Discussion :

[Isabella83]

Bonjour à tous,
Je suis novice en c.
J'ai compilé mon programme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 gcc -O2 -g -Wall -Wextra remove_bckground.c -o normalize

Je n'ai aucune erreur ni aucun warning.
Mais lorsque j'execute mon programme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

./normalize -i file.txt -o test.out

J'ai l'erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Segmentation fault

J'ai donc fait quelques recherches sur internet, et j'ai trouvé gdb.
J'ai donc fait

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

gdb ./normalize

puis

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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(gdb) run
Starting program: ~/normalize
ERROR: gene_length_mrna file is required.
normalize -i gene_length_mrna_file  [-o output_coverage_file]
  -i: input gene_mRNA file.  tab-delimited. default: mandatory
  -o: output file. default: stdout

Que puis je faire pour avoir plus de précision ?

[ternel]

ca dépend.
Une erreur de segmentation vient de la lecture d'une valeur pointée par un pointeur invalide. Un des cas, c'est l'équivalent de *NULL.
Il est aussi possible que ca soit lié au passage d'une chaine litérale ("ca, par exemple") en argument d'un char*.

run déroule le programme qui va crasher. à l'arrivée, il faut demander la stacktrace, pour savoir dans quelle fonction ca a planté.
à cause de l'option -O2, tu n'auras pas l'information sur la ligne de code précise.

Mais si ton code est assez bien fait, les fonctions sont courtes.
Tu pourras poser des breakpoints, qui te permettront d'avancer par étapes dans le programme, et de regarder les valeurs des variables.

Tout cela est expliqué dans la documentation de gcc.

Cela dit, une erreur de pointeur vient de ce que tu n'as pas assez de controle sur ceux que tu manipules.

[Isabella83]

Est il possible que je poste le programme pour avoir de l'aide ?

[ternel]

Le plus petit possible, pour qu'on ne soit pas perdu.
En fait, le fait de réduire le programme au minimum (en gardant le bug) est un moyen de comprendre ce qu'il se passe.

Dans tous les cas, utilise la balise [code] (le bouton #) ou [codeinline]=[c].

[BufferBob]

salut,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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(gdb) run
Starting program: ~/normalize
ERROR: gene_length_mrna file is required.
normalize -i gene_length_mrna_file  [-o output_coverage_file]
  -i: input gene_mRNA file.  tab-delimited. default: mandatory
  -o: output file. default: stdout

Que puis je faire pour avoir plus de précision ?

c'est pourtant clair non ? en lançant juste run c'est comme si tu lançais ./normalize sans aucun paramètre, hors comme tu précisais plus haut et comme le programme te le dit aussi dans gdb, il faut passer un fichier gene_length_mrna_file avec le switch -i au minimum, donc pour reprendre ton exemple, dans gdb il faut que tu tapes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

(gdb) run -i file.txt -o test.out

du coup une question horrible pop à mon esprit; est-ce que tu sais au moins ce qu'est censé faire le code que tu compiles et est-ce que le fichier file.txt contient bien ce qu'il devrait contenir ? si ce n'est pas le cas ton segfault provient certainement de là, le programme attend un fichier formaté de manière spécifique

[Isabella83]

du coup une question horrible pop à mon esprit; est-ce que tu sais au moins ce qu'est censé faire le code que tu compiles et est-ce que le fichier file.txt

Oui je sais ce que fait mon code, et oui le fichier avait le bon format.
J'avais seulement une erreur lors de la déclaration d'un pointeur.

[BufferBob]

Oui je sais ce que fait mon code

ça aurait pu être un code trouvé sur le net, c'était pas précisé ^^

ravi d'avoir pu aider en tous cas...