Euh, là, je n'ai pas compris ce que tu veux dire...
Si tu mets les 2 units dans ton persistence.xml, à priori, tu n'as rien à changer dans tes EJB...
Ceci dit, si tu as besoin d'une transaction globale sur les 2 EJB, ça ne va pas fonctionner, elles seront séparées.
Pour ça, il faudrait passer l'EntityManager de l'EJB-A à l'EJB-B... bref, une autre architecture...
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