Discussion :

[RTK45]

Bonjour à tous,

je dispose d'un dossier contenant une centaine de fichiers, j'aimerai lancer un job dans mon shell sur chacun de ces fichiers, du type:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

logiciel paramètres mon_fichier

Evidemment pour lancer mon job manuellement aucun problème, mais comment pourrais-je automatiser cela pour que les jobs s'enchainent fichiers après fichiers ? Faut'il avoir recours à awk ?

Je précise que les paramètres de mon job sont fixent, seul le fichier d'entré est voué à changer.

EDIT: loupé je suis pas dans le bon sous forum désolé
Merci à vous

[N_BaH]

Bonjour,

une boucle for sur le répertoire qui contient les fichiers :

Code BASH :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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shopt -s nullglob
for f in ./*
do echo "à remplacer par la commande et ses options $f"
done

il est possible de sélectionner les fichiers en fonction d'un ou plusieurs motif.

le shopt -s nullglob positionne l'option nullglob sur 'on', afin que si il n'y a pas de dossier la boucle n'affiche pas './*' littéralement.

[RTK45]

Merci pour votre réponse je vais essayer d'appliquer ça !

[RTK45]

Je reviens vers vous après de nombreuses tentatives, je me suis d'abord renseigner sur shopt et nullglob pour comprendre de quoi il s'agissait, j'ai ensuite testé votre code comme cela :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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shopt -s nullglob
for f in ./* SEQS
do echo "dialign2-2 -n $f"
done

Je n'ai pas changé quoi que se soit en fait

Le résultat dans le terminal à l'air correct, la commande a été effectué pour l'ensemble de mes fichiers :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dialign2-2 -n ./Seq1.fa
dialign2-2 -n ./Seq2.fa
dialign2-2 -n ./Seq3.fa
dialign2-2 -n SEQS

Cependant cette commande devrait générée un fichier d'output (à fois qu'un fichier lui est donné en entrée), et ce n'est pas le cas, ici je n'obtiens rien, alors que manuellement chacune des lignes générées par le script me donne bien un résultat.

J'aurai voulu savoir cela était normal (et donc impossible) ou si je m'y prenais mal.

Merci à vous

[N_BaH]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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shopt -s nullglob
for f in ./* SEQS
do dialign2-2 -n "$f"
done

le echo n'était là que pour montrer ce qui pouvait être fait, mais il n'exécute pas la commande.

[RTK45]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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shopt -s nullglob
for f in ./* SEQS
do dialign2-2 -n "$f"
done

le echo n'était là que pour montrer ce qui pouvait être fait, mais il n'exécute pas la commande.

Oula shame on me... on mettra ca sur le compte de la fatigue

Merci beaucoup pour votre aide