Discussion :

[Kassar]

Bonjour à tous,

J'ai une question sur un script que je fais pour changer l'output de plusieurs gros fichiers

L'output est sensé ressembler à ça :

>Tests HadI-sdds1:4134:AAABBBBB:1:1101:6635:2407_2:N:0:TTTTTT AAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDCCVBWAAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSG

Mais apparait comme ça :

>Tests HadI-sdds1:4134:AAABBBBB:1:1101:6635:2407_2:N:0:TTTTTT AAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDCCVBW AAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSG

J'ai écrit le script ci-dessous pour réparer le problème. Cependant la ligne 15 me retourne une chaine vide, or lorsque je fais l'echo dans le terminal, la phrase apparait bien...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/sh 
FILENAME=$1
OUTPUT=$2
set LineToWrite=''
 
while read LINE 
do
if  [ `echo "$LINE" | awk '{print substr($0,1,1)}'` == ">" ]
    then
        echo "$LineToWrite" >> $OUTPUT
        echo "$LINE" >> $OUTPUT
        set LineToWrite=''
    else
        set currLine=`echo "$LINE" | awk '{print substr($0,1,70)}'`
        set LineToWrite+=$currLine
fi
done <$FILENAME

J'aimerais votre aide ....

Merci d'avance!!

[N_BaH]

Bonjour,

set ne fait certainement pas ce que tu crois.
cette commande sert entre autre à positionner des options du shell, ou remplacer les paramètres positionnels; et non à définir des variables.

awk est superflu.

+= n'existe pas en sh.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/sh 
 
FILENAME="$1"
OUTPUT="$2"
LineToWrite=""
 
while read LINE 
do
   if [ "$(echo "$LINE" | cut -c 1)" = ">" ]
   then
      echo "$LineToWrite" >> "$OUTPUT"
      LineToWrite=""
      echo "$LINE" >> "$OUTPUT"
   else
      currLine=$(echo "$LINE" | cut -c 1-70)
      LineToWrite="${LineToWrite}$currLine"
   fi      
done <"$FILENAME"

sans exemples du fichier à traiter...

[zipe31]

Salut,

if [ "$(echo "$LINE" | cut -c 1)" = ">" ]

Je dirai même :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if [ "${LINE::1}" = ">" ]

[Kassar]

Merci N_Bah..

Ça a en fait réglé le souci, il n'y a que les dernières lignes maintenant qui se trouvent ignorées, mais c'est peut-être du au fichier test que j'ai utilisé. Je vais tester sur le fichier final Merci!!!

Je pense aussi que j'ai du avoir une notion erronée du "set"

[N_BaH]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if [ "${LINE::1}" = ">" ]

ce n'est pas une substitution POSIX, et vu que Kassar écris pour sh...

[Kassar]

Petite rectification sur ma derniere intervention.

L'output est parfaite maintenant.

Juste l'ajout dans le cas ou se sont les derniere lignes de:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

echo "$LineToWrite" >> "$OUTPUT"

apres le Done

Merci!

[zipe31]

ce n'est pas une substitution POSIX, et vu que Kassar écris pour sh...

Ben tout dépend aussi du système (ou de la distrib) et vers où pointe le lien symbolique le cas échéant...

[N_BaH]

justement, quand on écrit pour sh, on ne sait pas ce qu'est sh.
Il est plus sûr de ne présumer de rien, et de faire du 100% portable.