Bonjour,

J'ai plusieurs fichiers de données de coverage d'une séquence d'ADN.
La séquence d'ADN est divisée en sous-segments de 100 bases.
Chaque fichier est donc composé d'une matrice du type :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
 
                        segment1   segment2    segment3    segment4 .... ....
coverage base1            XXX        XXX         XXX         XXX
            b2            XXX        XXX         XXX         XXX
            b3            XXX        XXX         XXX         XXX
            b4            XXX        XXX         XXX         XXX
            ...
J'aimerais comparer les échantillons 2 à 2, segment par segment.
C'est-à-dire : echantillon1-segment1/echantillon2-segment1 , echantillon1-segment2/echantillon2-segment2 , ...

La comparaison se fait en comparant les écarts entre la moyenne et la médiane des deux échantillons.
Je voudrais savoir si l'on pouvait utiliser un test du chi-deux et si oui comment avec de telles valeurs.

Merci.