Interragir avec le shell de linux

**timber89** · 10/03/2015, 18h05

Bonjour,

Je suis un peu nouveau en programmation et j'essaie d'écrire un script qui doit interragir avec le shell de Linux.

L'idée générale est d'aller compter le nombre de ligne de plusieurs fichiers, contenus dans un même dossier, et de l'afficher dans un fichier.
J'ai parcouru le forum et j'ai vu que la commande os.system permet d'interragir avec le shell mais je n'arrive pas à l'encapsuler pour l'incorporer dans des fonctions.
Prenons un cas concret avec le script que j'ai écrit, il n'est pas fini mais il permet de comprendre le problème que je rencontre.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# -*- coding: utf8 -*-
 
######"importation des modules ########
 
from os import system
 
############# écriture des fonctions ##########
 
def reads_count(region, sample, data):
	"count the number of reads for each region"
	n = 0
	for line in fd:
    		n += 1
	nbre_reads = str(region) + "," + str(n) + "\n"
	fd.write(nbre_reads)
 
####### mise en route du programme #########
 
sample = raw_input(os.system("taper le chemin du sample à analyser"))
data = raw_input(os.system("taper le chemin et le fichier à créer"))
region = raw_input(os.system("taper la region à analyser"))
 
fs = open(sample, 'r')
fd = open(data, 'w')
 
try:
	reads_count(region, sample, data)
	print(nbre_reads)
finally:
	fs.close()
	fd.close()

Voilà, dans ce cas-ci, j'essaie d'indiquer le chemin d'accès du shell dans la fonction reads_count pour que la fonction cherche le fichier à traiter que j'aurai indiquer, ainsi que le fichier de sortie qu'il doit créer.
Malheureusement ceci ne fonctionne pas. J'ai essayé de simples attributions comme path = os.system("pwd"). Ceci applique la commande pwd du shell mais quand je tape path, python m'indique 0.

Avez-vous une idée de ce que je pourrais faire pour rendre ma fonction valide?

Un grand merci d'avance

**VinsS** · 10/03/2015, 18h38

Salut,

D'où sort cette idée saugrenue d'utiliser os.system ?

Simplement comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sample = raw_input("Chemin du sample: ")

Et ce sont les deux fichiers ouverts (fs et fd) que tu dois passer à la fonction, par leur noms.

Edit: Si tu débutes, utilise Python 3

**timber89** · 10/03/2015, 18h47

ah oui je cherche peut-être midi à 14h moi en fait ^^'

et alors pour la fonction, je devrais en fait écrire def reads_count(fs,fd) à la place de def reads_count(sample, data). C'est bien ça?

**timber89** · 10/03/2015, 19h00

super ça fonctionne, voilà mon script pour info :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# -*- coding: utf8 -*-
 
######importation des modules#######
 
from os import system
 
#####définition des fonctions#######
 
def reads_count(fs,fd):
	"count the number of reads for each region"
	n = 0
	for line in fs:
    		n += 1
	nbre_reads = str(region) + "," + str(n) + "\n"
	fd.write(nbre_reads)
	print(nbre_reads)
 
sample = raw_input("chemin du sample à analyser : ")
data = raw_input("chemin et le fichier à créer : ")
region = raw_input("region à analyser : ")
fs = open(sample, 'r')
fd = open(data, 'w')
 
try:
	reads_count(fs,fd)
finally:
	fs.close()
	fd.close()

Merci beaucoup, j'étais en train de me couper les cheveux en 4 pour un problème qui n'existait pas ^^'

Mais en fait, à quoi peut bien servir la fonction os.system si on peut directement indiquer les chemins à suivre dans le programme?