Discussion :

[Jasmine80]

J'ai un programme qui parfois fonctionne très bien mais parfois avec des erreurs quand je le relance sans y changer une seule ligne. Ce programme ouvre des fichiers, y récupère des informations qu'il traite. De là, il sort un rapport commun et une série de graphiques, un par fichier d'origine.

J'obtiens l'erreur :
'Warning: unable to close filehandle IMG properly' répètée de 0 à n fois qui varie d'un run à l'autre du même programme. Ce qui résulte en un fichier graphique vide.


Ce qui est étrange est que je ne travaille plus sur la partie traitant les graphiques qui a toujours fonctionné sans problème et qui est dans une sous-routine à part du core du programme.

J'utilise les modules :
use GD::Graph::mixed;
use GD::Graph::Data;

Avez-vous une idée de ce qui pourrait poser le problème?


Je ne sais pas si c'est lié, mais parfois le fichier rapport affiche des caractères erronés, comme si le programme bégayait ou n'avait pas le temps de tout écrire pour un seul hit alors que tous les autres hits sont traités correctement et que ce traitement se fait par des boucles.



Merci pour votre aide,

[Jasmine80]

Ça doit être un effet de bord

Si j'utilise les lignes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
print $out_rapport "\t\tJazz\t\tPyroseq\t\n";
print $out_rapport "Rep\tWell\tSeq\tOrga\tSeq\tOrga\tNum\tCompare\tvalid\n";

J'obtiens le message d'erreur de 0 à n fois (0 signifiant que le programme fonctionne parfaitement)


Avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
print $out_rapport "\t\tJazz\t\t\tPyroseq\t\n";
print $out_rapport "Rep\tWell\tSeq\tOrga_ref\tOrga\tSeq\tOrga\tNum\tCompare\tvalid\n";

... un \t et un \tOrga_ref en plus ... J'obtiens le message d'erreur de +-10 à n fois ... je n'y comprends rien


Quelle est la procédure de débogage dans ce genre de contexte?


Merci,

[djibril]

En écrivant ainsi, as-tu des soucis ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
print {$out_rapport} "\t\tJazz\t\tPyroseq\t\n";
print {$out_rapport} "Rep\tWell\tSeq\tOrga\tSeq\tOrga\tNum\tCompare\tvalid\n";

[Jasmine80]

En écrivant ainsi, as-tu des soucis ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
print {$out_rapport} "\t\tJazz\t\tPyroseq\t\n";
print {$out_rapport} "Rep\tWell\tSeq\tOrga\tSeq\tOrga\tNum\tCompare\tvalid\n";

Merci pour ta réponse Djibril ... oui, j'ai toujours des soucis.

[djibril]

Merci pour ta réponse Djibril ... oui, j'ai toujours des soucis.

Dans ce cas, je te suggère cette écriture :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $DOUBLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

[Jasmine80]

Dans ce cas, je te suggère cette écriture :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $DOUBLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

cela ne fonctionne pas non plus, ça semble même pire.

Voici en faite ce dont j'ai besoin :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
my $TRIPLETAB = $TAB . $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $TRIPLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga_Ref' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

L'erreur doit venir d'autre part car même quand le programme fonctionne bien, aux cours des runs ultérieurs du même programme, il ne fonctionne plus.

[Jasmine80]

Autre remarque : si j'utilise un seul fichier à analyser, cela fonctionne presque toujours. C'est dès que j'en prends plusieurs que dans la majorités des cas cela plante.


Premiers lignes du programme après le chargement des modules :


Fonctionne pour la majorité des fichiers

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
my @files_array = grep { !/\$/ } glob("P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/sequences/Run_59.txt");
 
 
my $out_rep = 'P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/graphiques_predits/';
 
my $out_rapport = FileHandle->new('>'.$out_rep.'rapport.txt');
 
# 59	A1	TTCTACTTTTGGCCTGCT	no orga	TTCTACTTTT GGCCTGGCCC TT 	Failed (quality window: 20 ) 
 
 
 
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
my $TRIPLETAB = $TAB . $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $TRIPLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga_Ref' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

Plante dans la majorité des cas (changement : étoile dans le glob)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
my @files_array = grep { !/\$/ } glob("P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/sequences/*.txt");
 
 
my $out_rep = 'P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/graphiques_predits/';
 
my $out_rapport = FileHandle->new('>'.$out_rep.'rapport.txt');
 
# 59	A1	TTCTACTTTTGGCCTGCT	no orga	TTCTACTTTT GGCCTGGCCC TT 	Failed (quality window: 20 ) 
 
 
 
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
my $TRIPLETAB = $TAB . $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $TRIPLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga_Ref' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

Je vais tester les fichiers un à un pour voir ceux qui posent problème ... ce que je ne comprends pas est que parfois, ça fonctionne sur l'ensemble des fichiers, je vous tiens au courant.
Merci

[djibril]

Utilise la procédure que j'ai mise dans la FAQ pour lister les fichiers :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
my @files_array     = grep { /\.txt$/i } lister_fichiers('P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/sequences');
my $out_rep         = 'P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/graphiques_predits/';
my $fichier_rapport = $out_rep.'rapport.txt';
open my $out_rapport, '>', $fichier_rapport or die "Impossible d'écrire dans le fichier $fichier_rapport\n";
 
# 59	A1	TTCTACTTTTGGCCTGCT	no orga	TTCTACTTTT GGCCTGGCCC TT 	Failed (quality window: 20 ) 
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
my $TRIPLETAB = $TAB . $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $TRIPLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga_Ref' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";
close $out_rapport;
 
#======================================================
# Nombre d'arguments : 1 ou 2
# Argument(s)        : un répertoire et valeur 0 ou 1
# Retourne           : Tableau de fichier (@fichiers)
#======================================================
sub lister_fichiers {
  my ( $repertoire, $recursivite ) = @_;
  require File::Spec;
 
  # Recherche dans les sous répertoire ou non
  if ( ( not defined $recursivite ) || ( $recursivite != 1 ) ) { $recursivite = 0; }
 
  # Verification répertoire
  if ( not defined $repertoire ) { die "Aucun repertoire de specifie\n"; }
 
  # Ouverture d'un répertoire
  opendir my $fh_rep, $repertoire or die "impossible d'ouvrir le répertoire $repertoire\n";
 
  # Liste fichiers et répertoire sauf (. et ..)
  my @fic_rep = grep { !/^\.\.?$/ } readdir $fh_rep;
 
  # Fermeture du répertoire
  closedir $fh_rep or die "Impossible de fermer le répertoire $repertoire\n";
 
  # On récupère tous les fichiers
  my @fichiers;
  foreach my $nom (@fic_rep) {
    my $notre_ficrephier = File::Spec->catdir( $repertoire, $nom );
 
    if ( -f $notre_ficrephier ) {
      push( @fichiers, $notre_ficrephier );
    }
    elsif ( -d $notre_ficrephier and $recursivite == 1 ) {
      push( @fichiers, lister_fichiers($notre_ficrephier, $recursivite) );    # recursivité
    }
  }
  return @fichiers;
}

[Jasmine80]

Après avoir tester les fichiers un à un, j'en conclu que le problème est le même que quand je les prends en masse. Ils fonctionnent avec 0 à n messages d'erreurs.

[Jasmine80]

Utilise la procédure que j'ai mise dans la FAQ pour lister les fichiers :

Merci, j'obtiens l'erreur : Quantifier follows nothing in regex; marked by <-- HERE in m/* <-- HERE \.txt/ at test.pl line 34.


... et là, je sature de programmation, j'arrête pour aujourd'hui car je vais finir par faire pire que mieux. Je reprendrai cela après le weekend, merci pour ton aide, j'y verrai peut-être plus clair avec un peu de repos. Biz et bon WE à toi aussi.

[djibril]

C'est juste une erreur de ma part, que j'ai corrigé.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my @files_array     = grep { /\.txt$/i } lister_fichiers('P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/sequences');

[Jasmine80]

Jour faste, ce programme fonctionne aussi, comme par magie, alors que je n'y ai pas touché.

Cf : http://www.developpez.net/forums/d11...l-devient-fou/