C'est en effet pas clair pour l'instant.
J'ai cru comprendre que WinRT est l'incarnation du projet Midori/Redhawk, c'est à dire un sous-système incluant un compilo et un runtime. Ce runtime contiendrait les librairies (cf schéma dans la news) et un garbage collector). Il semble aussi y a avoir un mécanisme IPC (orienté message), une déclaration d'interface par contrat et une déclaration des applications par manifeste.
Ca n'est peut-être pas véritablement un CLR, mais ca y ressemble grandement.
Windows Runtime reference
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