Si tu le fais dans un registre sous windows, tu devras adopter une solution n'ayant rien à voir sous Linux, maintenabilité un peu fastidieuse puisqu'il faudra suivre differement les 2 mécanismes de déploiement, pourtant en lancant ton appli avec un script sh ou bat, tu restes harmonieux sur les 2 platesformes ou même 3 , si tu veux déploier sous mac aussi. Pour lancer ton jar en ligne de commande c'est la commande
java -cp ton_classpath le_nom_de_ton_fichier_jar
c'est tout bête, tu trouveras pleins de tuto dessus sur le net.
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