Discussion :

[deltamoins]

Salut, à nouveau moi,

Je lance un outil à partir de mon script perl et je rencontre un problème pour la sortie des résultats. Je souhaiterai que le résultat s'affiche en output c'est à dire sur ma page.

J'ai un code xml qui prend les arguments en input :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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...
<command interpreter="perl">gth.pl $inputgen $inputcdna $output  </command>
...
  <outputs> <data format ="tabular" name="output" /> </outputs>
...

Le problème vient de mon script perl :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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...
open (IN, "<$ARGV[0]"); #genomic sequence
open (IN2, "<$ARGV[1]"); #cdna sequence
open (OUT, ">$ARGV[2]");

# en faisant ça, j'obtiens aucune sortie
`/home/***/galaxy_dev/tools/genomethreader/bin/gth -genomic $ARGV[0] -cdna $ARGV[1]`;
# avec cette ligne j'ai une sortie dans mon fichier "result.txt", normal j'ai mis -o
`/home/***/galaxy_dev/tools/genomethreader/bin/gth -genomic $ARGV[0] -cdna $ARGV[1] -o result.txt`;
# ici le mot "coucou" s'affiche sur ma page
print OUT "coucou";
...

Comme pour afficher le mot coucou, j'ai donc essayé de faire un print OUT `/home/***/...`
mais le résultat ne s'affiche pas sur la page, j'obtiens une erreur.

Merci à vous,

[Philou67430]

Si tu souhaites que le résultat de tes commandes aille dans OUT, il faut les lancer ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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print OUT qx(/home/***/galaxy_dev/tools/genomethreader/bin/gth -genomic $ARGV[0] -cdna $ARGV[1]);
 
print OUT qx(/home/***/galaxy_dev/tools/genomethreader/bin/gth -genomic $ARGV[0] -cdna $ARGV[1] -o result.txt);

[deltamoins]

Formidable ça marche !!!
Merci bien Philou67430.

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