Discussion :

[ol9245]

Bonjour,

Je suis entrain de publier un algo de calcul parrallèle dans une revue scientifique.
Je dois pour cela fournir le code de l'algo.
Ca sera en C++

par contre, pour le multithread, je ne connais que des méthodes plateforme-spécifiques (celle de visual studio vs windows, celle de GCC vs Linux, ...). Comme je programme rarement en multithread, je ne suis aps au courant ni de ce qui se fait habituellement, ni des éventuells normes qui existent, d'où ma question en titre du fil :

Existe-t'il une norme multiplatteforme pour le multithread ?

merci

[Aleph69]

Bonjour,

la récente norme C++ permet d'utiliser des threads avec la STL. Pour ce langage, et uniquement pour celui-ci, je pense que l'on peut considérer qu'il s'agit du standard en la matière.

[ol9245]

Bonjour,

la récente norme C++ permet d'utiliser des threads avec la STL. Pour ce langage, et uniquement pour celui-ci, je pense que l'on peut considérer qu'il s'agit du standard en la matière.

Tu veux parler du C++11 ?

[kwariz]

Bonjour,

comment sont présentés les articles similaires dans cette revue ?

[souviron34]

Je suis entrain de publier un algo de calcul parrallèle dans une revue scientifique.
Je dois pour cela fournir le code de l'algo.

C'est le code ou l'ago ??

Si c'est l'algo, c'est indépendant : un thread doitêtre traité comme un CPU ou une machine..

Si c'est le code, alors il suffit que tu indiques sur quelle platefome/langage.

Sinon, il faudrait que tu encapsules ou traites tes fonctions d'appels multithreads en style "callbacks". Comme ça ton code est indépendant, et tu peux facilement dire "il suffirait de remplacer les appels aux threads par des appels aux cores ou à d'autres machines via MPI" par exemple.. car l'impact serait alors limité et parfaitement circonscris..

[Aleph69]

Tu veux parler du C++11 ?

Tout à fait.

[ol9245]

merci pour vos réponses très pertinentes.

@Aleph69, tu m'as fait découvrir le C++11. C'est la solution que je vais donc utiliser car en effet elle est standard et multiplate-forme. J'aurais aimé qu'elle soit aussi portable sur Matlab car c'est mon environnement de programmation préféré. Je ne crois pas que ce soit le cas pour l'instant mais ce n'est qu'une question de temps je suppose.

Est-ce que tu as un bouquin en particulier à me conseiller sur C++11 (j'ai programmé des dizaines de milliers de ligne en C et C++ mais je me suis arrêté il y a 10 ans et je n'ai eu qu'une utilisation rudimentaire de la STL).

@souviron, les scientifiques thématiciens comme moi (science du sol en l'occurence) conçoivent et publient pas mal d'algorithmes En géoscience, il y a une revue dédiée à ce type de publication : Computer & Geoscience. Par contre les auteurs de cette revue sont le plus souvent des amateurs en informatique. Nombre d'entre nous ne savent pas, ou n'ont pas le temps, de paralléliser leurs algos. J'ai la chance d'avoir une petite expérience, ponctuelle et ancienne, en programmation multithread. Je n'ai donc pas peur de m'y recoller si besoin est. Par contre avant de m'y mettre je suis venu aux nouvelles pour savoir ce qui se fait aujourd'hui en la matière.

Je veux que les algos que je publient diffusent vite dans ma communauté scientifique. Pour cela, il faut qu'ils soient rapides, y-compris par rapport à des algos plus vieux qui ont été parallélisés récemment. C'est le cas de mon algo : je suis l'auteur de la précédente version qui reste la plus rapide 10 ans après sa publication et qui a été parallélisée l'an dernier (par un mec de math-applis que je ne connais pas). Le gros avantage du nouvel algo est qu'il est semi-linéaire (N.logN) au lieu d'être polynomial (N^1.3 en pratique, N^2 dans le pire cas). Les gigantesques jeux de données d'aujourd'hui, qui n'existaient pas il y a 10 ans, sont ma cible. Si je veux que mon nouvel algo soit utilisé, il faut qu'il soit effectivement plus rapide que la dernière implémentation de l'ancien. Il faut donc que je me colle au moins à la parallélisation minimale pour ne pas laisser 7 coeurs/8 au repos.

finalement pour répondre au coeur de ta question, dans computer & geoscience, nombre d'algos ne sont décrits que en pseudo code. C'est ce que je ferai aussi. Par contre je donnerai un lien internet pour télécharger le code en C++11 (puisque mon choix est fait grâce à Aleph69).

[souviron34]

finalement pour répondre au coeur de ta question, dans computer & geoscience, nombre d'algos ne sont décrits que en pseudo code. C'est ce que je ferai aussi. Par contre je donnerai un lien internet pour télécharger le code en C++11 (puisque mon choix est fait grâce à Aleph69).

OK, il n'y a aucun problème dans ce cas... peu importe d'ailleurs que tu utilises ou non la dernière version +ou- standard.

Il suffisait je pense d'indiquer précisément la version...

Mais si tu as le loisir de le porter, c'est très bien


(tu noteras que ta formulation originale était .. tendancieuse :

Je suis entrain de publier un algo de calcul parrallèle dans une revue scientifique.
Je dois pour cela fournir le code de l'algo

)

[Jerome Briot]

J'aurais aimé qu'elle soit aussi portable sur Matlab car c'est mon environnement de programmation préféré. Je ne crois pas que ce soit le cas pour l'instant mais ce n'est qu'une question de temps je suppose.

En fait la limitation vient de la version de GCC prise en charge par la dernière version de MATLAB (GCC 4.4 pour la R2012b aujourd'hui).

Mais rien ne t'interdit d'essayer avec une version 4.7 de GCC, au mieux tu auras un message d'avertissement avec MEX de ce genre :

Warning: You are using gcc version "4.6.3-1ubuntu5)".  The version
         currently supported with MEX is "4.3.4".
         For a list of currently supported compilers see: 
         http://www.mathworks.com/support/com...rrent_release/

au pire ça ne compilera pas du tout.

[Aleph69]

Bonsoir,

C'est la solution que je vais donc utiliser car en effet elle est standard et multiplate-forme. J'aurais aimé qu'elle soit aussi portable sur Matlab car c'est mon environnement de programmation préféré. Je ne crois pas que ce soit le cas pour l'instant mais ce n'est qu'une question de temps je suppose.

Du point de vue de Mathworks, je pense que le standard matlab en programmation parallèle est plutôt la Parallel Computing Toolbox bien que ses fonctionnalités soient encore très limitées. Je ne sais d'ailleurs pas si elle va évoluer, ni dans quelle direction.

Si tu souhaites passer par des fichiers MEX, la norme C++11 sera officiellement disponible pour matlab dès qu'un compilateur C++ respectant la nouvelle norme sera disponible pour matlab. Les compilateurs sont en train d'évoluer dans ce sens donc cela devrait arriver assez vite. La release 2013 devrait déjà permettre de faire pas mal de choses nouvelles. Un état des lieux de l'évolution des compilateurs est disponible ici. Tu peux voir que les opérations atomiques sont supportées depuis la version 2011 de Visual et la version 4.4 de GCC (et partiellement le concurrentiel). La version actuelle de Matlab supporte pour le moment Visual 2010 comme indiqué là et GCC 4.4 comme indiqué là. Si tu es sous Windows, tu peux également t'en sortir avec MinGW et gnumex comme expliqué ici. Attention à bien compiler MinGW toi-même pour bénéficier de la version 4.4 de GCC. Sinon, je pense qu'il y a toujours moyen de s'en sortir en bidouillant en utilisant différentes versions d'un même compilateur (l'une supportée par Matlab, l'autre supportant partiellement le C++11) et en passant par une bibliothèque dynamique pour la partie du code utilisant la dernière norme (sans convitions, à tester).

Est-ce que tu as un bouquin en particulier à me conseiller sur C++11 (j'ai programmé des dizaines de milliers de ligne en C et C++ mais je me suis arrêté il y a 10 ans et je n'ai eu qu'une utilisation rudimentaire de la STL).

Idéalement, je te conseillerais la dernière version du livre de Stroustrup (créateur du C++, référence en la matière) mais elle ne sera disponible que fin mars 2013. Actuellement, tu peux te procurer le livre de Josuttis. Je dispose moi-même d'un livre du même auteur sur les templates plutôt bien écrit je trouve. Cela dit, dans ton cas particulier, je me demande si tu ne trouverais pas un plus grand intérêt au récent livre C++ Concurrency in Action qui est plus spécialisé dans la programmation parallèle avec la nouvelle norme. Je tiens à préciser que je ne l'ai pas encore lu mais j'en ai eu de très bons échos. Pour être le mieux conseillé possible, je t'invite vivement à poster ta question directement dans le forum C++ où tu trouveras des personnes connaissant mieux la littérature que moi sur le sujet.

Bon courage pour la rédaction de ton article et l'implémentation de ton code!

[Jerome Briot]

Si tu es sous Windows, tu peux également t'en sortir avec MinGW et gnumex comme expliqué ici.

Il y a plus simple et plus à jour => http://stackoverflow.com/questions/8...s-mex-compiler

[Aleph69]

Je ne connaissais pas la solution via makefile : très pertinent! Merci pour le lien!

[Jerome Briot]

J'utilise personnellement cette solution :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

x86_64-w64-mingw32-c++ -m64 -shared -I"%MATLAB%/extern/include" -DMATLAB_MEX_FILE -o bla.mexw64 -Wl,--export-all-symbols *.cpp -L"%MATLAB%/bin/win64" -lmex -lmx -leng -lmat

ou un simple batch du genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@echo off
 
set MATLABPATH=C:/MATLAB/R2009a/
set CC=x86_64-w64-mingw32-gcc
set b=64
 
if exist %1.mexw64 del %1.mexw64
 
%CC% -m%b% -fopenmp -shared -I"%MATLABPATH%extern/include" -DMATLAB_MEX_FILE -o %1.mexw%b% -Wl,--export-all-symbols %1.c -L"%MATLABPATH%bin/win%b%" -lmex -lmx -leng -lmat

[ol9245]

Merci à tous pour vos contributions.

Je vais m'attaquer à la parrallélisation de mon algo et je vais faire un nouveau fil pour cela.