Discussion :

[Pandora]

Bonjour à tous,

j'ai actuellement un logiciel en java que j'exécute en ligne de commande sous unix.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

java -jar LOGICIEL.jar < INPUTFILE > OUTPUTFILE

J'ai besoin d'intégrer ce logiciel dans une page php afin de récupérer le contenu d'OUPUTFILE et de l'insérer dans une base de données.

J'aimerai éviter de créer le fichier de sortie et récupérer directement son contenu grâce à un pipe pour le traiter dans le logiciel, mais j'avoue que j'ai du louper quelque chose car je n'ai aucun résultat.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 92 $t = array(
 93         0=>array("pipe","r"),
 94         1=>array("pipe","w"),
 95         2=>array("pipe","a")
 96 );
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 98 echo "run the process<br/>";
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102
103 $process = proc_open("java -jar LOGICIEL.jar < ".$seqs." > output.tsv",$t,$pipes);
104
105 echo "théoriquement le process run</br>";
106 
107 
108 if(is_resource($process)){
109         fclose($pipes[0]);
110         echo "stdin fermé<br/>";
111         
112         while($s= fgets($pipes[1], 1024)){
113                 echo $s."</br>";
114         }
115         fclose($pipes[1]);
116         echo "stdout fermé<br/>";
117         
118         while($s = fgets($pipes[2], 1024)){
119                 echo "error : ".$s."<br/>";
120         }
121         fclose($pipes[2]);
122         echo "error fermé";
123  }else echo "ca marche pas";
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126 $return = proc_close($process);
127 echo $return;

A l'affichage j'ai ceci :

fichier seq :
run the process
théoriquement le process run
stdin fermé
stdout fermé
error fermé127

Ca n'est pas trop le résultat que j'attendais ( le contenu de output.tsv affiché)

Est ce que quelqu'un peut m'aiguiller ?

[sabotage]

Et si tu fais simplement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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proc_open("java -jar LOGICIEL.jar < ".$seqs, $output);
echo $output;

?

[Pandora]

Je m'excuse pour le délai de réponse, mais j'ai enchainé les réunions depuis mardi !

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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131 proc_open("java -jar /scripts/comet/COMETstandalone.jar < ".$seqs,$output);
132 echo $output;

A fatal user error occurred at line 131 of file comet.php. The error message was Undefined variable: output

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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130 $output = array();
131 proc_open("java -jar /scripts/comet/COMETstandalone.jar < ".$seqs,$output);
132 echo $output;

A fatal user error occurred at line 131 of file comet.php. The error message was proc_open() expects at least 3 parameters, 2 given

Et si jamais la question était :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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105 $output = "";
106 $process = proc_open("java -jar /scripts/comet/COMETstandalone.jar < ".$seqs." > ".$output,$t,$pipes);
107 var_dump($output);

l'affichage donne : string '' (length=0)

[mathieu]

essaye plutôt ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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exec("java -jar /scripts/comet/COMETstandalone.jar < $seqs", $resultat);
var_dump($resultat);

[Pandora]

Exec fonctionne j'avais commencé par là, mais il me génère un fichier texte à ouvrir et à traiter, car c'est le comportement du programme java.

Je veux justement intercepter cette création de fichier, pour récupérer directement les résultats sans qu'il ne crée le fichier texte, pour éviter de gérer les accès au fichier et sa suppression une fois le script terminé.

De plus je suis obligée d'utiliser la syntaxe java -jar LOGICIEL.jar < input > output. Si je vire le output le java produit une erreur et ne s'exécute pas :/

[armel18]

De plus je suis obligée d'utiliser la syntaxe java -jar LOGICIEL.jar < input > output. Si je vire le output le java produit une erreur et ne s'exécute pas :/

c'est le fonctionnement interne de ton logiciel qui impose ,pour son exécution, l'usage d'un fichier output pour écrire le résultat donc tu ne peux pas contourner cette obligation sauf d'aller modifier le code source de ce logiciel.

[Pandora]

Bonjour

Je ne peux pas le modifier il n'est pas de moi, mais l'informaticien qui l'a développé, quand je lui ai demandé une option pour un output autre que fichier, m'a dit d'utiliser des pipes flux et tout le toutim pour intercepter le résultat en php sans passer par la case fichier.

Et je me retrouve ici du coup

[armel18]

si l'ouput est optionnel normalement le programme suivant devrait fonctionner:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$flux = array(
          0=>array("pipe","r"),
          1=>array("pipe","w"), // Flux de sortie en écriture
          2=>array("pipe","a")
 );
 echo "run the process<br/>";
 $process = proc_open("java -jar LOGICIEL.jar < $seqs",$flux,$descripteurs);
         $fp = $descripteurs[1] ;
        while( $line = fgets($fp, 1024) ) {
               echo htmlspecialchars($line),'<br>' ;
         }

[Pandora]

J'ai finalement réussi à m'en sortir.

C'était des petites choses qui n'étaient pas correctement configurées :
- Le chemin vers le logiciel, proc_open ne voulait pas me prendre de chemin relatif.
- le chemin du dossier initial de la commande, si je ne le renseigne pas en chemin absolu, rien à faire celà ne fonctionne pas.

Donc voilà la version de test corrigée qui donne un résultat (pour info).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$command = "java -jar ".$_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/scripts/comet/COMETstandalone.jar";
$cwd = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/scripts/comet";
 
$descriptorSpec = array(0 => array("pipe", "r"),
                           1 => array('pipe', 'w'),
                           2 => array('pipe', 'w'));
  $process = proc_open($command, $descriptorSpec, $pipes,$cwd);
 
if(is_resource($process)){
        fwrite($pipes[0],$seqs);
        fclose($pipes[0]);
        while($s= fgets($pipes[1], 1024)){
                echo $s."</br>";
        }
        fclose($pipes[1]);
        while($s = fgets($pipes[2], 1024)){
                echo "error : ".$s."<br/>";
        }
        fclose($pipes[2]);
 }else  echo "process error";

J'hésite juste maintenant à utiliser la version trouvée ici http://omegadelta.net/2012/02/08/std...c_open-in-php/ qui permet de gérer de gros stdin.


Merci à tous pour votre aide.