pourquoi le perl, bioperl comme Le langage en bioinformatique

**mapmip** · 17/09/2014, 18h09

bonjour,
qu'est ce qui fait que le PERL est Le langage de predilection en bio informatique ?
Merci d'avance

**6ril23** · 17/09/2014, 18h41

je pense que si le Perl (et Python) est assez largement utilisé, c'est par que c'est un langage assez simple et très adapter pour traiter un grand nombre de données:
la bioinfo utilisee pas mal de fichiers très volumineux (données génomiques, transcriptomiques, extract de BDD publiques...) dans lesquels il faut faire des traitements et ces langages s'y prêtent bien

Je pense aussi que le fait qu'ils n'aient pas besoin d'être compilés est un avantage: facilite la collaboration entre labos sous différent OS, ça apparaît moins compliqué pour les non-informaticiens (point important pour l'utilisation voire la modification)

**Lolo78** · 17/09/2014, 19h46

Aux excellentes raisons données par Cyril, j'ajouterais une part de hasard historique: Perl était disponible et extensible via de modules au bon moment quand les généticiens et autres biologistes ont commencé à avoir besoin de gros traitements informatiques sur des données textuelles (séquençage du génome, par exemple). Du coup il a été utilisé très tôt, et du coup des modules ont été développés pour les aider, et l'existence de ces modules a renforcé l'utilité de Perl en bio-informatique, ce qui a conduit à l'écriture d'autres modules, et ainsi de suite avec un effet boule de neige. Et puis, bien sûr, les labos qui ont commencé à utiliser Perl ont continué et continuent encore. Bref, Perl est très bien adapté aux recherches textuelles des biologistes, mais il se trouve aussi qu'il était là au bon moment pour rendre les services attendus.

**Jasmine80** · 07/08/2015, 18h00

Lors de mes études en bioinformatique, c'est le langage qui était appris aux étudiants. On m'avait donné la raison de la puissance de Perl pour ses expressions rationelles. Ensuite, l'année qui a suivi, ils sont passé à C++, puis je crois à Java ... alors, en fin de compte, je ne suis pas certaine que Perl soit le langage de prédilection en informatique. Je pense que cela dépend surtout des besoins spécifiques, qu'il faudrait peut-être même voir au cas par cas, car la bioinformatique, c'est un domaine vraiment très large, qui couvre tellement de choses.