEADJ *) malloc(sizeof(LISTEADJ));
									if (padj == NULL)
										{
											printf("Erreur! Memoire insuffisante pour creer un sommet\n");
											return -3; 
										}
									else
										{
											padj->suivant=psommet->adj;
											psommet->adj=padj;
										}
								}
							else
								{
									while (padj != NULL)
										{
											if (padj->dest == b) {padj->info=info; break;} /* l'arc existe, update info */
											if (padj->dest > b) {padj=NULL; break;} /* on depasse b sans le trouver */
											precedent=padj;
											padj=padj->suivant;
										}
									if (padj == NULL) /* l'arc n'existe pas, il faut le creer */
										{
											padj=(LISTEADJ *) malloc(sizeof(LISTEADJ));
											if (padj == NULL)
												{
													printf("Erreur! Memoire insuffisante pour creer un sommet\n");
													return -3; 
												}
											else
												if (precedent->suivant==NULL) /* element ajouter a la fin */
													{
														precedent->suivant=padj;
														padj->suivant=NULL; 
													}
												else /* element ajouter "au milieu" pour garder ordre */
													{
														padj->suivant=precedent->suivant;
														precedent->suivant=padj; 
													}
										}
								}
						}
					padj->dest=b;
					padj->info=info;
					g->nbA++;
				}
			return 0;
		}
}/* ajouterArc() */
 
/* =============================================================== */	
void afficherGraphe(GRAPHE *g)
/* =============================================================== */
{
	SOMMET *psommet;
	LISTEADJ *padj;
	if (g->premierSommet == NULL) printf("graphe vide\n");
	else
		{
			printf("nbS=%d , nbA=%d, label max.=%d\n", g->nbS, g->nbA, g->maxS);
			psommet=g->premierSommet;
			do
				{
					printf("\n");
					printf("Sommet de label: %d , info: %d\n", psommet->label, psommet->info);
					if (psommet->adj == NULL) printf(" -> ce sommet n'a aucun arc sortant\n ");
					else
						{
							padj=psommet->adj;
							do
								{
									printf(" -> arc de %d vers %d avec l'info. %d \n", psommet->label, padj->dest, padj->info);
									padj=padj->suivant;
								}
							while (padj != NULL);
						}
					printf("\n");
					psommet=psommet->suivant;
				}
			while (psommet != NULL); 
		}
}/* afficherGraphe() */
 
/* =============================================================== */	
void AlignSeq(GRAPHE *g, char **tabseq, int nbseq)
/* =============================================================== */
{
int n,m,rec, recouvrement;
 
for (n = 0; n < nbseq; n++)
 {
	/*ajouterSommet(g, n);*/
	for (m = 0; m < nbseq; m++)
 		{
		if(tabseq[n]!=tabseq[m])
			{
			int i=0;
			int taille1=(strlen(tabseq[n]))-1;
			int taille2=(strlen(tabseq[m]))-1;
			int j=taille1;
			rec=0;
			recouvrement=0;
			while (i<taille2 && j<=taille1 && j>0)
				{
				if(tabseq[n][j]==tabseq[m][i])
					{
						rec++;
						i++;
						j++;
						if(rec>recouvrement){
						recouvrement=rec;
						}
					}
				else
					{
						rec=0;
						j=j-1;
					}			
				}
				if(tabseq[n][taille1]!=tabseq[m][i] || tabseq[n][j]!=tabseq[m][taille2])
				{
				/*ajouterArc(g, m, n, recouvrement); */
				}
 
				printf("%s - %s : %d\n",tabseq[n], tabseq[m], recouvrement);
			}
		}
	}
} /*AlignSeq() */

graphe.h

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
 
extern char ** text2tabseq(char *text, char fin, int *nbseq);
extern void printtabseq(int nbseq, char **tabseq);
extern void freetabseq(int nbseq, char **tabseq);
extern char * readtextfile(char * filename);
 
 
 
struct listeadj {
	int dest;
	int info;            
	struct listeadj *suivant;
};
 
struct sommet {
	int label;
	int info;    
	struct sommet *suivant;      
	struct listeadj *adj;  
};
 
struct graphe {
	int nbS;          
	int nbA;         
	int maxS;        
	struct sommet *premierSommet;
	struct sommet *dernierSommet; 
};
 
typedef struct graphe GRAPHE; 
typedef struct sommet SOMMET;
typedef struct listeadj LISTEADJ;
 
extern void CreerGraphe(GRAPHE *, int);
extern int ajouterSommet(GRAPHE *, int info);
extern int ajouterArc(GRAPHE *, int a, int b, int info);
extern void afficherGraphe(GRAPHE *);
extern void AlignSeq(GRAPHE *, char**, int);

main.c

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include "graphe.h"
 
#include <sys/stat.h>
#include <unistd.h>
 
#define CARFIN '#'
#define STRSEP "#"
 
/* =============================================================== */
int main(int argc, char **argv) 
/* =============================================================== */
{
  char * text;
  int nbseq;
  char **tabseq;
  GRAPHE * toto;
 
  if (argc != 2)
  {
    fprintf(stderr, "usage: %s textfile\n", argv[0]);
    exit(0);
  }
  text = readtextfile(argv[1]);
  tabseq = text2tabseq(text, CARFIN, &nbseq);
  free(text);
  printtabseq(nbseq, tabseq); 
  printf("nombre de seq : %d\n", nbseq);
  /*CreerGraphe(toto, nbseq);*/
  AlignSeq(toto,tabseq, nbseq);
  /*afficherGraphe(toto);*/
  freetabseq(nbseq, tabseq);
}

test.txt

Code test.txt :

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cta#act#agt#

Comme je vous ai dit je débute et je n'arrive pas à trouver mon erreur.
Le programme tourne ainsi : ./a.out test.txt.
Mon soucis est quand je de-commente dans le "main.c" la fonction "CreerGraphe"=> "Erreur de segmentation". Et bien sûr toutes les fonctions associées au graphe buggent aussi (afficherGraphe, ajouterArc, ajouterSommet dans AlignSeq).
Si vous trouvez je vous remercirais grandement.

**Thierry Chappuis** · 30/04/2011, 09h10

Dans la fonction main(), la fonction CreerGraphe() reçoit un objet toto qui est un pointeur sur un structure de type GRAPHE. Ce pointeur n'est pas initialisé au moment du passage en argument de CreerGraphe(). L'adresse qu'il contient est par conséquent invalide est un déréférencement de ce pointeur entraînera une erreur de segmentation. Le problème, c'est que la fonction CreerGraphe() tente effectivement de déréférencer toto afin d'initialiser les différents champs de la structure sans allouer de mémoire pour cette dernière:

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void CreerGraphe (GRAPHE *g, int nb)
{
  /* -tc- Erreur de segmentation immediate, tu dereferences un pointeur
      contenant une adresse invalide. */
  g->nbS=0;        
  g->nbA=0;
  g->maxS=nb;
  g->premierSommet=NULL;
  g->dernierSommet=NULL;
};/* CreerGraphe() */

Il est nécessaire que ta fonction CreerGraphe alloue de la mémoire pour cette structure, comme par exemple:

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void CreerGraphe (GRAPHE **g, int nb)
{
    GRAPHE *self = NULL;
 
    self = malloc(sizeof *self);
    if (self != NULL)
    {
        self->nbS=0;
        self->nbA=0;
        self->maxS=nb;
        self->premierSommet=NULL;
        self->dernierSommet=NULL;
    }
 
    *g = self;
}

Sinon, pourquoi lis-tu un fichier texte avec fread() plutôt qu'avec une fonction prévue pour cela comme fgets()?

Thierry

**Elegans** · 01/05/2011, 21h46

Bon j'ai essayé cela marche pas.

J'ai mis changer mon graphe.c avec ta partie citée, changé le .h ainsi que GRAPHE ** toto dans le main mais j'ai toujours l'erreur.

Pour la fonction fread, je l'avais mise car l'input était de type text,mais pas forcement logique.

Problème : création de graphe

C

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