Discussion :

[habasque]

Bonjour à tous,

Je dois lire plusieurs milliers de fichiers netCDF contenant des variables 'Temperature', 'Salinité', etc.
Or il se peut qu'une variable soit absente dans un des fichiers.
Comment puis-je tester l'existence ou pas de cette variable avant d'exécuter la commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 varid= netcdf.inqVarID(ncid,'Temperature');

?

Le message d'erreur obtenu est le suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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??? Error using ==> netcdflib
Library failure "NetCDF: Variable not found".
 
Error in ==> inqVarID at 22
varid = netcdflib('inqVarID', ncid, varname);

Merci d'avance,

[FLB]

Salut Habasque,
à la lecture de la doc je ne vois pas de méthode permettant de tester l'existence d'une variable dans un netcdf, je pense donc que le plus simple est de passer par un try catch

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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try
varid= netcdf.inqVarID(ncid,'Temperature');
disp('Temperature ok');
catch e
disp('Temperature absente');
end

[Jerome Briot]

Je ne connais pas bien ces fonctions mais essaie ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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S = ncinfo(...);
 
if any(strcmp({S.Variables.Name},'Temperature'))
 
    varid = netcdf.inqVarID(ncid,'Temperature')
 
else
 
    varid = [];
 
end

[habasque]

Effectivement je passe par un Try Catch, je ne vois pas d'autres solutions pour le moment via les commandes de la librairie netcdf.

@DUT : je n'ai pas de commande ncinfo

[Jerome Briot]

Désolé

Voici une solution de contournement qui devrait fonctionner avec ta version de MATLAB (R2010b) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ncid = netcdf.open(...,'NC_NOWRITE');
 
[ndims,nvars] = netcdf.inq(ncid);
 
for n = 0:nvars
    varname{n} = netcdf.inqVar(ncid,n);    
end
 
if any(strcmp(varname,'Temperature'))
    ...
end

A tester

[FLB]

A vérifier, mais je pense que si tu dois lire plusieurs milliers de fichier, le try catch sera plus rapide que la lecture au préalable de toutes les variables de chaque fichier.

[habasque]

Les 2 solutions fonctionnent mais j'ai choisi d'utiliser Try Catch a priori plus rapide :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    try
        varid= netcdf.inqVarID(ncid,'Temperature'); % recuperation du numero d'id a partir du nom
        temperature=netcdf.getVar(ncid,varid);
    catch e
        ...
    end

Merci à vous !