Discussion :

[Nifaste]

Bonjour à tous,
Je suis novice en Perl et je rencontre une difficulté :

J'ai un fichier qui ressemble à ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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chr2L	5123	5153	AACC_1	0	+
chr2L	5506	5523	CTCA_1	0	+
chr2L	5506	5520	ATCC_1	0	+
chr2L	5552	5581	GAGT_3	0	+
chr2L	5552	5580	GAGT_378	0	+
chr2L	5719	5746	TACA_3	0	-
chr2L	11135	11173	ATGT_227	0	-
chr2L	11325	11340	TCCC_57	0	-
chr2L	11935	11977	CACA_17	0	-
chr2L	11934	11977	CACA_353	0	-

Et je souhaiterai obtenir le nombre d'occurence pour chaque position start (2é colonne).
Par exemple, je voudrais obtenir une 7é colonne avec un chiffre correspondant au nombre de fois où j'ai la meme position start (2é colonne) dans mon fichier.
J'ai donc écrit ce petit script dans le but d'avoir pour chaque position start le nombre d'occurence dans le fichier :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
my $fichier = 'monfichier.txt';
open my $fh, '<', $fichier or die "Impossible de lire le fichier $fichier\n";
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	my ($chromosome,$start,$stop,$ID,$else,$sens ) = split "\t", $ligne;
	my @texte = $start;
	my %comptage = ();
	foreach my $mot (@texte) {
		if( exists( $comptage{$mot} ) ) {
			$comptage{$mot}++;
	}
		else {
			$comptage{$mot} = 1 ;
 
		}
	}
 
 
}
close $fh;

Mais cela ne fonctionne pas; quelqu'un pourrait m'aider ?

[GillesANDRE]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
my $fichier = 'monfichier.txt';
open my $fh, '<', $fichier or die "Impossible de lire le fichier $fichier\n";
my %comptage ;
while ( <$fh> ) {
	chomp ;
	my ($chromosome,$start,$stop,$ID,$else,$sens ) = split "\t", $_;
	$comptage{$start} ++;
}
close $fh;

Non ?

[Nifaste]

Merci beaucoup pour votre aide !!