Discussion :

[Cpowa]

Bonjour,

J'ai un code que j'ai vectorisé et qui est plus lent que le code avec les boucles for, et je trouve ça étrange. Pour 10000 répétitions du code la version boucle for met 0.74s d'exécution tandis que la version vectorisée en met 1.3s.


Voici la version for:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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%préallocation
[N,~]=size(x1); 
xPoint1=zeros(N,1);
xPoint2=zeros(N,1);
 
 
%conditions limites
xPoint1(1)=x2(1);
xPoint2(1)=-eta(1)/mu(1)*max(x1(1)-x1(2),0)^(3/2)-x1(1)/mu(1); 
 
xPoint1(N)=x2(N);
xPoint2(N)=eta(N-1)/mu(N)*max(x1(N-1)-x1(N),0)^(3/2)-x1(N)/mu(N);
 
%cas général
for n=2:N-1
    xPoint1(n)=x2(n);
    xPoint2(n)=eta(n-1)/mu(n)*max(x1(n-1)-x1(n),0)^(3/2)-eta(n)/mu(n)*max(x1(n)-x1(n+1),0)^(3/2)-x1(n)/mu(n);
end

et la version vectorisée: (désolé pour les longues expressions)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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3
xPoint1=x2;
xPoint2=eta(1:end-1)./mu(2:end-1).*max(x1(1:end-2)-x1(2:end-1),0).^(3/2)-eta(2:end)./mu(2:end-1).*max(x1(2:end-1)-x1(3:end),0).^(3/2)-x1(2:end-1)./mu(2:end-1);
xPoint2=[-eta(1)/mu(1)*max(x1(1)-x1(2),0)^(3/2)-x1(1)/mu(1);xPoint2;eta(end)/mu(end)*max(x1(end-1)-x1(end),0)^(3/2)-x1(end)/mu(end)];

Merci pour votre aide.

[Jean Dumoncel]

Bonjour,

comment as-tu comparé les 2 codes? Pour comparer correctement les temps d'exécution, il faut placer les 2 codes dans 2 fonctions différentes et calculer les temps d'exécution de ces deux fonctions.

Tu fais 10000 répétitions du code, ou bien 10000 est l'ordre de grandeur de N?

[Cpowa]

comment as-tu comparé les 2 codes? Pour comparer correctement les temps d'exécution, il faut placer les 2 codes dans 2 fonctions différentes et calculer les temps d'exécution de ces deux fonctions.

C'est ça, sauf que j'ai fait un fichier script.

Tu fais 10000 répétitions du code

oui (pour éviter d'avoir des temps trop petits)

[Jean Dumoncel]

Peux tu nous montrer le code complet que tu utilises?

[Cpowa]

Peux tu nous montrer le code complet que tu utilises?

Voici:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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x1=x0(1:2:end,:);
x2=x0(2:2:end,:);
 
 
tic
for i=1:10000
    %préallocation
    [N,~]=size(x1);
    xPoint1=zeros(N,1);
    xPoint2=zeros(N,1);
 
 
    %conditions limites
    xPoint1(1)=x2(1);
    xPoint2(1)=-eta(1)/mu(1)*max(x1(1)-x1(2),0)^(3/2)-x1(1)/mu(1);
 
    xPoint1(N)=x2(N);
    xPoint2(N)=eta(N-1)/mu(N)*max(x1(N-1)-x1(N),0)^(3/2)-x1(N)/mu(N);
 
    %cas général
    for n=2:N-1
        xPoint1(n)=x2(n);
        xPoint2(n)=eta(n-1)/mu(n)*max(x1(n-1)-x1(n),0)^(3/2)-eta(n)/mu(n)*max(x1(n)-x1(n+1),0)^(3/2)-x1(n)/mu(n);
    end
end
toc
 
 
tic
for i=1:10000
    xPoint1=x2;
    xPoint2=eta(1:end-1)./mu(2:end-1).*max(x1(1:end-2)-x1(2:end-1),0).^(3/2)-eta(2:end)./mu(2:end-1).*max(x1(2:end-1)-x1(3:end),0).^(3/2)-x1(2:end-1)./mu(2:end-1);
    xPoint2=[-eta(1)/mu(1)*max(x1(1)-x1(2),0)^(3/2)-x1(1)/mu(1);xPoint2;eta(end)/mu(end)*max(x1(end-1)-x1(end),0)^(3/2)-x1(end)/mu(end)];
end
toc

[Jean Dumoncel]

Et bien justement, ce n'est pas ce que j'ai dit: il faut que tes 2 codes soient dans 2 fonctions différentes et qu'elles soient appelés l'une après l'autre.

Quelque chose comme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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x1=x0(1:2:end,:);
x2=x0(2:2:end,:);
 
 
tic
fonction1(x1,x2)
toc
 
 
tic
fonction2(x1,x2)
toc

Sinon, l'exécution du premier code influence la durée d'exécution du second.

De plus tu utilises la vectorisation pour supprimer une boucle for, et pour tester son efficacité, tu rajoutes une boucle for Du coup je ne suis pas sûr qu'il y est un gain de temps entre les méthodes. L'avantage de la vectorisation est visible lorsque la dimension des variables augmentent.

[Cpowa]

Sinon, l'exécution du premier code influence la durée d'exécution du second.

J'avoue que je vois pas pourquoi.


Mais en fait le code que j'ai montré est le second membre d'une équa diff. Et est donc dans une fonction. Equa diff que je résous en appelant cette fonction dans ode45.
Lorsque l'ordi met environ 5min à résoudre l'équa diff. Et bien je gagne 5sec si dans ma fonction j'utilise la boucle for plutôt que l'équation vectorielle.

De plus tu utilises la vectorisation pour supprimer une boucle for, et pour tester son efficacité, tu rajoutes une boucle for

Oui c'est vrai ça sert à rien car le temps augmente linéairement en fonction du tour de boucle. Avec cette méthode je pensais être plus précis, par contre ça n'influe pas sur la différence de temps.

L'avantage de la vectorisation est visible lorsque la dimension des variables augmentent.

C'est le cas mes vecteurs sont grands.

[Jerome Briot]

Quelque chose comme :

Plus précisément :

Code :

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x0 = ...;
x1 = x0(1:2:end,:);
x2 = x0(2:2:end,:);
 
for n = 1:10
    tic
    fonction1(x1,x2)
    t(n) = toc;
end
mean(t)
 
clear all
 
x0 = ...;
x1 = x0(1:2:end,:);
x2 = x0(2:2:end,:);
 
for n = 1:10
    tic
    fonction2(x1,x2)
    t(n) = toc;
end
mean(t)

Note au passage que si les valeurs de x1 et de x2 ne sont pas modifiées par les fonctions fonction1 et fonction2, il est préférable de passer uniquement le vecteur x0 et d'utiliser les indices correspondant précédemment à x1 et x2 dans les fonctions.

[ol9245]

En effet, c'est un contre-exemple étonnant du dogme Matlab !

C'est probablement le calcul de tes indices qui plante la # dans ton code vectorisé.
A chaque appel de vecteur tu recalcule une brouettée d'indices 1:end-1, 2:end, blablabla. et tu vas rééchantillonner dans tes vecteur sur les indices que tu viens de calculer. C'est lourd !

Optimise pour éviter l'utilisation de ces indices et ça ira mieux.

Si le temps est important pour toi, regarde du côté des fonctions circshift (sans garantie je n'ai jamais utilisé). ou bien reformuler ton problème pour accélérer cela.

Par ailleurs il y a des parties de ton code qui m'intriguent. je te suggère de vérifier une bonne fois que tes matrices calculées par l'une ou l'autre manière sont identiques. à vue d'oeuil, je n'en mettrais pas ma main au feu...