Discussion :

[GLDavid]

Bonjour

J'ai un petit problème : je dispose d'une séquence qui est une (grande) chaîne de caractère. Je veux parcourir toute ma chaîne afin d'en retirer des petites chaînes de caractères d'une taille définie. L'objet finale est d'avoir une liste chaînée de ces petits éléments.
Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
 
#include "Sequence.h"
#include "Parameters.h"
 
struct siRNA{
	char *sequence;
	long start;
	int size;
	double Tm;
	double GC;
	struct siRNA *next;
};
 
int window;
struct siRNA *head;
 
/**
 * TODO
 * 
 * Apparemment, j'ai des problèmes avec cette fonction, la chaîne de caractères
 * est aberrante.
 */
 
char *substr(char *seq, int start, int end){
	char *tmp = malloc(end*sizeof(char));
	int i;
	if(tmp==NULL){
		fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		exit(2);
	}
	for(i=start; i<start+(end); i++){
		tmp[i] = Sequence[i];
	}
	return tmp;
}
 
double getGC(char *seq){
	double percent = 0;
	int cpt = 0;
	int i;
	for(i=0; i<strlen(seq); i++){
		if(seq[i]=='G' || seq[i]=='C')
			cpt++;
	}
	percent = (100*cpt)/strlen(seq);
	return percent;
}
 
struct siRNA *newSI(int start){
	struct siRNA *rna;
	rna = malloc(sizeof(struct siRNA));
	if(rna==NULL){
		fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		exit(2);
	}
	rna->start = start;
	printf("Start = %ld\n", rna->start);
	rna->next=NULL;
	rna->sequence = malloc(window*sizeof(char));
	if(rna->sequence==NULL){
		fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		exit(2);
	}
	rna->sequence = substr(Sequence, start, window);
	printf("Sequence = %s\n", rna->sequence);
	rna->GC = getGC(rna->sequence);
	printf("GC = %lf\n", rna->GC);
	return rna;
}
 
void makeList(void){
	int i;
	window = atoi(parameters[1]);
	head = NULL;
	for(i=0; i<strlen(Sequence); i++){
		if((i+window)>strlen(Sequence))
			break;
		head = newSI(i);
	}
}

Et voici ma sortie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Start = 0
Sequence = CCGCGGCGCCGATCCCGGCTG
GC = 85.000000
Start = 1
Sequence = XCGCGGCGCCGATCCCGGCTGA
GC = 77.000000
Start = 2
Sequence = X\uffffGCGGCGCCGATCCCGGCTGAG
GC = 73.000000
Start = 3
Sequence = X\ufffftCGGCGCCGATCCCGGCTGAGG
GC = 70.000000
Start = 4
Sequence = X\ufffft
GC = 0.000000

Au premier tour, ça semble aller bien, mais pour la suite, aïe, aïe, qu'est-ce qui a bien pû se passer ???

Merci d'avance de vos réponses.

@++

[fearyourself]

J'ai juste regarder la fonction substr... Encore une fois, fait attention à ta façon d'allouer la mémoire et t'en servir...

char *substr(char *seq, int start, int end){
char *tmp = malloc(end*sizeof(char));
int i;
if(tmp==NULL){
fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
exit(2);
}
for(i=start; i<start+(end); i++){
tmp[i] = Sequence[i];
}
return tmp;
}

Il serait peut-être plus intéressant de faire ceci (j'ai commenté+corrigé):

Code :

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char *substr(char *seq, int start, int end){
   /* -fy- La taille serait plutôt end-start+1, non? 
  sizeof(char) toujours inutile... La taille d'un caractère c'est toujours 1 
  */
   char *tmp = malloc(end-start+1);
   int i;
   if(tmp==NULL){
      fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
      exit(2);
   }
   for(i=start; i<start+(end); i++){
      /*-fy- Hmmm tmp commence à 0, non? ce serait mieux de faire ceci: */
      tmp[i-start] = Sequence[i];
   }
   /* -fy- Et pour faire bien, on va rajouter un '\0'*/
  tmp[i-start] = '\0';
 
   return tmp;
}

Jc

[GLDavid]

Décidément fearyourself, tu me sauves encore.
@ charge de revanche en Perl ou Java !

@++

[GLDavid]

fearyourself, il y a quand même un petit souci que j'ai résolu. Mes chaînes de caractères rendus par ma fonction substr ont des tailles "fixes". Je m'explique, l'objet est de rendre une sous-chaîne à partir d'une première string avec la position de début de la sous-chaîne et sa taille.
Mais j'ai modifié le code en ce sens et ça marche.
Merci encore de ton aide.

@++