Discussion :

[mido1951]

bonjour,
j'ai un alignement de deux séquences et voici le fichier de sortie.
3 2881 ATTTAAGTGCCTGGGCCCCTTTGGAACCGTTTAAACCGTTGTGTGGTGTTGAAATTTTTT
8547 10456 CTTGCTTAACCGTTGGCCCGGGGGGGGGAAACGTGTGTGTGTAAAACCCCCCCTGGGAAAAA
4498 6926 GTGGGTTCCCAAAACGTTGGGCCACACACACACAGGGGGGGGGGTTTGGGGGGCCCCACCC
6853 7847 ACGTTGGGCCACACACACACAGGGGGGGGGGTTTCTCGGGAAAAAAACCCCTTTTTTTTTTTTTTTTT
3678 4567 ......
2895 3684 ..........
2314 3242 ........
500 1503 ..........

la première et la deuxième colonne c'est la position du début et de fin d'alignement dans la séquence SEQ.
et la troisième colonne c'est la partie de l'alignement d'une séquence C avec SEQ.
Je veux faire une modification à partir de la position debut jusqu'à la fin de la séquence SEQ en mettant la séquence de la troisième colonne.
c'est à dire dans la position de 3 à 2881 je mettre "ATTTAAGTGCCTGGGCCCCTTTGGAACCGTTTAAACCGTTGTGTGGTGTTGAAATTTTTT". (par exemple)
est-ce que vous avez une solution?
Merci

[Médinoc]

En gros, tu veux patcher ta séquence avec les données de ton fichier texte.

La première chose à faire, c'est définir spécifiquement ce que l'on veut:

1) Que faut-il faire si la longueur de la troisième colonne ne correspond pas au limites données?
Cracher une erreur?
Remplacer la section par le remplacement de taille différente, et décaler tout ce qui suit derrière?
Autre chose? (répétition du remplacement, etc.)

2) Les valeurs des deux premières colonnes, on-t-elles le droit de se chevaucher? Dans ce cas, faut-il faire tous les remplacement (et possibles redimensionnements) l'un après l'autre? Doit-on prendre en compte les indices d'après redimensionnement ou faut-il garder les anciens en mémoire et faire un genre de table de correspondance?

etc.

[mido1951]

En gros, tu veux patcher ta séquence avec les données de ton fichier texte.

oui. avec cette séquence.

La première chose à faire, c'est définir spécifiquement ce que l'on veut:

1) Que faut-il faire si la longueur de la troisième colonne ne correspond pas au limites données?
Cracher une erreur?
Remplacer la section par le remplacement de taille différente, et décaler tout ce qui suit derrière?
Autre chose? (répétition du remplacement, etc.)

oui la longueur de séquence dans la troisième colonne est différente au limites données.
et Oui, je veux faire un remplacement de cette séquence(de la troisième colonne) et décaler la partie restante.

2) Les valeurs des deux premières colonnes, on-t-elles le droit de se chevaucher? Dans ce cas, faut-il faire tous les remplacement (et possibles redimensionnements) l'un après l'autre? Doit-on prendre en compte les indices d'après redimensionnement ou faut-il garder les anciens en mémoire et faire un genre de table de correspondance?

pour les valeurs des deux premières colonnes peuvent se chevaucher.
donc je dois faire un remplacement avec redimensionnements de la séquence originale(patcher la séquence).
si on fait un remplacement l'un aprés l'autre, impossible, car les positions seront modifier par le premier remplacement.
pour moi, mon idée de départ c'est garder les anciennes positions mais je n'ai pas trouvé la solution pour faire.
Est-ce que vous avez une idée ou une autre stratégie?
Merci

[Médinoc]

La solution bourrine, c'est de faire un gros tableau d'indexes de la même longueur que la séquence d'origine, et de modifier ce tableau en plus de la séquence quand on fait un décalage.

[mido1951]

La solution bourrine, c'est de faire un gros tableau d'indexes de la même longueur que la séquence d'origine, et de modifier ce tableau en plus de la séquence quand on fait un décalage.

excusez-moi mais je n'ai pas bien compris ta solution.
est-ce que vous pouvez me donner plus de détails?
Merci

[Médinoc]

En gros, pour chaque case du tableau d'index, une valeur qui est l'index de l'endroit où le code qui se trouvait à cet endroit-là se trouve désormais. Et quand tu décales dans la séquence, tu ajoute les valeurs dans le tableau d'index...

Il faut par contre décider du sort des codes qui disparaissent. Potentiellement, on peut changer leur index à -1 pour montrer qu'ils ne pointent plus vers aucun endroit de la séquence...

[mido1951]

pour moi, ce sont des chaines de caractères.
et puis que voulez vous dire d'un tableau d'indexe? c'est un tableau de chaines de caractères ou comment le déclarer ? tu veux dire un tableau de chaines de caractère?

et pour les parties que se chevauchent comment faire dans ce cas?

[Médinoc]

Je veux dire un tableau d'entiers indiquant des offsets dans la chaîne de caractère contenant la séquence ADN.

[mido1951]

et pour les parties que se chevauchent comment faire dans ce cas?
votre solution n'est pas clair

[Médinoc]

Vu qu'on les traite séquentiellement et qu'on a désormais un mapping entre la position de départ (celle qui est demandée par les patch) et la position actuelle, les chevauchements ne sont plus un problème.

[mido1951]

La solution bourrine, c'est de faire un gros tableau d'indexes de la même longueur que la séquence d'origine, et de modifier ce tableau en plus de la séquence quand on fait un décalage

est-ce que tu peux développer ton idée? si c'est la seule idée pour ce problème je veux bien la comprendre parceque c'est un peu flou pour moi.
et est-ce tu peux me faire un exemple pour bien comprendre ?
merci

[Médinoc]

Hélas, je n'ai pas vraiment le temps pour ça...

[mido1951]

est-ce qu'il y a une autre idée?
est-ce qu'il y a quelqu'un qui peut m'aider?
Merci