Problème de compilation : Scientific Linux 6.0 + R-2.2.1

**DaddyCake** · 20/09/2011, 17h01

Bonjour à tous,

Je cherche un peu d'aide car j'ai des ennuis de compilation sous Scientific linux 6.0 (distrib à base de RHEL).
Pour des collègues scientifique je dois installer 2 versions de R sur le serveur de calcul dont je m'occupe, malheureusement après avoir bataillé sur le ./configure, j'ai des problèmes au moment du make.

la conf :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

#./configure --with-x=no --prefix=/opt/Apps/R-2.2.1/ --enable-R-shlib

résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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config.status: creating tests/Examples/Makefile
config.status: creating tests/Native/Makefile
config.status: creating tools/Makefile
config.status: creating src/include/config.h
config.status: src/include/config.h is unchanged
config.status: executing default-1 commands
config.status: creating po/POTFILES
config.status: creating po/Makefile
config.status: executing stamp-h commands
 
R is now configured for x86_64-unknown-linux-gnu
 
  Source directory:          .
  Installation directory:    /opt/Apps/R-2.2.1/
 
  C compiler:                gcc  -g -O2
  C++ compiler:              g++  -g -O2
  Fortran compiler:          g77  -g -O2
 
  Interfaces supported:
  External libraries:        readline
  Additional capabilities:   iconv, MBCS, NLS
  Options enabled:           shared library, R profiling
 
  Recommended packages:      yes
 
configure: WARNING: you cannot build DVI versions of all the help pages
configure: WARNING: you cannot build info or html versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of all the help pages
[root@calcul R-2.2.1]#

Mise a part le "x86_64-unknown-linux-gnu" qui me semble étrange, je n'ai pas de problème particulier.
Je lance donc le "make" ...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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make[3]: Entering directory `/opt/R-2.2.1/src/main'
gcc -I../../src/extra/zlib -I../../src/extra/bzip2 -I../../src/extra/pcre  -I. -I../../src/include -I../../src/include -I/usr/local/include -DHAVE_CONFIG_H  -fPIC  -g -O2 -c datetime.c -o datetime.lo
In file included from datetime.c:95:
Rstrptime.h:201: error: conflicting types for âwcsncasecmpâ
/usr/include/wchar.h:172: note: previous declaration of âwcsncasecmpâ was here
make[3]: *** [datetime.lo] Error 1
make[3]: Leaving directory `/opt/R-2.2.1/src/main'
make[2]: *** [R] Error 2
make[2]: Leaving directory `/opt/R-2.2.1/src/main'
make[1]: *** [R] Error 1
make[1]: Leaving directory `/opt/R-2.2.1/src'
make: *** [R] Error 1
[root@calcul R-2.2.1]#

Et PAN ! ça fait mal ... et je suis un peu à cour d'idées ...

Si quelqu'un aurait une petite piste.

D'avance merci.

Invité · 21/09/2011, 11h15

Salut,

Peux-tu récupérer la version la plus récente (2.13.1) et voir si tu as le même problème?

http://cran.freestatistics.org/src/b...-2.13.1.tar.gz

**DaddyCake** · 21/09/2011, 14h04

Ok je vais essayer ça.

Mais sachant qu'il faudra installer deux versions différentes pour une histoire de bibliothèque très spécifique.

**DaddyCake** · 21/09/2011, 15h01

Effectivement, ça fonctionne beaucoup mieux avec la dernière version. :+)

Invité · 21/09/2011, 15h08

Bon Et bien la vie est belle alors

N'oublie pas le tag résolu.

**DaddyCake** · 21/09/2011, 15h56

C'est pas réellement RESOLU

après mon :

]# make install

je devrais lancer mon R et attérir dans ma console R ? on n'est bien d'accord ?

**DaddyCake** · 21/09/2011, 16h08

Un truc qui me chiffonne c'est le :

R is now configured for x86_64-unknown-linux-gnu

alors que si je tape un :

[root@calcul ~]# uname -a
Linux name.my.domaine.fr 2.6.32-131.12.1.el6.x86_64 #1 SMP Tue Aug 23 11:13:45 CDT 2011 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

Invité · 21/09/2011, 16h20

Envoyé par DaddyCake

C'est pas réellement RESOLU

après mon :

je devrais lancer mon R et attérir dans ma console R ? on n'est bien d'accord ?

oui d'après ce que je vois dans la doc, il suffit de taper R. mais dans ton cas comme tu as spécifié un repertoire personnalisé (/opt/....), tu devrais fournir le chemin complet vers la commande R.

Start the R program with the command
$ R

Concerant le unknown, peux-tu renvoyer le résultat de uname avec les options suivantes?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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       -p, --processor
              print the processor type or "unknown"
 
       -i, --hardware-platform
              print the hardware platform or "unknown"

De toute façon ça ne devrait pas avoir bcp d'importance.

**DaddyCake** · 27/09/2011, 09h51

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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root@calcul:~# uname -p
unknown
root@calcul:~# uname -i
unknown

Depuis mon dernier post, j'ai changé la scientifique Linux par une debian-6.0.2.1-amd64. Mais encore une fois, lorsque je fais un :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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root@calcul:/boot/grub# uname -ar
Linux calcul 3.0.0-1-amd64 #1 SMP Tue Sep 20 07:03:13 UTC 2011 x86_64 GNU/Linux

C'est normal ça ???

J'ai donc installé R, avec les packages fournis dans apt, évidemment comme d'habitude

tout se passe bien ...
Mais malheureusement, je dois compiler d'autres versions de ce programme mais j'ai encore des soucis. Le ./configure se passe bien :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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config.status: creating tests/Native/Makefile
config.status: creating tools/Makefile
config.status: creating src/include/config.h
config.status: src/include/config.h is unchanged
config.status: executing default-1 commands
config.status: creating po/POTFILES
config.status: creating po/Makefile
config.status: executing stamp-h commands
 
R is now configured for x86_64-unknown-linux-gnu
 
  Source directory:          .
  Installation directory:    /opt/Apps/R221/
 
  C compiler:                gcc  -g -O2
  C++ compiler:              g++  -g -O2
  Fortran compiler:          gfortran  -g -O2
 
  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, BLAS(generic)
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, iconv, MBCS, NLS
  Options enabled:           R profiling
 
  Recommended packages:      yes
 
configure: WARNING: you cannot build DVI versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
root@calcul:/opt/R-2.2.1#

mais le "make" aïe aïe aïe :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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make[2]: quittant le rÃ©pertoire Â« /opt/R-2.2.1/src/unix Â»
make[2]: entrant dans le rÃ©pertoire Â« /opt/R-2.2.1/src/main Â»
make[3]: entrant dans le rÃ©pertoire Â« /opt/R-2.2.1/src/main Â»
make[3]: quittant le rÃ©pertoire Â« /opt/R-2.2.1/src/main Â»
make[3]: entrant dans le rÃ©pertoire Â« /opt/R-2.2.1/src/main Â»
gcc -I../../src/extra/zlib -I../../src/extra/bzip2 -I../../src/extra/pcre  -I. -I../../src/include -I../../src/include -I/usr/local/include -DHAVE_CONFIG_H   -g -O2 -c datetime.c -o datetime.o
In file included from datetime.c:95:0:
Rstrptime.h:201:12: error: conflicting types for âwcsncasecmpâ
/usr/include/wchar.h:172:12: note: previous declaration of âwcsncasecmpâ was here
make[3]: *** [datetime.o] Erreur 1
make[3]: quittant le rÃ©pertoire Â« /opt/R-2.2.1/src/main Â»
make[2]: *** [R] Erreur 2
make[2]: quittant le rÃ©pertoire Â« /opt/R-2.2.1/src/main Â»
make[1]: *** [R] Erreur 1
make[1]: quittant le rÃ©pertoire Â« /opt/R-2.2.1/src Â»
make: *** [R] Erreur 1
root@calcul:/opt/R-2.2.1#

Invité · 27/09/2011, 10h43

Salut,

si tu regardes un peu le script configure, on peut trouver la ligne suivante.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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/usr/bin/uname -p = `(/usr/bin/uname -p) 2>/dev/null || echo unknown`

renvoie unknown chez toi (cfr le résultat de uname -p). cette information est certainement ajoutée au message indiquée et est juste à titre indicatif. ce message n'est absolument pas lié à ton problème de compilation.

Le problème est plus lié à la version de R que tu utilises (R-2.2.1). Tu constates d'ailleurs par toi-même que l'erreur se produit aussi bien sur une distribution de type redhat que sur une distribution de type debian.

**DaddyCake** · 27/09/2011, 10h54

Donc tu penses que la compilation c'est déroulé normalement ? que je n'ai pas qu'à créer des liens vers /opt/Apps/Rxxx/ pour que ça fonctionne ?

Invité · 27/09/2011, 11h26

Non! Je n'ai jamais dit ça. Je t'ai dit que la compilation pose problème pour la version 2.2.1.
Tu as compilé la version 2.2.13 => ça passe
Tu installé via apt sur debian (version?) => ça passe
Tu as essayé de compilé la version 2.2.1 sur debian et scientific linux =>
ça foire
Donc la version 2.2.1 semble poser de problèmes de compilation.

Quel est l'intérêt d'avoir plusieurs versions de ce soft? Qu'est ce qui justifie l'installation de la version 2.2.1 en particulier?

**DaddyCake** · 27/09/2011, 11h46

Faut que je redemande au principal intéressé mais a apriori c'est une histoire de librairie supplémentaire qui seraient compatible qu'avec la version 2.2.1.

Tu as raison, je viens de recompiler une version 2.11.0 (actuellement c'est la version 2.13.xx) et ça fonctionne !

Comme tu as l'air très affuté sur ce genre de sujet, tu pourrais me dire pour la redirection de programme avec "ln" ?
en tapant simplement R ---> version récente 2.13.xx
en tapant R2110 ----> version compilé vers /opt/Apps/R2110/...
etc etc

D'avance merci MyGale.

Problème de compilation : Scientific Linux 6.0 + R-2.2.1

Linux

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