Discussion :

[yasse87]

Bonjour,
je suis grand débutant dans le traitement d'image sur MATLAB.
Je fais un stage dans une clinique de radiotherapie. Et on me demande de creer une fonction matlab capable d'isoler les contours d'une tumeur préablement délimiter à l'aide d'un logiciel de plannification de dose (TrueD). En gros je dispose d'un fichier DICOM avec une sous-partie qui contient pour chaque coupe de l'image scanner, les coordonnées (x, y, z) de la région délimitée (tumeur) sur TrueD. Je dispose aussi d'une autre fonction matlab permettant d'afficher l'image de la tumeur seule.

J'ai lu pas mal de tutoriel ces derniers jours sur la segmentation d'image, j'ai un algorithme qui marche sur des images binaires mais j'ai aucune idée de comment l'appliquer à mon probléme (c-a-d sur l'ensemble des coupes).
J4avoue que j'ai beaucoup de mal à me représenter la structure d'une image scanner.
Bref ma question est: Auriez-vous une idée de comment procéder? Des cours, tutoriel sur le traitement des images médicales? Un algorithme, des pistes! Bref je suis preneuse de tout.

Votre aide me sera très précieuse!
Merci

[ToTo13]

Bonjour,

lorsque tu dis que tu as les coordonnées, cela veut dire que tu as un point à l'intérieur de la tumeur ?
Si c'est le cas, alors il faudrait que tu regardes du coté des Snakes (contours actifs) avec la variante "ballon force".

[yasse87]

Bonjour,

lorsque tu dis que tu as les coordonnées, cela veut dire que tu as un point à l'intérieur de la tumeur ?
Si c'est le cas, alors il faudrait que tu regardes du coté des Snakes (contours actifs) avec la variante "ballon force".

En fait j'ai les coordonnées du contour de la tumeur sur l'ensemble de l'image CT (image d'un rat).

Parlé des coordonnées peut induire en erreur, car un traitement a déja été fait sur ces coordonnées, et on a pu isoler le tumeur par rapport au reste du scan. Donc je dispose déja de l'image de la tumeur seule. Mon probléme réside dans le fait que j'ai plusieurs coupes (un volume).

[yasse87]

Pour plus de précision:

L'idée du projet est d'isoler les contours de la tumeur pour par la suite pouvoir la caractériser. Aprés la détection du contour, je vais devoir définir une marge à l'intérieur et à l'extérieur de la tumeur. J'aurai donc une bande autour de la tumeur constituer d'une partie saine et d'une partie cancéreuse. Je doit aprés ça extraire les caractéristiques texturales (statistiques de 1er et de 2nd ordre des niveaux de gris) de cette zone.

[ToTo13]

Euh... bon on résume :
- tu veux détecter automatiquement les contours d'une tumeur dans différentes coupes d'un volume.
- tu disposes déjà de la segmentation (vérité terrain) et tu t'en serviras pour évaluer l'erreur de segmentation.

Est ce bien cela ?


- 1 - il nous faudrait une image de la tumeur pour voir à quoi ressemble ce que doit détecter.
- 2 - en général, les tumeurs ont des textures différentes, même pour un même type de tumeur :-(
- 3 - donc après ce que je viens de marquer dans le 2, il est préférable de commencer par créer une méthode qui utilise deux marqueur (un interne et l'autre externe) et de voir ce que tu parviens à faire avec ces informations. Par la suite tu trouveras une méthode automatique pour trouver les marqueurs.
- 4 - Valentin LEONARDI du LSIS travaille sur le même sujet. Regarde donc ses publications.
- 5 - Ton meilleur ami donne vraiment des résultats intéressant sur sa première page. Ne l'oublie jamais.

[yasse87]

Bonjour!

j'ai bien avancé depuis hier sur le sujet. Les choses se sont éclaircit et j'ai un debut algorithme.En gros je vais construire un masque 3D binaire (1 à l'intérieur de la tumeur et 0 ailleurs). Ceci à l'aide des coordonnées des contours, de la taille du pixel, du nombre de pixel... (j'ai tous ces infos dans mon header). Ainsi cette méthode pourra être utilisé sur toute sorte de tumeur car ne se basant pas sur la texture.
Je ne sais pas encore comment définir les marges mais bon chaque chose à son temps.

Merci pour votre temps et votre aide.

Ps: je commence toujours par mon meilleur ami