Exercice R : Tableau et Camembert

**StanKub** · 26/12/2011, 13h45

Bonjour à tous et joyeuses fètes,

Voila j'ai un petit exercice a rendre a la fac, je viens de terminer enfin les 95% mais j'ai un petit bug là ...

Le but de l'exo sur R étant de calculer le nombre d'apparitions de codons dans une séquence ( vive la biologie moléculaire ).

Pour info, un codon est une séquence de 3 bases. Comme il y a 4 bases possibles, cela donne 64 séquences de 3 bases. Le fichier codons.txt présente ces 64 codons :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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63
64
U U U Phe 
U U C Phe 
U U A Leu 
U U G Leu 
C U U Leu 
C U C Leu 
C U A Leu 
C U G Leu 
A U U Ile 
A U C Ile 
A U A Ile 
A U G Met 
G U U Val 
G U C Val 
G U A Val 
G U G Val 
U C U Ser 
U C C Ser 
U C A Ser 
U C G Ser 
C C U Pro 
C C C Pro 
C C A Pro 
C C G Pro 
A C U Thr 
A C C Thr 
A C A Thr 
A C G Thr 
G C U Ala 
G C C Ala 
G C A Ala 
G C G Ala 
U A U Tyr 
U A C Tyr 
U A A Stop 
U A G Stop 
C A U His 
C A C His 
C A A Gln 
C A G Gln 
A A U Asn 
A A C Asn 
A A A Lys 
A A G Lys 
G A U Asp 
G A C Asp 
G A A Glu 
G A G Glu 
U G U Cys 
U G C Cys 
U G A Stop 
U G G Trp 
C G U Arg 
C G C Arg 
C G A Arg 
C G G Arg 
A G U Ser 
A G C Ser 
A G A Arg 
A G G Arg 
G G U Gly 
G G C Gly 
G G A Gly 
G G G Gly

A partir du fichier codons.txt, il faut construire un tableau à 2 dimensions de 64 lignes et 4 colonnes où chaque ligne comporte aux trois premières colonnes les trois bases nucléiques qui composent ce codon et le nom de celui-ci dans la quatrième colonne. ( Gné ?!?)

Une fois le tableau créé, il faut écrire un programme qui compte le nombre d’apparitions de chaque codon dans le code et renverra un vecteur avec le nombre d’apparitions de chaque codon. ( Là je suis pommé )

La séquence étant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 A C C U G U C A A A 
C A A A U C U G G U 
C A A C C U G U G U 
C C A A U U C A G G 
U C U G A A C C U C 
A A A C C G U G U A 
C A G U A G C A U C 
A C A U G G U G A A 
C C U U G U C A C A 
U G C A C A U C A A 
U A A C G G U A C U 
A G G U C U A A U G

Merci de votre aide =)

**stoyak** · 26/12/2011, 15h23

Bonjour à tous et bonnes fêtes également !

Envoyé par StanKub

A partir du fichier codons.txt, il faut construire un tableau à 2 dimensions de 64 lignes et 4 colonnes où chaque ligne comporte aux trois premières colonnes les trois bases nucléiques qui composent ce codon et le nom de celui-ci dans la quatrième colonne. ( Gné ?!?)

Regarde ton fichier : tu as bien 64 lignes et 4 colonnes ! Les trois premières correspondent à une base et la dernière à l'acide aminé !
Cherche donc à lire ton fichier afin d'obtenir un tableau à 2 dimensions. Pour cela, cherche une fonction différente de

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

scan

!

**StanKub** · 26/12/2011, 20h31

Oui je sais mais justement je trouve pas ... Au résultat j'arrive à un classement par ordre alphabétique des différents acides aminés ...

**StanKub** · 27/12/2011, 14h12

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
A  Ala  Arg  Asn  Asp    C  Cys    G  Gln  Glu  Gly  His  Ile  Leu  Lys  Met  Phe  Pro  Ser Stop  Thr  Trp  Tyr    U  Val 
48    4    6    2    2   48    2   48    2    2    4    2    3    6    2    1    2    4    6    3    4    1    2   48    4

Voila j'arrive a ça ... le problème c'est que j'ai des bases qui ne sont pas utilisées ... du coup la numération est fausse ...

**stoyak** · 27/12/2011, 20h27

Mets nous le code qui a conduit à ce résultat !

**StanKub** · 28/12/2011, 00h05

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
codons<-scan("codons.txt",what="list")
table(codons)

Mais c'est archi faux ...

**stoyak** · 28/12/2011, 01h00

Comme tu l'as vu dans un post précédent,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

codons<-scan("codons.txt",what="list")

va te permettre de récupérer un objet vecteur.
Or, on te demande un tableau à 2 dimensions. Ne connais-tu pas une autre fonction qui te permet de lire un fichier ?

**StanKub** · 28/12/2011, 12h49

Je sais pas ... peut etre "chaine"...

**A. D.** · 28/12/2011, 12h57

Bonjour,

Est-ce que "chaine" est une fonction qui existe dans R?
Pour le savoir, tu peux par exemple faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
?chaine
??chaine

As-tu un cours sur R? Si oui, je te conseille d'y jeter un oeil afin de reprendre les bases (le chargement des données dans R en étant une

). Sinon, tu peux avoir accès à des tutoriels ici : http://r.developpez.com/ .

Bon courage !

Cordialement,

A.D.

**StanKub** · 28/12/2011, 16h38

Olala je suis perdu, les cours, le prof est un assez gros branl**** qui fait rien pendant ses td-cours du coup je suis un peu embêté pour ces exos ...

**A. D.** · 28/12/2011, 16h49

Pour avoir fait un certain nombres d'études, j'ai eu l'occasion oui de recontrer certains profs dont l'incompétence, du moins pédagogique, me défrisait sérieusement (pour rester polie

), mais cela dit, nous ne sommes pas là pour te donner les réponses toutes cuites.

Dans mon précédent message je t'ai fourni un lien vers des tutoriels. Tu devrais y trouver au moins la fonction que tu cherches afin de charger correctement ton jeu de données. Ensuite, tu pourras revenir poster ici pour les autres problèmes que tu rencontres.

Bon courage !

Cordialement,

A.D.

**StanKub** · 28/12/2011, 17h26

C'est ce que je suis en train de faire =)

**StanKub** · 28/12/2011, 21h26

Alors voila ce que j'obiens ....

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

> codons<-scan("codons.txt",what="list")

Read 256 items

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> codons<-read.table("codons.txt")
> codons
   V1 V2 V3   V4
1   U  U  U  Phe
2   U  U  C  Phe
3   U  U  A  Leu
4   U  U  G  Leu
5   C  U  U  Leu
6   C  U  C  Leu
7   C  U  A  Leu
8   C  U  G  Leu
9   A  U  U  Ile
10  A  U  C  Ile
11  A  U  A  Ile
12  A  U  G  Met
13  G  U  U  Val
14  G  U  C  Val
15  G  U  A  Val
16  G  U  G  Val
17  U  C  U  Ser
18  U  C  C  Ser
19  U  C  A  Ser
20  U  C  G  Ser
21  C  C  U  Pro
22  C  C  C  Pro
23  C  C  A  Pro
24  C  C  G  Pro
25  A  C  U  Thr
26  A  C  C  Thr
27  A  C  A  Thr
28  A  C  G  Thr
29  G  C  U  Ala
30  G  C  C  Ala
31  G  C  A  Ala
32  G  C  G  Ala
33  U  A  U  Tyr
34  U  A  C  Tyr
35  U  A  A Stop
36  U  A  G Stop
37  C  A  U  His
38  C  A  C  His
39  C  A  A  Gln
40  C  A  G  Gln
41  A  A  U  Asn
42  A  A  C  Asn
43  A  A  A  Lys
44  A  A  G  Lys
45  G  A  U  Asp
46  G  A  C  Asp
47  G  A  A  Glu
48  G  A  G  Glu
49  U  G  U  Cys
50  U  G  C  Cys
51  U  G  A Stop
52  U  G  G  Trp
53  C  G  U  Arg
54  C  G  C  Arg
55  C  G  A  Arg
56  C  G  G  Arg
57  A  G  U  Ser
58  A  G  C  Ser
59  A  G  A  Arg
60  A  G  G  Arg
61  G  G  U  Gly
62  G  G  C  Gly
63  G  G  A  Gly
64  G  G  G  Gly

C'est déjà ça non ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

tab <- table(let = c("a", "b", "a", "a", "b"), dig = c("1", "0", "0", "1", "1"))

Apparemment je dois utiliser ça pour avoir un tableau de 2 dimensions, mais la je suis out ...

**stoyak** · 28/12/2011, 21h56

Pourquoi lis-tu 2 fois ton fichier codon.txt ?

**StanKub** · 28/12/2011, 21h59

Je trouvais une certaine logique... apparemment c'est pas ça ...

**stoyak** · 29/12/2011, 15h08

Tu lis ton fichier 2 fois, avec les fonctions

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

scan

et

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

read.table

.
Dans les 2 cas, tu nommes l'objet résultat

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

codons

. Ne crois-tu pas que le second écrase le premier ?
Quel type d'objet renvoie la fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

read.table

? Qu'est-ce qu'un data.frame ?

**StanKub** · 30/12/2011, 12h02

Alors je vois pas comment faire ...
Je pensai qu'il fallait utiliser à chaque fois le même nom pour le résultat... Je suis désespéré voila, je dois rendre le projet dans 3 jours, et il me manque la partie finale. Je pensai avoir compris un petit peu, ben en fait non rien du tout.

Pour data.frame, je crois que c'est l'équivalent d'une matrice sauf que chaque colonne peut avoir son type définis...

**mumff** · 03/01/2012, 17h00

Bonjour,
je crois avoir trouvé quelqu'un de ma classe (StanKub)!
J'ai en fait à peu près les mêmes problèmes que lui. Je dois insérer un tableau et je ne sais pas si je dois utiliser data.frame, scan, ou autre chose, à vrai dire je ne sais même pas dans quels cas on doit les utiliser. Pouvez-vous m'éclairer s'il vous plaît?
merci.

**A. D.** · 03/01/2012, 17h37

Bonjour,

Si vous avez un problème spécifique, merci de le poster dans une nouvelle discussion.
Si ce problème concerne la manière de charger des données dans R, je ne peux que vous conseillez de relire votre cours ou bien des tutoriels qui sont en assez grand nombre sur le net, notamment ici : http://r.developpez.com/ .
Vous pourrez ensuite revenir poser vos questions sur le forum, en donnant, dans la mesure du possible, un extrait de votre jeu de données, le code utilisé et qui vous pose problème, ainsi que les messages d'erreur rencontrés.

Bonne continuation

Cordialement,

A.D.

Exercice R : Tableau et Camembert

R

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