Discussion :

[Isabella83]

Bonjour à tous,

J'essais de manipuler un fichier de ce type :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Sequence:789                 26  5.34e-03 CGTGGGATCC CTGG TGGCCAGGAA 0.000100
Sequence:788                 18  5.34e-03 CGTGGGATCC CTGG TGGCCAGGAA 0.000400
Sequence:787                 26  5.34e-03 CACCGCCCAG CTGG AGCAGCAGGC 0.000200
Sequence:786                 17  5.34e-03 CACCGCCCAG CTGG AGCAGCAGGC 0.000300
Sequence:784                 26  5.34e-03 AGATCTACCG CTGG AACCCGGACA 0.002200
Sequence:783                 19  5.34e-03 AGATCTACCG CTGG AACCCGGACA 0.001300
Sequence:782                  9  5.34e-03   ATCTACCG CTGG AACCCGGACA 0.049700
Sequence:781                 26  5.34e-03 CCCCATGGTG CTGG ACGCGCTGAT 0.000200

Mais seulement, les espaces ne sont pas des tabulations, mais des espaces et il n'y a pas le meme nombre d'espace entre chaque colonne, du coup impossible d'utiliser un split .... tout est en un seul bloc.
J'ai essayé de faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
my $fichier_fasta = 'result_memeris.txt';
open my $fh, '<', $fichier_fasta or die "Impossible de lire le fichier $fichier_fasta\n";
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	my ($sequence, $number, $pvalue, $seq1, $seq2, $seq3, $prob) = split /\t/, $ligne;
	print "$sequence\n";
  }
 
close $fh;

J'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Sequence:789                 26  5.34e-03 CGTGGGATCC CTGG TGGCCAGGAA 0.000100
Sequence:788                 18  5.34e-03 CGTGGGATCC CTGG TGGCCAGGAA 0.000400
Sequence:787                 26  5.34e-03 CACCGCCCAG CTGG AGCAGCAGGC 0.000200
Sequence:786                 17  5.34e-03 CACCGCCCAG CTGG AGCAGCAGGC 0.000300
Sequence:784                 26  5.34e-03 AGATCTACCG CTGG AACCCGGACA 0.002200
Sequence:783                 19  5.34e-03 AGATCTACCG CTGG AACCCGGACA 0.001300
Sequence:782                  9  5.34e-03   ATCTACCG CTGG AACCCGGACA 0.049700
Sequence:781                 26  5.34e-03 CCCCATGGTG CTGG ACGCGCTGAT 0.000200
Sequence:780                 26  5.34e-03 CACCAACACG CTGG CCTGCATCAG -0.000000
Sequence:779                 26  5.34e-03 GGTGCGCGAC CTGG TCCCGGACAT -0.000000

Mais lorsque je fais en sorte d'afficher $number, je n'obtiens rien ....

Quelqu'un pourrait m'aider à réorganiser ce fichier de facon à pouvoir manipuler facilement .... Merci d'avance ...
Pour info, en faisant od -c sous unix j'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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0000000   S   e   q   u   e   n   c   e   :   7   8   9                
0000020                                                       2   6    
0000040       5   .   3   4   e   -   0   3       C   G   T   G   G   G
0000060   A   T   C   C       C   T   G   G       T   G   G   C   C   A
0000100   G   G   A   A       0   .   0   0   0   1   0   0  \n   S   e
0000120   q   u   e   n   c   e   :   7   8   8                        
0000140                                               1   8           5
0000160   .   3   4   e   -   0   3       C   G   T   G   G   G   A   T
0000200   C   C       C   T   G   G       T   G   G   C   C   A   G   G
0000220   A   A       0   .   0   0   0   4   0   0  \n   S   e   q   u

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

split /\s+/, $ligne

[Isabella83]

merci cela fonctionne;