Discussion :

[GLDavid]

Salut

J'ai un petit souci d'implémentation. Soit une classe Symbol abstraite. De cette classe, descendent 2 autres classes : Nucleotid et AminoAcid (c'est de la bioinfo, oui, oui, mais ne fuyez pas, s'il vous plait). J'ai une autre classe abstraite qui s'appelle Sequence. Or dans cette classe, j'ai écris des méthodes telles que :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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protected void setSequence(String seq){
		char[]array = seq.toCharArray();
		this.sequence = new java.util.ArrayList(array.length);
		for(int i = 0; i<array.length; i++){
			this.sequence.add(i, new Symbol(array[i]));
		}
 
	}

Bien sûr, pour le compilo, je n'ai pas le droit d'écrire new Symbol(array[i]) car :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Cannot instantiate the type Symbol

Donc, comment avoir recours à cette classe Symbol dans la classe Sequence pour rester le plus générique possible ?

Merci d'avance de vos réponses.

@++

[GLDavid]

Juste une note, je vois déjà une première solution qui consiste à déclarer :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

protected abstract void setSequence(String seq);

Puis la définir dans les classes héritantes mais j'attends d'autres solutions.

@++

[let_me_in]

je pense que cela est faisable avec la programmation generique, ;ais comme je n'y connais rien, je ne peux pas t'aider.

[adiGuba]

Salut,


Le problème ne vient pas de la classe Sequence mais de la classe Symbol. Comme elle est abstraite du ne peut pas l'instancier :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

new Symbol(array[i]);

Tu dois obligatoirement passé par une de ces classes filles :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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new Nucleotid(array[i]);
 
// ou bien 
 
new AminoAcid(array[i]);

Maintenant il faudrait savoir les différences entre Nucleotid et AminoAcid pour déterminer quand utiliser l'un ou l'autre... mais là cela dépasse mes compétences (mais je ne me suis pas enfuie... enfin pas encore )

a++

[GLDavid]

Attention !
Une petite précision, mon cahier des charges m'impose de rester dans les spec Java 1.4.2 !
Donc, pas de recours à Java 1.5 !

@++

[GLDavid]

Salut adiGuba.

L'ennui c'est que de la classe Sequence découle les classes SequenceN (pour les acides nucléiques composés de nucléotides) et SequenceP (pour les protéines composées d'aminoacides). Finalement, un point de convergence entre nos deux solutions serait de créer ces classes SequenceN et SequenceP et de mettre la méthode décrite ci-dessus en abstract.
Est-ce une bonne manière ?

@++

[GLDavid]

Bon, j'ai suivi ce que j'ai écrit tantôt. A la compilation, point de problème et ça me semble juste.
Je met donc ce thread en Résolu.
Merci à vous pour vos indications.

@++

[thibaut]

Tu ne veux pas utiliser un DP Factory ???

[GLDavid]

Koa ??? C'est quoi cette bestiole ? Ca se mange ???

@++

[adiGuba]

Une petite précision, mon cahier des charges m'impose de rester dans les spec Java 1.4.2 !

Juste pour information : la généricité a toujours été possible en Java ! Les Generics de Java 5.0 permettent seulement d'apporter une sécurité supplémentaire car le compilateur se charge de vérifier la cohérence du tout...

Est-ce une bonne manière ?

Oui ce serait une solution (si une SequenceN est bien composé uniquement de nucléotides et qu'une SequenceP uniquement d'aminoacides).

Mais tu peux utiliser de la généricité, ce qui te permet de n'avoir qu'une seule implémentation de la méthode setSequence(), en utilisant une méthode createSymbol() abstraite :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public abstract class Sequence {
 
	protected abstract Symbol createSymbol(char c);
 
	protected void setSequence(String seq){
		char[]array = seq.toCharArray();
		this.sequence = new java.util.ArrayList(array.length);
		for(int i = 0; i<array.length; i++){
			this.sequence.add(i, createSymbol(array[i]));
		}
 
	}
}

Et SequenceN et SequenceP implémenteront seulement la méthode createSymbol(), par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public class SequenceN extends Sequence {
 
	protected Symbol createSymbol(char c) {
		return new Nucleotid(c);
	}
}

Ceci bien sûr si les sequences ne contiennent qu'un seul type d'élément...

a++

PS : tu peux également utiliser la reflection pour créer les Symbol, mais le code est un peu plus lourd à coder...

[thibaut]

Si j'ai bien compris ton truc, tu veux garder le maximum d'abstraction et garder des classes de type Symbol. Une Factory est un objet java qui te renverra la bonne sous classe de Symbol en conservant l'abstraction et en voyant la classe sous forme Symbol.

Je sais pas si j'ai été clair ?

http://abrillant.developpez.com/tuto...oduction/#L3.1

[fabszn]

Salut

J'ai un petit souci d'implémentation. Soit une classe Symbol abstraite. De cette classe, descendent 2 autres classes : Nucleotid et AminoAcid (c'est de la bioinfo, oui, oui, mais ne fuyez pas, s'il vous plait). J'ai une autre classe abstraite qui s'appelle Sequence. Or dans cette classe, j'ai écris des méthodes telles que :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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protected void setSequence(String seq){
		char[]array = seq.toCharArray();
		this.sequence = new java.util.ArrayList(array.length);
		for(int i = 0; i<array.length; i++){
			this.sequence.add(i, new Symbol(array[i]));
		}
 
	}

Bien sûr, pour le compilo, je n'ai pas le droit d'écrire new Symbol(array[i]) car :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Cannot instantiate the type Symbol

Donc, comment avoir recours à cette classe Symbol dans la classe Sequence pour rester le plus générique possible ?

Merci d'avance de vos réponses.

@++

Hello,

J'ai lu tous les posts de ce thread. Je pense avoir compris la problematique... Donc je me risque à proposer une solution.

Tu pourrais ecrire une classe factory de Symbole que tu passerais en parametre de ta methode setSequence.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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protected void setSequence(String seq,SymbolFactory symbolFact){
		char[]array = seq.toCharArray();
		this.sequence = new java.util.ArrayList(array.length);
		for(int i = 0; i<array.length; i++){
			this.sequence.add(i, symbolFact.getNewSymbol(array[i]));
		}
 
	}

En instanciant ta factory tu lui indiquerais le type de symbol qu'elle doit créer.
par exemple (ce n'est qu'un exemple à affiner peut etre) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public class SymbolFactory {
 
	private final String typeSelect;
 
	public SymbolFactory(String symbolType)
	{
		typeSelect = symbolType;
	}
 
	public Symbol getNewSymbol(char[] array){
 
			//	soit par un system switch case sur le typeSelect
 
			 // ou alors par instanciation dynamique
			 //tu peux generer des symboles à la demande
 
	}
}
 
 
}

Cela te permettrai de rester générique par rapport à ta classe Symbol et Sequence.

Maintenant pour le renseignement des différents symboles disponibles dans ta factory, tu peux gérer ca de manière externaliser dans un fichier, xml par exemple. cela te permettrai de pourvoir rajouter des types de symbole sans modifier le code de ta factory.

Voila j'espère que cela répondra à ton besoin, si tu as des questions n'hesites pas!!

[GLDavid]

Merci à tous pour vos réponses !
Ca va me permettre d'affiner mon code !!!
Et puis, cela me sera une excellente introduction aux Design Patterns.

@++