Discussion :

[Vince2505]

Bonjour,
Je souhaite mesurer une surface sur des images de migration de cellules qui recolonisent une zone blessée. L'idée est de mesurer la vitesse de recolonisation, de cicatrisation en fait, et donc de mesurer la surface de la plaie, entre les deux zones de peuplement de cellules. La difficulté est de n'isoler que la bande centrale, or le contraste entre les cellule est similaire à celui de la zone à mesurer et donc cette dernière n'est pas aisée à isoler.



Je suis un protocole qui ne marche pas de manière optimale : Substrack background - Filters variance - Adjust threshold - Close and fill hole - Analyse particles
Je passe les détails de paramétrage, mais je peux les fournir si vous avez des idées. Pour l'analyse des particule, je fais un premier masquage + substraction pour m'affranchir des "bulles" puis je tente de détecter la grande zone centrale.
Au final, cette bande centrale a des ramifications qui se perdent dans la zone des cellules, ce qui me fausse ma mesure de surface.
Merci.

[Kangourou]

Bonjour,

Si je comprends bien, l'objectif est de caractériser la région d'intérêt qui se trouve au centre, en se basant sur une segmentation préliminaire des cellules, c'est ça ?

En fait, si tu arrives à identifier les cellules sous la forme d'un masque binaire, un peu de morphologie mathématique (en particulier l'opération de fermeture morphologique) te permet de "fermer" (ou remplir) les espaces entre les cellules. J'imagine que ce qui reste ensuite doit être la bande centrale... La morpho math de base sous ImageJ est un peu limitée, mais tu trouves assez facilement des plugins plus ergonomiques.

Nota : le problème n'est pas vraiment spécifique à ImageJ, le forum "Traitement d'images" aurait peut-être été plus approprié.

A++

[ToTo13]

+1 pour la morphomath.
Je commencerai par une simple ouverture + fermeture pour nettoyer un peu l'image. Un petit filtre médian peut aussi précéder cela.
Ensuite, je ferai un black top-hat afin de détecter les zones avec les cellules.
Les cellules que tu cherches ont des tâches claires, donc un white top-hat fera aussi l'affaire pour confirmer ces zones.
Après le black top-hat, tu auras une zone avec des toutes petites tâches noire, contrairement aux zones de cellules qui seront des taches beaucoup plus grosses. C'est ce que tu cherches. Tu pourras faire une petite fermeture pour les supprimer.