Discussion :

[Nicolas51]

Bonjour,
Je travail actuellement sur du traitement d'images médicales. Post traitement, j'ai les images en binaire, je les ouvres sous python et souhaites les observer avec mon interface graphique développée. Pour cela j'utilise un canvas de Tkinter.
Seulement, lorsque j'ouvre l'image, la dynamique de couleur est modifiée.

Ci-joint, un morceau de code qui illustre mon problème, je souhaiterais que l'affichage soit le même que lorsque je regarde avec pyplot.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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from Tkinter import *
import struct
import numpy
import matplotlib.pyplot as plt
import math
from PIL import Image,ImageTk
 
 
 
#Reglages de la fenetre
fenetreseg=Tk()
frameImageseg = LabelFrame(fenetreseg, text="")
frameImageseg.pack(side = LEFT,fill="both", expand="yes")
frameBoutonseg = LabelFrame(frameImageseg, text="Images segmentée",width=512, height=60)
frameBoutonseg.pack(side = BOTTOM,fill="both", expand="yes")
canvasDicomseg = Canvas(frameImageseg, width=100, height=100, bg='ivory')
canvasDicomseg.pack(side=TOP, padx=5, pady=5)
 
 
 
#Ouverture et lecture des images en binaire
pathopen="C:/Users/pc/Documents/Projet2015/lesfichiersok"
f = open (pathopen+"/slicesseg2.dat", "rb")
cote1=100
cote2=100
coupe=numpy.zeros([cote1,cote2])
i=0
j=0
 
try:
    while i<cote1-1:
        data = f.read(4) # read the next /byte/
        if data == "":
            break;
        string=str(struct.unpack('i', data))
        string=string.replace("(","")
        string=string.replace(",","")
        string=string.replace(")","")
        coupe[i,j]=int(string)
        if j==cote2-1:
            j=0
            i=i+1
        j=j+1
 
 
except IOError:
    # The error handling here
    # Nothing for this example
    pass
finally:
    f.close()
 
 
#Affichage de l'image lue dans le canavas et sous pyplot
imseg = Image.fromarray(coupe)
imseg = imseg.resize((500,500), Image.ANTIALIAS)
photoseg=ImageTk.PhotoImage(imseg)
canvasDicomseg.config(width=photoseg.width(), height=photoseg.height())
imageseg = canvasDicomseg.create_image(0, 0, anchor=NW, image=photoseg)
plt.figure()                                     
plt.imshow(coupe[:,:],cmap='gray')
plt.show()
 
fenetreseg.mainloop()

Pour l'image en binaire, j'ai changé l'extension en .txt car le .dat passait en fichiers non valide. si vous voulez tester vous pouvez rechanger l'extension en .dat

Merci d'avance pour votre aide.

Nicolas.

[wiztricks]

Salut,

Relisez votre code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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imseg = Image.fromarray(coupe)
imseg = imseg.resize((500,500), Image.ANTIALIAS)
photoseg=ImageTk.PhotoImage(imseg)
canvasDicomseg.config(width=photoseg.width(), height=photoseg.height())
imageseg = canvasDicomseg.create_image(0, 0, anchor=NW, image=photoseg)
plt.figure()                                     
plt.imshow(coupe[:,:],cmap='gray')
plt.show()

Vous n'afichez pas la même chose dans le canvas et via plt.show.
Essayez avec plt.imshow(imseg) au lieu de plt.imshow(coupe[:,:],cmap='gray')

- W