Discussion :

[Cohnii]

Bonjour à tous,

Autant dire tout de suite que je suis un vrai débutant en programmation. Je suis étudiant en M2 de biologie et j'ai un petit projet à faire sous MATLAB même si je n'ai jamais eu de cours sur ce sujet...

Mon but est de modéliser un mouvement brownien (que l'on peut retrouver dans les trajectoires de certaines protéines membranaires dans une cellule).
J'ai déjà plus ou moins réussi à le modéliser en utilisant une marche aléatoire en 2D. Ceci dit, j'aimerais aller plus loin et insérer des zones où les conditions de déplacement seraient différentes (probabilité moins grande de se déplacer, baisse du coefficient de diffusion etc...) afin de modéliser un mouvement confiné.

Voici le script que j'ai déjà écrit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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% Marche aléatoire dans un espace à deux dimensions
ipmax=5; %nombre de particules
itmax=50000; %nombre de pas
J=rand; %rand correspond à une sélection aléatoire d'une valeur dans [0,1[
x(1)=100*J; %position initiale de la particule en X
y(1)=100*J; %position initiale de la particule en Y
opt={'r' 'g' 'k' 'b' 'm'}; %couleurs des trajectoires
hold on
for i=1:ipmax
    plot(x,y,opt{i})
    for i=1:itmax
        J=rand;
        if J<0.25
            x(i+1)=x(i)+1;
            y(i+1)=y(i);
        elseif (J>0.25)&&(J<0.5)
            x(i+1)=x(i)-1;
            y(i+1)=y(i);
        elseif (J>0.5)&&(J<0.75)
            x(i+1)=x(i);
            y(i+1)=y(i)+1;
        else
            x(i+1)=x(i);
            y(i+1)=y(i)-1;
        end
    end
end
axis ([-500 500 -500 500])
hold off

J'ai ensuite essayé ce type de commande pour créer des carrés/rectangles où je pourrai par la suite changer certaines conditions :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if (x(i+1)>100)&&(x(i+1)<200)&&(y(i+1)>100)&&(y(i+1)<200);
 
........
 
else 
 
........

Évidemment ça ne fonctionne et j'avoue être complètement bloqué ?

Pourriez-vous m'aider ?

Merci d'avance pour vos réponses !

[Invité]

Bonsoir,

Pour commencer, pense à effectuer une préallocation de tes variables x et y au début de ton programme.
Ensuite évite d'utiliser la même variable pour tes deux boucles for :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i=1:ipmax
    plot(x,y,opt{i})
    for i=1:itmax

Pense à indenter ton code comme je l'ai fait dans ton message, cela le rendra plus lisible (Ctrl+A ; Ctrl+I dans ton éditeur MATLAB).

Ta ligne plot(x,y,opt{i}) est plutôt à mettre à la fin de ta première boucle, sinon tu manques le dernier tracé.

Évidemment ça ne fonctionne et j'avoue être complètement bloqué ?

Ce genre de condition me semble bon... Qu'as-tu essayé qui n'a pas fonctionné ?

[Cohnii]

Bonjour et merci pour ta réponse !

J'ai changé le nom d'une des variables et j'ai mis la ligne plot à la fin de la boucle comme tu me le conseillais, effectivement le script fonctionne déjà mieux.

En ce qui concerne la préallocation, j'ai lu la FAQ mais tout ça reste assez flou pour moi... Comment puis-je l'intégrer dans mon script ?

Pour répondre à ta question, j'ai essayé ce genre de script juste pour voir si ça fonctionnait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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clear all; close all;
% Marche aléatoire dans un espace à deux dimensions
npmax=5; %nombre de particules
itmax=50000; %nombre de pas
J=rand; %rand correspond à une sélection aléatoire d'une valeur dans [0,1[
x(1)=100*J; %position initiale de la particule en X
y(1)=100*J; %position initiale de la particule en Y
opt={'r' 'g' 'k' 'b' 'm'}; %couleurs des trajectoires
hold on
 
for n=1:npmax
 
    for i=1:itmax;
        J=rand;
 
        if (x(i+1)>100)&&(x(i+1)<200)&&(y(i+1)>100)&&(y(i+1)<200);
 
 
            if J<0.25
                x(i+1)=x(i)+10;
                y(i+1)=y(i);
            elseif (J>0.25)&&(J<0.5)
                x(i+1)=x(i)-10;
                y(i+1)=y(i);
            elseif (J>0.5)&&(J<0.75)
                x(i+1)=x(i);
                y(i+1)=y(i)+10;
            else
                x(i+1)=x(i);
                y(i+1)=y(i)-10;
            end
 
        else
 
 
 
            if J<0.25
                x(i+1)=x(i)+1;
                y(i+1)=y(i);
            elseif (J>0.25)&&(J<0.5)
                x(i+1)=x(i)-1;
                y(i+1)=y(i);
            elseif (J>0.5)&&(J<0.75)
                x(i+1)=x(i);
                y(i+1)=y(i)+1;
            else
                x(i+1)=x(i);
                y(i+1)=y(i)-1;
            end
        end
        plot(x,y,opt{n})
        axis ([-500 500 -500 500])
    end
end
    hold off

Lorsque je lance le programme, le message d'erreur suivant s'affiche :

??? Attempted to access x(2); index out of bounds because numel(x)=1.

Error in ==> untitled at 16
        if (x(i+1)>100)&&(x(i+1)<200)&&(y(i+1)>100)&&(y(i+1)<200);

Ça serait un problème de concaténation si j'ai bien compris mais je ne sais pas comment le résoudre...

[Invité]

Concernant la preallocation, il suffit de savoir que tu as itmax valeurs dans tes vecteurs x et y finaux

Concernant ton erreur, elle est due au fait que tu effectues les vérifications sur les prochains échantillons (i+1, qui n'existent donc pas encore) et non ceux de l'itération précédente (i).

[FLB]

Pour alléger ton code tu peux remplacer

Code :

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J=rand;
     if (x(i+1)>100)&&(x(i+1)<200)&&(y(i+1)>100)&&(y(i+1)<200);
            if J<0.25
                x(i+1)=x(i)+10;
                y(i+1)=y(i);
            elseif (J>0.25)&&(J<0.5)
                x(i+1)=x(i)-10;
                y(i+1)=y(i);
            elseif (J>0.5)&&(J<0.75)
                x(i+1)=x(i);
                y(i+1)=y(i)+10;
            else
                x(i+1)=x(i);
                y(i+1)=y(i)-10;
            end
      % etc
     end

par

Code :

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J=ceil(4*rand); %J est entier compris entre 1 et 4 inclus
deltaX = [1 -1 0 0];
deltaY = [0 0 1 -1];
if () %Condition de zone
     facteurDeZone = 10;
elseif () %Autre condition de zone
     facteurDeZone = 5;
else
     facteurDeZone = 1;
end
x(i+1)=x(i)+facteurDeZone * deltaX(J);
y(i+1)=y(i)+facteurDeZone * deltaY(J);

[Cohnii]

Merci beaucoup pour vos réponses et désolé de répondre si tard !

Vous m'avez bien aidé, je vais essayer de continuer tout seul et si jamais j'ai un problème, je n'hésiterai pas à venir vous consulter