Bonjour à tous.
Je travaille actuellement pour mon stage en labo sur un code déjà écrit à mon arrivée. Malheureusement, ce code a été écrit par des physiciens qui n'ont pas pensé utile de faire un algorithme général ou même détaillé du programme ou encore d'utiliser des noms explicites pour les variables...![]()
Donc, mon boulot est d'"optimiser" tout cela... En fait, le code est tel que tout le temps d'execution est dépendant d'une seule fonction essentiellement composée de boucles imbriquées, la fonction étant elle-même ancrée dans des boucles deux POUR imbriqués !!!Un truc horrible quoi... En effet, j'ai mesuré le temps d'execution pour un fonctionnement minimum =>~30 minutes !!!
Le programme en cause est un programme de calcul scientifique. Il calcule grâce à des matrices (d'où les boucles imbriquées) la modification de l'orientation des atomes d'une molecule suite à une déformation. L'exemple sur lequel on tourne est une petite molécule de 46 atomes et cela dure 30 minutes ! On voudrait pouvoir calculer les modifications atomiques de protéines de plusieurs centaines d'atomes !!!
C'est pourquoi je vous écris. Ce problème de manipulation de matrices me fait penser à une modification d'une image selon un filtre.
Voici l'appel de ma fonction LinMode en question dans le programme en C :
et la fonction elle-même :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24 /*APPEL DE LinMode => Indicateurs de temps CallLinMode1 et CallLinMode2 */ CallLinMode1 = time(NULL); /*MODIFIE LE 05/04/06*/ printf("CallLinMode1 = %lf\n",CallLinMode1); k = 0; for (j = 0; j < Natomes; j++){ for (i = 0; i <= 2 ;i++) { if (CMOD[j][i] == 1) {/*par defaut on traite tous les modes, plus tard on pourra choisir */ LinMode(Natomes, j, i, k, nj, nk, En, err, dx, nl, gg, D, M); kk[j][i] = k; k = k+1; } } } CallLinMode2 = time(NULL); /*MODIFIE LE 05/04/06*/ printf("CallLinMode2 = %lf\n",CallLinMode2); TEMPS_BOUCLE_LINMODE = difftime(CallLinMode2,CallLinMode1) ; /*MODIFIE LE 05/04/06*/ printf("******************************************\n\n"); printf("temps en s = %lf\n", TEMPS_BOUCLE_LINMODE); printf("temps en min = %lf\n", TEMPS_BOUCLE_LINMODE/60) ; printf("\n\n******************************************\n\n");
Comme vous le voyez, le nommage des variables est loin d'être explicite. Nous travaillons sur des machines Sun SunBlade 1500 ou sur PC actuellement mais nous souhaitons passer sur architecture parallèle prochainement. Mais avant cela, il est clair qu'un réarrangement de l'algorithme est nécessaire.
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55 void LinMode(int Natomes, int N, int in, int k, int nj, int nk, double En, double err, double *dx,int *nl, int *gg, double **D, double **M) { time_t LM_BEGIN=time(NULL), LM_END ; double eps, *ddx , LM_Duree ; int i, j, n, nn, ii, it; ddx=vec(3 * Natomes); puts("LinMode\n"); eps = 10. * err; it = 3 * Natomes - 6; for (i = 0; i < 3 * Natomes; i++) { dx[i] = 0.; } ii = 3 * nl[N] + in; if (ii == it) { ii = it - 1; } printf("ii=%d\n",ii); dx[ii] = 1.; while (eps > err) { for (i = 0; i < it ; i++) { ddx[i] = dx[i]; if (i != ii) { for (j = 0; j < it ; j++) { if (i != j) { dx[i] += D[i][j] * dx[j]; } } dx[i] = -dx[i] / D[i][i]; } ddx[i] -= dx[i]; } eps = Norme(ddx,it); /* normalisation de ddx pas nécessaire !*/ } En = Energie(Natomes, dx, D); printf("Energie = %f\n",En); for (n = 0; n < Natomes - 3; n++) { nn = 3 * n; ii = gg[n] * 3; M[ii][k] = dx[nn]; M[ii + 1][k] = dx[nn + 1]; M[ii + 2][k] = dx[nn + 2]; } nn = 3 * Natomes - 9; M[3 * nk][k] = dx[nn]; M[3 * nk + 1][k] = dx[nn + 1]; M[3 * nj][k] = dx[nn + 2]; M[3 * Natomes][k] = En; M[3 * Natomes + 1][k] = 3 * N + in; LM_END=time(NULL) ; LM_Duree=difftime(LM_END,LM_BEGIN) ; printf(" Duree (en secondes) d'execution pour cet appel = %lf\n", LM_Duree) ; }
J'aimerais en effet décomposer mes boucles POUR et PENDANT QUE en sous-blocs de quelques lignes mais j'avoue mon impuissance... J'ai modifié LinMode afin de virer le PENDANT QUE eps > err FAIRE ... par un appel récursif dépendant de la variable eps... Mais cela ne compile pas... Outre le problème de compilation (mineur), une refonte de l'algo de LinMode est donc inévitable mais je coince un pue beaucoup... Avez-vous une idée SVP ?
Partager