Discussion :

[AustinPower999]

Bonjour à tous,

Voilà j'ai un petit soucis. J'ai écris un script qui me génère tout un ensemble de noms de fichiers et j'aimerais lire seulement ceux qui existent. Malheureusement, R bloque sur le premier nom de fichier qui n'existe pas. Comment passer au nom suivant ? Je suis débutant sur R...

Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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##### Generation de 18 600 noms de fichiers
 
name<-c('r1','r2','r3','r4','r5','r6','r7','r8','r9','r10')
name2<-rep(name, times=31)
day<-c('01','02','03','04','05','06','07','08','09',10:31)
month<-c('01','02','03','04','05','06','07','08','09',10,11,12)
year<-c(10:15)
 
nameday<-paste(name2,day,sep="s")
nameday2<-rep(nameday, times=(length(month)))
 
namedaymonth<-paste(nameday2,month,sep="")
namedaymonth2<-rep(namedaymonth,times=(length(year)-1))
 
NDMY<-paste(namedaymonth2,year,sep="")
NDMY<-paste(NDMY,'.txt',sep="")
 
 
######Lecture des fichiers existant
 
file<-c(NDMY)
for (i in 1:length(NDMY)){
	   data<-read.table(file[i])}
 
 
Voici les erreurs :	  
 
#Erreur dans file(file, "rt") : impossible d'ouvrir la connexion
#De plus : Message d'avis :
#In file(file, "rt") :
#impossible d'ouvrir le fichier 'r1s010110.txt' : No such file or directory

Est-ce que quelqu'un saurait m'aider ?

Merci d'avance

[hoccha]

Bonsoir,

Voici déjà un début d'idée de solution.
Pour avoir la liste des fichiers d'un répertoire, il faut utiliser dir().
Avant de faire le read.table(file[i]), il faudrait donc vérifier (via %in%) si file[i] est bien dans la liste des fichiers de dir().
Bien à vous

[AustinPower999]

Merci beaucoup pour votre réponse

Maintenant j'applique le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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NDMY<-c('r2s010313.txt','r1s230412.txt')
 
#Explorer le repertoire source
 
a<-dir()
 
#Ouvrir seulement les fichiers contenus dans le répertoire source
 
l<-c(1:length(NDMY))#De 1 à 2, j'ai fait simple...
 
for (i in l){
   if (file[i]%in%a==TRUE){
   	  #print(file[i])}} Affiche bien les 2 fichiers
          read.table(file[i])}} #N'ouvre que le dernier fichier...

Mais comme l'indique mon commentaire, seule la fonction "print" affiche les 2 noms de fichiers alors que la fonction "read.table" n'ouvre que le dernier des 2 fichiers... Pourquoi dans un cas "i" est une liste et dans l'autre cas un seul chiffre ?

[hoccha]

Bonjour,
voir le commentaire dans le code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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NDMY<-c('r2s010313.txt','r1s230412.txt')
a<-dir()
l<-c(1:length(NDMY))
for (i in l){
	if (file[i]%in%a==TRUE){
		dd <- read.table(file[i])
		# ici, la variable 'dd' contient le contenu du fichier et donc (par example) la commande print(dd) devrait fonctionner.
	}
}

Bien à vous,

[AustinPower999]

J'ai fait ce que vous m'avez proposé, car j'avais déjà testé mais de manière différente donc je me suis dit que ça pourrait peut-être marcher... Malheureusement, quand je tape le code suivant (en espérant ne pas avoir omis certaines parties) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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NDMY<-c('r2s010313.txt','r1s230412.txt')
a<-dir()
l<-c(1:length(NDMY))
for (i in l){
   if (file[i]%in%a==TRUE){
   	  dd<-read.table(file[i])
   }
} 
c<-print(dd)
 
 
#Le nom de mon script qui correspond au code ci-dessus
> source("/Users/emmanuelbreysse/test2.R") 
#Le fichier  qui s'ouvre est seulement le second :
 
          x
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5        NA
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17    17.16
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20   313.82
21    22.78
22   288.33
23    20.73
24       NA
25       NA
26  1417.64
27   206.85
28  1113.00
29    25.82
30       NA
31       NA
32 23568.00
33   107.37
34  6625.08
35   107.37
 
#Et le message d'erreur :
 
"Message d'avis :
In readLines(file) :
  ligne finale incomplète trouvée dans '/Users/emmanuelbreysse/test2.R'"

Je ne comprends pas pourquoi le script ouvre tout seul mon fichier txt, il n'en n'a pas l'instruction. J'ai essayé en effaçant la mémoire de la console de R avec "remove", sans résultat.

Quand je fais ensuite "c", R m'ouvre le même fichier :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> c
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5        NA
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7      0.00
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9      0.00
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11       NA
12   382.86
13    10.05
14   444.29
15    11.58
16   516.76
17    17.16
18       NA
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20   313.82
21    22.78
22   288.33
23    20.73
24       NA
25       NA
26  1417.64
27   206.85
28  1113.00
29    25.82
30       NA
31       NA
32 23568.00
33   107.37
34  6625.08
35   107.37
 
#J'ai vérifié le vecteur "l",  "i", puis "file[i]" de "1" et de "2", et enfin "dd" :
 
> l
[1] 1 2
 
> i
[1] 2
 
> file[i]
[1] "r1s230412.txt"
 
> file[1]
[1] "r2s010313.txt"
 
> file[2]
[1] "r1s230412.txt"
 
> dd
          x
1      0.00
2      0.00
3      0.00
4      0.00
5        NA
6        NA
7      0.00
8      0.00
9      0.00
10       NA
11       NA
12   382.86
13    10.05
14   444.29
15    11.58
16   516.76
17    17.16
18       NA
19       NA
20   313.82
21    22.78
22   288.33
23    20.73
24       NA
25       NA
26  1417.64
27   206.85
28  1113.00
29    25.82
30       NA
31       NA
32 23568.00
33   107.37
34  6625.08
35   107.37

#Est-ce normal que "i" ait une longueur de 1 ? Je suppose que R écrase la première valeur "i" dans sa mémoire et la remplace ensuite par "2"... Mais pourquoi n'ouvre-t-il pas le contenu de "file[1]" ? Je pense qu'il y a un problème dans ma boucle, mais je suis incapable de le trouver...

[AustinPower999]

Je pense que j'ai trouvé une solution, mais je ne la comprends pas ^^"

Je fais une première boucle :

Code :

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file<-c('r2s010313.txt','r1s230412.txt')
a<-dir()
l<-c(1:length(file))
 
for (i in l){
      if (file[i]%in%a==TRUE){
   	    dd<-read.table(file[i],sep=",")
   }
}

Puis une seconde :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for (i in l){
      if (file[i]%in%a==TRUE){
   	    dd[[i]]<-read.table(file[i],sep=",")
   }
}

Et là j'obtiens ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Message d'avis :
In readLines(file) :
  ligne finale incomplète trouvée dans '/Users/emmanuelbreysse/test2.R'
 
> dd
        x        x
1    0.00     0.00
2    0.00     0.00
3    0.00     0.00
4    0.00     0.00
5      NA       NA
6      NA       NA
7    0.00     0.00
8    0.00     0.00
9    0.00     0.00
10     NA       NA
11     NA       NA
12     NA   382.86
13     NA    10.05
14     NA   444.29
15     NA    11.58
16     NA   516.76
17     NA    17.16
18     NA       NA
19     NA       NA
20 534.80   313.82
21  41.46    22.78
22     NA   288.33
23     NA    20.73
24     NA       NA
25     NA       NA
26 883.60  1417.64
27  20.57   206.85
28     NA  1113.00
29     NA    25.82
30     NA       NA
31     NA       NA
32    Inf 23568.00
33 197.17   107.37
34 909.90  6625.08
35 197.17   107.37

Donc c'est le résultat que je souhaitais avoir... Mais je ne comprends absolument pas pourquoi je dois écrire "dd<-...", puis après "dd[[i]]<-..." ???
J'ai essayé toutes les combinaisons et seule celle-ci fonctionne... Quelqu'un a-t-il une suggestion ?

[vchouraki]

Bonjour,

Code :

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## Jetez un oeil a cette fonction
?file.exists
 
## Si fichiers est le nom de votre vecteur de fichiers
for (fichier in fichiers) {
  if (file.exists(fichier)) {
    data <- read.table(fichier)
  }
}

HTH

Vincent

[vchouraki]

Rebonjour,

file<-c('r2s010313.txt','r1s230412.txt')
a<-dir()
l<-c(1:length(file))

for (i in l){
if (file[i]%in%a==TRUE){
dd<-read.table(file[i],sep=",")
}
}

Dans votre boucle initiale, le résultat de chaque nouvelle iteration read.table est affecté à dd et donc écrase le précédent.

for (i in l){
if (file[i]%in%a==TRUE){
dd[[i]]<-read.table(file[i],sep=",")
}
}

Un data.frame est une forme particulière de liste. Dans votre seconde boucle, chaque itération ajoute une colonne. Cela ne marche que parce que je suppose que vos fichiers ne contiennent chacun qu'une colonne.

Si vous voulez obtenir un data.frame contenant une colonne pour chaque fichier qui existe dans votre répertoire, un truc dans ce gout la devrait faire l'affaire :

Code :

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## Si fichiers est votre vecteur de fichiers
resultats <- lapply(fichiers, function(fichier) {
  if (file.exists(fichier)) {
    temp <- read.table(fichier, sep=",")
    return(temp)
  } else {
    return(NA)
  }
})
 
resultats <- do.call(cbind, resultats)

HTH

Vincent

[AustinPower999]

Merci beaucoup Vincent, ça marche !

Je dois maintenant digérer les 3 fonctions que vous utilisez et que je ne maitrise pas... Et réussir à enlever les colonnes de "NA"...

Merci encore à vous deux

[vchouraki]

Rebonjour,

Pour éviter les colonnes de NA, vous pouvez utiliser le code suivant

Code :

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## Si fichiers est votre vecteur de fichiers
resultats <- lapply(fichiers, function(fichier) {
  if (file.exists(fichier)) {
    temp <- read.table(fichier, sep=",")
    temp$origine <- fichier
    return(temp)
  } else {
    return(NULL)
  }
})
 
resultats <- do.call(rbind, resultats)
resultats <- reshape(resultats, v.names="x", timevar="origine", idvar="id", direction="wide")

HTH

Vincent

[AustinPower999]

Merci,

J'ai essayé ce code mais ça ne marche pas complètement. Dois-je redéfinir les variables de la fonction "reshape" ? J'obtiens ceci quand j'applique le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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"Erreur dans `[.data.frame`(data, , idvar) : 
  colonnes non définies sélectionnées"

Mais j'ai alors une longue liste de valeurs avec le nom du fichier associé... Si je remplace rbind par cbind j'obtiens une autre erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
"Erreur dans data.frame(..., check.names = FALSE) : 
  les arguments impliquent des nombres de lignes différents : 35, 0"

[AustinPower999]

Voilà j'ai réglé mon problème en bidouillant :

Code :

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resultats <- lapply(fichiers, function(fichier) {
  if (file.exists(fichier)) {
    temp <- read.table(fichier, sep=",")
    return(temp)
  } else {
    return(ignore.case=F) #J'ai modifié le "return(NA)"
  }
})
 
res <- do.call(cbind, resultats)
#Trouver les valeur 'FALSE' dans "res"
R<-grep('FALSE',res)
#Supprimer les colonnes contenant les valeurs fausses dans "res"
resultats<-res[,-R]

J'ai modifié le "return(NA)" et utilisé la fonction "grep" pour supprimer mes colonnes contenants les valeurs "FALSE".

En espérant que cette solution pourra aider des gens.

Merci encore à ceux qui m'ont aidé