Discussion :

[perlaud]

bonjour,

voilà, j'ai codé ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings; 
 
#######################################################################################
print "\nSaisissez votre fichier d'entree : ";
chomp ($FE = <STDIN>); 
#######################################################################################
## coupure de la seq
sub DICE
{
my ($sequence) =@_; my $boucle=0; my @res_dice;
my $longueur=length($sequence);
my $lim= $longueur-18;
	while ($boucle< $lim)
	{
	$res_dice[$boucle]=substr ($sequence, $boucle, 19);
	print "$res_dice[$boucle]\n";
	$boucle = $boucle + 1;	
	}
return (@res_dice);
}
#######################################################################################
 
open IN, "< $FE" or die "erreur fichier: $FE\n";
my $hdr = '';
while (1) 
{
  my $comment = '';
  my $sequence = '';
 
  while(<IN>) 
  {
    chomp; # si saut de ligne on le supprime
 
       if (/^>/)
       {
          if ($hdr eq '' and $comment eq '') {
          $comment = $_;
          next; }
 
        $hdr = $_;
        last;
        }
 
    if ($hdr ne '' and $comment eq '') {
       $comment = $hdr; }
       $sequence .= $_;
  }
 
  if ($comment eq '' and $sequence eq '') {
    last; }
 
#print "La ref est : $comment\tLa sequence est : $sequence\n";
 print "La ref est : $comment\n"; print "La sequence est : $sequence\n";
 
my $longueur_seq = length ($sequence);
print "Longueur de la sequence : $longueur_seq\n";
 
my @res_dice;
 
if ($longueur_seq == 19) {@res_dice = $sequence;
#print "Le tableau res_dice contient la sequence @res_dice\n";
}
if ($longueur_seq > 19) { @res_dice = DICE ($sequence);
#print "@res_dice\n";
}
 
foreach $sequence (@res_dice) 
{
 print $sequence;
}
 
}
close IN;

et j'obtiens dans mon terminal le message d'erreur suivant,

Missing right curly or square bracket at ./fichier_fasta.pl line 92, at end of line
syntax error at ./fichier_fasta.pl line 92, at EOF
Execution of ./fichier_fasta.pl aborted due to compilation errors (#1)
(F) The lexer counted more opening curly or square brackets than closing
ones. As a general rule, you'll find it's missing near the place you
were last editing.

Uncaught exception from user code:
Missing right curly or square bracket at ./fichier_fasta.pl line 92, at end of line
syntax error at ./fichier_fasta.pl line 92, at EOF
Execution of ./fichier_fasta.pl aborted due to compilation errors.

mais je ne vois absolument pas ou il meanque une accolade ou un crochet ou une parenthèse?

merci de votre aide

[gracouille]

fichier_fasta.pl c'est le nom de ce fichier ou ca fait part de ton package 'warnings'.
Ton fichier est complet ?? car il ne comporte mm pas 92 lignes.

[Jeh]

Le mieux pour vérifier tes accolades, c'est d'utiliser UltraEdit dernière version (payant) ou Scite (=> ici) qui est gratuit. Ils font la correspondance entre accolades ouvrantes et fermantes.

[gracouille]

J'avais ultraedit avant et c vrai kil est bon mais le meilleur editeur gratuit pour moi c'est JEdit et lui ossi il te repere bien t accolades et tt ca mais g verifier ton code avec JEdit et a priori il n'y a pas de probleme de ce coté la 8)

[GLDavid]

J'ai corrigé ton code de la manière suivante. Pour ma part, tu as oublié de mettre un my, pas de soucis niveau accolades. :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
#######################################################################################
print "\nSaisissez votre fichier d'entree : ";
my($FE);
chomp ($FE = <STDIN>);
#######################################################################################
## coupure de la seq
sub DICE
{
my ($sequence) =@_; my $boucle=0; my @res_dice;
my $longueur=length($sequence);
my $lim= $longueur-18;
   while ($boucle< $lim)
   {
   $res_dice[$boucle]=substr ($sequence, $boucle, 19);
   print "$res_dice[$boucle]\n";
   $boucle = $boucle + 1;   
   }
return (@res_dice);
}
#######################################################################################
 
open IN, "< $FE" or die "erreur fichier: $FE\n";
my $hdr = '';
while (1)
{
  my $comment = '';
  my $sequence = '';
 
  while(<IN>)
  {
    chomp; # si saut de ligne on le supprime
 
       if (/^>/)
       {
          if ($hdr eq '' and $comment eq '') {
          $comment = $_;
          next; }
 
        $hdr = $_;
        last;
        }
 
    if ($hdr ne '' and $comment eq '') {
       $comment = $hdr; }
       $sequence .= $_;
  }
 
  if ($comment eq '' and $sequence eq '') {
    last; }
 
#print "La ref est : $comment\tLa sequence est : $sequence\n";
 print "La ref est : $comment\n"; print "La sequence est : $sequence\n";
 
my $longueur_seq = length ($sequence);
print "Longueur de la sequence : $longueur_seq\n";
 
my @res_dice;
 
if ($longueur_seq == 19) {@res_dice = $sequence;
#print "Le tableau res_dice contient la sequence @res_dice\n";
}
if ($longueur_seq > 19) { @res_dice = DICE ($sequence);
#print "@res_dice\n";
}
 
foreach $sequence (@res_dice)
{
 print $sequence;
}
 
}
close IN;

J'espère avoir pû t'aider.

@ ++

[perlaud]

oui tu m'as très bien aidée. en rajoutant simplement le "my" devant $FE , ca marche, mais je ne comprends pas pourquoi il me disait " Missing right curly or square bracket " dans mon terminal...
en ttout cas, merci de l'aide

perlaud