Bonjour,
Je ne suis pas sûr d'avoir exactement compris ton problème mais il me semble tout d'abord que la décrémentation du compteur de messages non lus soit un traitement à réaliser côté serveur, donc dans ton cas en PHP si j'ai tout suivi.
Ensuite pour ce qui est de passer une variable PHP en JS, tu peux utiliser le passage de paramètres dans l'URL :
http://www.monsite.com?mavariable=unevaleur
Et la récupérer en JS avec la variable DOM location.search qui donnera dans l'exemple ?mavariable=unevaleur.
En faisant un peu de manipulations basiques de chaines, tu devrais ensuite pouvoir récupérer la valeur de tes variables ainsi passées en paramètre dans l'URL.
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