Discussion :

[arty0]

Bonjour,
J'ai des fichiers à traiter qui ressemblent à ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
>gi|7657407|ref|NP_055396.1| odorant-binding protein 2b precursor [Homo sapiens]
MKTLFLGVTLGLAAALSFTLEEEDITGTWYVKAMVVDKDFPEDRRPRKVSPVKVTALGGGKLEATFTFMR
EDRCIQKKILMRKTEEPGKYSAYGGRKLMYLQELPRRDHYIFYCKDQHHGGLLHMGKLVGRNSDTNREAL
EEFKKLVQRKGLSEEDIFTPLQTGSCVPEH

j'aimerais avoir une commande qui supprime automatiquement les séquences (variables) entre les deux motifs " | " aux extrémités gauche et droite.

J'ai essayé la commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed '/|/,/|/ d'

mais cela me supprime tout.
Quelqu'un a une idée pour résoudre ce pb svp?

[N_BaH]

Bonjour,

et tu veux conserver quoi ? parce que sur la première ligne il y a plusieurs |...
?

[arty0]

Je voudrais conserver tout sauf :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

|7657407|ref|NP_055396.1|

L'un des problèmes c'est que ce qui est écrit entre les | change d'un fichier sur l'autre

[N_BaH]

a priori, ceci devrait fonctionner :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed 's/|.*|//' fichier

car la forme /motif/,/autre motif/ ne fonctionne qu'avec des motifs différents, sur plusieurs lignes uniquement.

[arty0]

ça marche ! Merci beaucoup !!