Discussion :

[perlaud]

Bonjour,

j'ai un problème avec une fonction,
Cette fonction permet de parcourir une chaine($sequence) de longueurvariable et attribue des scores si certains caractères sont présents à certaines positions.

Mon code est le suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
 
my $res;
my $sequence= "CCCCCGGGGGGAAAAAAAGAACCCCAA";
 
sub MOTIF
{
my ($sequence)= @_; 
my $score = 0;
 
#Test  "A" en position 5
if ($sequence =~ m/.{4}A.*/)
{print "Presence d'un \"A\" en position 5.\n";
$score = 1;}
 
# "U" en position 12
if ( $sequence =~ m/.{11}U.*/)
{print "Presence d'un \"U\" en position 12.\n";
$score = $score + 1;}
 
# absence de "G" en position 15
if ( $sequence =~ m/.{14}(A|U|C)./)
{print "Absence d'un \"G\" en position 15.\n";
$score = $score + 1;}
 
# "A" en position 21
if ( $sequence =~ m/.{20}A.*/)
{print "Presence d'un \"A\" en position 21.\n";
$score = $score + 1;}
 
# ni "G" ni "C" en position 21
if ( $sequence =~ m/.{20}(A|U).*/)
{print "Absence d'un \"G\" et d'un \"C\" en position 21.\n";
$score = $score + 1;}
 
return ($score);
 
}
 
$res = MOTIF($sequence);
print "Le score de ce motif est de $res.";

je ne comprends pas pourquoi, alors qu'il n'y a pas de "A" en position 5, en résultat, j'ai présence d'un "A" en position 5. Et quand je rentre des séquences différentes, j'obtiens d'autres bizzareries.

je pense que mon erreur doit être au niveau des expressions régulières


merci

perlaud

[schnecke]

Faut que tu precises le debut de ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if ($sequence =~ m/^.{4}A.*/)

[djibril]

T'as juste oublié de mettre dans ton expression réguliere ^ pour signifier le début de la séquence, sinon telle que c'est écrit, ça n"a pas de sens car il cherche juste le motif en commencant ou ça l'arrange (perl biensur )

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
 
my $res;
my $sequence= "CCCCCGGGGGGAAAAAAAGAACCCCAA";
 
sub MOTIF
{
my ($sequence)= @_;
my $score = 0;
 
#Test  "A" en position 5
if ($sequence =~ m/^.{4}A.+/g)
{print "Presence d'un \"A\" en position 5.\n";
$score = 1;}
 
# "U" en position 12
if ( $sequence =~ m/^.{11}U.*/)
{print "Presence d'un \"U\" en position 12.\n";
$score = $score + 1;}
 
# absence de "G" en position 15
if ( $sequence =~ m/^.{14}(A|U|C)./)
{print "Absence d'un \"G\" en position 15.\n";
$score = $score + 1;}
 
# "A" en position 21
if ( $sequence =~ m/^.{20}A.*/)
{print "Presence d'un \"A\" en position 21.\n";
$score = $score + 1;}
 
# ni "G" ni "C" en position 21
if ( $sequence =~ m/^.{20}(A|U).*/)
{print "Absence d'un \"G\" et d'un \"C\" en position 21.\n";
$score = $score + 1;}
 
return ($score);
 
}
 
$res = MOTIF($sequence);
print "Le score de ce motif est de $res.";

voilà, sinon tu peux le faire aussi avec des tableaux, ce sera plus propre je pense.

[perlaud]

Encore une fois, merci beaucoup Djibril!

perlaud

[perlaud]

Et Merci aussi Schneke!

perlaud