Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
my $pattern = 'ATG';
my $seq = 'AGATGCTTAATTCATTATGAGCTCTGACTGCAACGGGCAATATGATGTCTC';
 
my @A_Amorces;
 
foreach ($seq =~ m/($pattern)/gi){
	push (@A_Amorces,  $-[0]);
}
 
map {print $_."\n"} @A_Amorces;

Comment récupérer la liste des positions des occurrences de 'ATG' dans ma séquence.


Merci.

[djibril]

Tu avais déjà posé ce genre de question sur le forum je crois. Faudrait faire une recherche sur le forum.

[Jasmine80]

Tu avais déjà posé ce genre de question sur le forum je crois. Faudrait faire une recherche sur le forum.

Oui, peut-être ...

[Jasmine80]

je dois faire quelque chose de ce genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
my $pattern = 'ATG';
my $seq = 'AGATGCTTAATTCATTATGAGCTCTGACTGCAACGGGCAATATGATGTCTC';
 
my @A_Amorces;
 
really_all_matches { print $-[0]."\n" } \$seq, qr/($pattern)/i; 
 
 
sub really_all_matches (&$$) {
	my ($code, $ref_str, $regex) = @_;
 
	while( $$ref_str =~ m/$regex/g ) {
		$code->();
		pos($$ref_str) = $-[0] + 1;
	}
}

... ça fonctionne, mais ça me parait compliqué.

http://www.developpez.net/forums/d72...erche-globale/

[Philou67430]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
my $pattern = 'ATG';
my $seq = 'AGATGCTTAATTCATTATGAGCTCTGACTGCAACGGGCAATATGATGTCTC';
 
my @pos;
push @pos, pos($seq)-length($pattern) while $seq =~ /($pattern)/g;
 
print join ", ", @pos;
print "\n";

[djibril]

En cherchant le mot position dans le forum avec la fonction recherchez, voici déjà plusieurs postes et il y en a d'autres :

• [EXPREG] liste de positions (jasmine)
• récupérer une sous-séquence (jasmine)
• Recherche de motifs dans une chaine, REGEX (retour arrière) (stoyak)
• recherche de positions dans un mot (jasmine)
• expression régulière et recherche de motifs se chevauchant [Résolu] (jasmine)
• ...

voilà, tu devrais trouver ton bonheur.

Afin d'éviter à avoir des questions récurrentes et perdre du temps à rechercher les vieux postes, il y a une rubrique source pour les codes. D'où tout l'intérêt de faire des propositions de codes fonctionnels. Ca aide tout le monde et lorsque l'on a besoin de retrouver un code qui fonctionne, on sait où piocher facilement .

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
my $pattern = 'ATG';
my $seq = 'AGATGCTTAATTCATTATGAGCTCTGACTGCAACGGGCAATATGATGTCTC';
 
my @pos;
push @pos, pos($seq)-length($pattern) while $seq =~ /($pattern)/g;
 
print join ", ", @pos;
print "\n";

Merci beaucoup, c'est vrai que c'est beaucoup plus simple

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @pos, pos($seq)-length($pattern) while $seq =~ /($pattern)/g;;

Au lieu de pos($seq)-length($pattern), je peux utiliser $-[0]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @pos, $-[0]  while $seq =~ m/$pattern/g;

[Philou67430]

Si le motif peut se "répéter lui même" (par exemple, le motif "GG"), il faut alors plutôt utiliser :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @pos, pos($seq)-1 while ($seq =~ /\G.*?($pattern)/g) && (pos($seq) -= length($pattern) - 1);

(visiblement, quand on touche à pos, on ne peut plus utiliser @- correctement, donc je laisse pos($seq)-1 )

[Jasmine80]

Si le motif peut se "répéter lui même" (par exemple, le motif "GG"), il faut alors plutôt utiliser :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @pos, pos($seq)-1 while ($seq =~ /\G.*?($pattern)/g) && (pos($seq) -= length($pattern) - 1);

(visiblement, quand on touche à pos, on ne peut plus utiliser @- correctement, donc je laisse pos($seq)-1 )

Merci pour cette précision, de fait ça ne va pas si les motifs se chevauchent

[Philou67430]

Avec la deuxième implémentation, c'est pris en compte.