Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params);
	$factory->executable('blastall', 'C:/Program Files/BLAST/bin/blastall.exe');
	$factory->outfile($fs_blast);

'C:/Program' n'est pas reconnu en tant que commande interne
ou externe, un programme ex‚cutable ou un fichier de commandes.

------------- EXCEPTION -------------
MSG: blastall call crashed: 256 | No such file or directory | C:/Program Files/BLAST/bin/blastall.exe -d "P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/Blast_DB_26/Jazzy_BlastDB_26" -i C:\Users\minguet.TMA\AppData\Local\Temp\WoFOhL5Wn5 -p blastn -o P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/ITG/tests/102_G1.blast

STACK Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast::_runblast C:/Perl64/site/lib/Bio\Tools\Run\StandAloneNCBIBlast.pm:437
STACK Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast::_generic_local_blast C:/Perl64/site/lib/Bio\Tools\Run\StandAloneNCBIBlast.pm:411
STACK Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast::blastall C:/Perl64/site/lib/Bio\Tools\Run\StandAloneNCBIBlast.pm:263
STACK main::blast Jazzy.pl:747
STACK toplevel Jazzy.pl:581
-------------------------------------

... ça doit être un problème dû à l'espace dans mon nom de répertoire ... comment faire?


Sous windows 7, faut-il utiliser des slash ou des backslash pour indiquer les chemins des vers les fichiers à Perl?

Merci.

[Jasmine80]

J'ai essayé avec des doubles quotes, cela ne fonctionne pas

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$factory->executable('blastall', '"C:/Program Files/BLAST/bin/blastall.exe"');
$factory->executable('blastall', 'C:/"Program Files"/BLAST/bin/blastall.exe');

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$factory->executable('blastall', 'C:\Program Files\BLAST\bin\blastall.exe');

[Jasmine80]

Ca ne fonctionne pas C'est la première chose que j'ai essayé et j'obtiens l'erreur du premier message de la discussion

[djibril]

Jasmine80, tu devrais toujours lire la documentation du module

Title : executable
Usage : my $exe = $blastfactory->executable('blastall');
Function: Finds the full path to the executable
Returns : string representing the full path to the exe
Args : [optional] name of executable to set path to
[optional] boolean flag whether or not warn when exe is not found

Il ne prend pas en argument le chemin du path.

[djibril]

Dans ton programme, soit tu fais un chdir pour te mettre à l'intérieur du répertoire C:\Program Files\BLAST\bin, soit tu la rajoute dans ton path directement dans ton programme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ENV{PATH} .= 'C:\Program Files\BLAST\bin';

[Jasmine80]

Merci Djibril

Jasmine80, tu devrais toujours lire la documentation du module


Il ne prend pas en argument le chemin du path.

ça fonctionnait sur mon ancien PC ... ça devait être du code inutile ... et oui, sur l'ancien, j'avais probablement modifié $ENV{PATH}



en ajoutant en début de code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ENV{PATH} .= 'C:\Program Files\BLAST\bin';

et en modifiant ma ligne pour :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$factory->executable('blastall');

J'obtiens l'erreur :

MSG: cannot find path to blastall

c'est compliqué, je suis nulle sur ce coup




... j'ai aussi toujours le message :

Replacement list is longer than search list at C:/Perl64/site/lib/Bio/Range.pm line 251.

As-tu une idée de sa signification?


Merci beaucoup

[Jasmine80]

C'est bien un problème d'espace ... la doc semble pourrie


Si je change Blast de répertoire, afin qu'il n'y ait aucun espace, cela fonctionne parfaitement avec la ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$factory->executable('blastall', 'C:/BLAST/bin/blastall.exe');

... sans changer $ENV{PATH}


... ça fonctionne mais ça me force à changer BLAST de répertoire afin d'éviter les espaces dans le chemin, je contourne le problème

D'où, j'en reviens à ma question initiale, comment permettre un espace dans le chemin en Perl?



Et ... j'ai aussi toujours le message (qui ne semble pas géner) :

Replacement list is longer than search list at C:/Perl64/site/lib/Bio/Range.pm line 251.

As-tu une idée de sa signification?


Merci

[djibril]

Le problème ne vient pas de Perl, mais du module qui ne gère pas correctement les chemins avec espaces.
Donc soit, tu changes l'emplacement, soit utilise chdir ou $ENV.

Voilà !

[Jasmine80]

Ok, merci, je vais garder le changement de répertoire. Bonne journée.