Dans votre exemple, vous cumulez les paramètres -r et -t, mais vous les "rangez" dans des positions différentes de args[]. C'est pourquoi se présente la difficulté de l'ordre.
Pourquoi ne pas les réunir et définir votre syntaxe de sorte qu'il n'y ait jamais plus de trois arguments ? Cela donnerait :
java -jar fichier.jar c:\ 06062012 -rt
Et pour le cas ou vous voudriez cumuler vos trois options cela donnerait :
java -jar fichier.jar c:\ 06062012 -rth
Au final, il vous suffit pour déterminer chaque option de vérifier si le caractère "t" est présent dans la chaine -rth pour positionner l'option -t à 1, si le caractère 'r' est présent dans la chaîne "-rth" quelle que soit la position des lettres, ça n'a plus d'importances.
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